; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G08370 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G08370
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptionspermidine synthase 1-like
Genome locationChr1:5264743..5265005
RNA-Seq ExpressionCSPI01G08370
SyntenyCSPI01G08370
Gene Ontology termsGO:0006596 - polyamine biosynthetic process (biological process)
GO:0032259 - methylation (biological process)
GO:0004766 - spermidine synthase activity (molecular function)
GO:0030750 - putrescine N-methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001045 - Spermidine/spermine synthases


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KGN64299.1 hypothetical protein Csa_013337 [Cucumis sativus]3.3e-25100Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
        MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE

XP_008446082.2 PREDICTED: spermidine synthase 1-like [Cucumis melo]6.8e-2394.74Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        MLCST GPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA+GPPKFYNSEIH+AAFSLPAFAKSAMGSKY
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

XP_022137674.1 spermidine synthase 1-like [Momordica charantia]7.8e-1984.21Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        MLC+T GPSVDFK PVNPLDP NFGVA+ PP FYNSEIHTAAF LPAFAK AMGSKY
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

XP_031737481.1 spermidine synthase 1-like [Cucumis sativus]3.3e-25100Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
        MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE

XP_038893662.1 spermidine synthase 2-like [Benincasa hispida]1.1e-2089.47Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        MLCSTAGPSVDFK PVN LDP NFGVA+GPPKFYN EIHTAAF LPAFAKSAMGSKY
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LTG5 Uncharacterized protein1.6e-25100Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
        MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE

A0A1S3BF22 spermidine synthase 1-like3.3e-2394.74Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        MLCST GPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA+GPPKFYNSEIH+AAFSLPAFAKSAMGSKY
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

A0A2C9VPK0 PABS domain-containing protein5.4e-1876.79Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP VDFK PVNPL+P N+GVA+GPP+FYNSE+HTAAFSLP+FAK   GSK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

A0A5A7UJN5 Spermidine synthase 1-like2.4e-1895.83Show/hide
Query:  VDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        +DFKRPVNPLDPSNFGVA+GPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
Subjt:  VDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

A0A6J1C7X6 spermidine synthase 1-like3.8e-1984.21Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY
        MLC+T GPSVDFK PVNPLDP NFGVA+ PP FYNSEIHTAAF LPAFAK AMGSKY
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKY

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q96556 Spermidine synthase 11.1e-1259.65Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGV-AQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP+VDFK P+NP+D  +     +GP KFYNSEIH+A+F LP+FAK  + SK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGV-AQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

Q96557 Spermidine synthase 26.0e-1460.71Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP+VDFK P+NP+D  + G   GP KFYNSEIH A+F LP+FAK  + +K
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

Q9ZTR0 Spermidine synthase 23.5e-1466.07Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP VDFK PVNP+D  +   +  P KFYNSEIHTAAF LP+FAK  +GSK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

Q9ZTR1 Spermidine synthase 12.7e-1466.07Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GPSVDFK PVNP+D ++   A  P KFYN EIH+AAF LP+FAK A+ SK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

Q9ZUB3 Spermidine synthase 13.0e-1362.5Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP VDFK P+NP+D S+   + GP KFYN+EIH+AAF LP+FAK  + SK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23820.1 spermidine synthase 12.1e-1462.5Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCST GP VDFK P+NP+D S+   + GP KFYN+EIH+AAF LP+FAK  + SK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

AT1G70310.1 spermidine synthase 22.9e-1152.63Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGV-AQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK
        MLCS+ GP VDFK+PV+ +D     + +  P K+YN+EIH+AAF LP+FAK  + SK
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGV-AQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSK

AT5G53120.1 spermidine synthase 32.7e-0946.43Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS
        +LCST GP+VDFK P+NP++  +  +  +   KFYNS++H AAF+LP F +  + S
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS

AT5G53120.2 spermidine synthase 32.7e-0946.43Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS
        +LCST GP+VDFK P+NP++  +  +  +   KFYNS++H AAF+LP F +  + S
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS

AT5G53120.3 spermidine synthase 32.7e-0946.43Show/hide
Query:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS
        +LCST GP+VDFK P+NP++  +  +  +   KFYNS++H AAF+LP F +  + S
Subjt:  MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVA-QGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTCTGTTCAACTGCCGGTCCATCAGTCGACTTCAAACGCCCGGTGAATCCGCTGGATCCAAGTAATTTTGGTGTTGCGCAAGGACCCCCCAAGTTCTACAACTCAGA
GATTCATACTGCTGCGTTTAGTCTTCCTGCGTTCGCAAAGTCGGCAATGGGTTCCAAATACGAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCTCTGTTCAACTGCCGGTCCATCAGTCGACTTCAAACGCCCGGTGAATCCGCTGGATCCAAGTAATTTTGGTGTTGCGCAAGGACCCCCCAAGTTCTACAACTCAGA
GATTCATACTGCTGCGTTTAGTCTTCCTGCGTTCGCAAAGTCGGCAATGGGTTCCAAATACGAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLCSTAGPSVDFKRPVNPLDPSNFGVAQGPPKFYNSEIHTAAFSLPAFAKSAMGSKYE