; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G10600 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G10600
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptiontyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
Genome locationChr1:6646076..6649493
RNA-Seq ExpressionCSPI01G10600
SyntenyCSPI01G10600
Gene Ontology termsGO:0006302 - double-strand break repair (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016605 - PML body (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0004518 - nuclease activity (molecular function)
GO:0005507 - copper ion binding (molecular function)
GO:0016491 - oxidoreductase activity (molecular function)
GO:0070260 - 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001876 - Zinc finger, RanBP2-type
IPR005135 - Endonuclease/exonuclease/phosphatase
IPR036443 - Zinc finger, RanBP2-type superfamily
IPR036691 - Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0056846.1 L-ascorbate oxidase-like protein [Cucumis melo var. makuwa]7.2e-24594.04Show/hide
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XP_008440936.1 PREDICTED: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 [Cucumis melo]7.2e-24594.04Show/hide
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XP_011652618.2 uncharacterized protein LOC101210372 [Cucumis sativus]8.8e-26799.78Show/hide
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XP_038893809.1 tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 [Benincasa hispida]1.4e-22787.44Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LRJ9 RanBP2-type domain-containing protein1.9e-24399.76Show/hide
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A0A1S3B294 tyrosyl-DNA phosphodiesterase 23.5e-24594.04Show/hide
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A0A5D3BK81 L-ascorbate oxidase-like protein3.5e-24594.04Show/hide
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A0A6J1K4H6 uncharacterized protein LOC1114900051.8e-21281.46Show/hide
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E5GC61 Endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein3.5e-24594.04Show/hide
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        LRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTP IYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHS GYFCMLLSKLPVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQ GISLTVATS
Subjt:  LRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSGYFCMLLSKLPVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATS

Query:  HLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPNVIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKL
        HLESPCPAPP WNQM+SKERVVQAKQ+V FLKETPNVIFGGDMNWDDKLDG+FPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKL
Subjt:  HLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPNVIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKL

Query:  QDFKVNSIEMIGTDSIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGLLLTISSL
        QDFKVNSIEMIGTDSIPGL+YTKEKKVGK+ KTLELPVLPSDHYGLLLTISSL
Subjt:  QDFKVNSIEMIGTDSIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGLLLTISSL

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A8XU68 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase5.4e-0927.07Show/hide
Query:  AEMGDSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTP-DIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSGYFCMLLSKL-PVKSFS
        A MG SSS      + +M++N+   +   L  RM+A+  ++++ +PD++  QEV   D+  I ++ + +K+Y      +     Y  +L+SK+  V+   
Subjt:  AEMGDSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTP-DIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSGYFCMLLSKL-PVKSFS

Query:  CQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPN--VIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELR
           F NS M R L I    +  G+ + +  +HLES           FS        +    +   P   + FGGD+N  D  +     PDG +DAW    
Subjt:  CQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPN--VIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELR

Query:  -PGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDR
           +  WT+DT  N    G    + R DR
Subjt:  -PGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDR

O75808 Calpain-151.8e-0441.1Show/hide
Query:  SMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSPSSPPPSS---SSSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCG-TRAPA
        ++  WSC +CTFLNP+ Q+  C IC +P   P  +     S    KW C  CTF N      CE+CG T  PA
Subjt:  SMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSPSSPPPSS---SSSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCG-TRAPA

Q5XJA0 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 21.8e-1227.78Show/hide
Query:  SAELSTFRGTKASMNAVAEMGDSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSG
        +AE  T   T  S    AE G + S      + I+++NV   + L L +R R L   +  ++PDV+  QE+ P      +     K     +  +    G
Subjt:  SAELSTFRGTKASMNAVAEMGDSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSG

Query:  YFC-MLLSKLPVKSFSCQ--PFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPN---VIFGGDMNW-DD
        YF  ++L K  VK    +   FP + M R L I  +    G  L + TSHLES C      NQ  S+ER  Q +  +  +KE P    VIF GD N  D 
Subjt:  YFC-MLLSKLPVKSFSCQ--PFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMFSKERVVQAKQSVGFLKETPN---VIFGGDMNW-DD

Query:  KLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGEN-GWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKLQDFKVNSIEMIGTDSIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGL
        ++      P G  D WE+L   E+  +T+DTK+N   +     + R DR   +               + P ++      +G ++  L+     SDH+G+
Subjt:  KLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGEN-GWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKLQDFKVNSIEMIGTDSIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGL

Query:  LLTISS
          T ++
Subjt:  LLTISS

Q9JLG8 Calpain-151.8e-0440.3Show/hide
Query:  SMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSPSSPPPSSS---SSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCG
        ++  WSC +CTFLNP+ Q+  C IC +P   P        S    KW C  CTF N      CE+CG
Subjt:  SMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSPSSPPPSSS---SSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCG

Q9XWG3 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase2.9e-1030.12Show/hide
Query:  LSTFRGTKASMNA--VAEMGDSSSRAC----------LK--TVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTP-DIYDIFQITNWWKVY
        L  F G++A   A   A MG SSS A           LK   V +M++N+   +   L  RM+A+  +++  +PD++  QEV   D+  I ++ + +K+Y
Subjt:  LSTFRGTKASMNA--VAEMGDSSSRAC----------LK--TVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRHSPDVICFQEVTP-DIYDIFQITNWWKVY

Query:  RCSVIKDSHSSGYFCMLLSKL-PVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMF----SKERVVQAKQSVGFLKETPNV
              +     Y  +L+SK+  V+      F NS M R L I    +  G+ + +  +HLES     P     F     K R + A Q+ G L     V
Subjt:  RCSVIKDSHSSGYFCMLLSKL-PVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMF----SKERVVQAKQSVGFLKETPNV

Query:  IFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEEL-RPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDR
         FGGD+N  D+   R   PDG  DAWE      +  +T+DT  N    G    + R DR
Subjt:  IFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEEL-RPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G11800.1 endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein1.6e-14159.5Show/hide
Query:  TVESRRTFLSFSLSMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSP------SSPPPS-SSSSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCGTRAPALSLSSFKDLID
        T+   R   S ++S SSWSC KCTFLN +SQK  C ICL+P      S PPPS S S++   KW+CKACTFLN++ NS C++CGTR+P  SL  F+DL D
Subjt:  TVESRRTFLSFSLSMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSP------SSPPPS-SSSSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECELCGTRAPALSLSSFKDLID

Query:  VS-EDENADSSVGSVFFPLQPSKKRKMDDPVPLESHGESAELSTFRGTKASMNAVAEMG-DSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRH
           E  +ADSSVGSVFFPL+   KRK  D   +E  G S   S  +G       +   G  S S   L  +KI++YNVWFREDLEL  RMRA+G LIQ H
Subjt:  VS-EDENADSSVGSVFFPLQPSKKRKMDDPVPLESHGESAELSTFRGTKASMNAVAEMG-DSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALGQLIQRH

Query:  SPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKD-SHSSGYFCMLLSKLPVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQ
        SP +ICFQEVTP+IYDIF+ +NWWK Y CSV  D + S GY+CMLLSKL VKSFS + F NSIMGREL I  +EV     L  ATSHLESPCP PP W+Q
Subjt:  SPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKD-SHSSGYFCMLLSKLPVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQ

Query:  MFSKERVVQAKQSVGFLKETPNVIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKLQDFKVNSIEMIGTD
        MFS+ERV QAK+++  L+   NVIFGGDMNW DKLDG+FP PD W+D WE L+PG+ G+TYDTK+N MLSGNR LQKRLDR +C+L D+K+  IEM+G +
Subjt:  MFSKERVVQAKQSVGFLKETPNVIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKLQDFKVNSIEMIGTD

Query:  SIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGLLLTIS
        +IPGLSY KEKKV  D K LELPVLPSDH+GLL+T+S
Subjt:  SIPGLSYTKEKKVGKDRKTLELPVLPSDHYGLLLTIS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTTCGAACAATAGCGTCGTCGTCGTCGTCATCATCATCATCATCATCTTCTTTTTCTTCTTTACGATCTCCCCACTCAGTCGGCTTCTTTCTTCATCATCGCACTGT
TGAAAGTCGTCGAACATTTCTCAGTTTCTCTCTTTCAATGTCTAGTTGGTCCTGCAAAAAATGCACCTTCTTAAACCCATCTTCTCAAAAGGCAGCCTGCAAAATCTGTC
TATCGCCTTCGTCTCCACCCCCATCTTCCTCTTCTTCTTCCACAACCCCTAAATGGTCCTGCAAGGCCTGCACTTTTCTCAACTCATTTACGAACTCCGAGTGCGAACTC
TGTGGCACTAGGGCTCCGGCCCTGTCGCTTTCGAGTTTCAAGGATTTGATTGATGTCAGTGAAGATGAGAATGCCGATTCTTCCGTCGGGTCTGTGTTCTTTCCCTTGCA
GCCCTCCAAGAAAAGGAAAATGGACGATCCTGTTCCTTTGGAGAGTCATGGCGAATCCGCAGAATTGAGCACATTTCGGGGCACTAAGGCGTCGATGAACGCTGTTGCGG
AAATGGGGGATTCTAGTTCTAGGGCATGCCTGAAAACGGTTAAGATTATGACTTACAATGTCTGGTTTCGAGAAGATTTGGAGTTGCGTAATAGAATGAGAGCTCTTGGA
CAACTTATCCAACGGCATTCACCAGATGTTATTTGTTTTCAGGAAGTTACCCCAGATATATATGACATCTTCCAAATTACTAACTGGTGGAAAGTTTATCGTTGTTCGGT
CATCAAGGATTCTCATTCGAGCGGATACTTTTGTATGCTGTTGAGCAAACTGCCTGTGAAATCCTTCAGTTGTCAACCATTTCCCAATTCTATAATGGGGAGAGAACTTT
GTATTGGCAATCTTGAAGTTCAAAAAGGCATTTCACTTACAGTTGCTACAAGCCATCTGGAGAGTCCTTGCCCTGCACCTCCAACGTGGAATCAAATGTTCAGCAAAGAG
CGTGTCGTTCAAGCCAAACAATCCGTCGGCTTTCTTAAGGAAACTCCTAATGTCATTTTCGGTGGTGACATGAACTGGGACGATAAGTTAGATGGTCGGTTTCCTTTTCC
TGATGGCTGGATTGATGCTTGGGAAGAATTAAGGCCTGGCGAAAATGGTTGGACATATGATACCAAATCGAACAAGATGTTATCTGGGAACCGAACATTGCAAAAGCGTT
TGGATCGGTTTATTTGTAAATTACAAGATTTCAAGGTGAATTCCATTGAAATGATTGGAACTGATTCAATACCTGGTTTATCATACACCAAGGAGAAGAAAGTGGGAAAA
GATAGGAAGACACTGGAGCTGCCTGTTTTGCCCAGTGATCATTATGGCTTGTTATTGACAATTAGCAGCCTATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCTCGAAGCGGCATAAGTCGAGCAAATCCTCAATGCTTCGAACAATAGCGTCGTCGTCGTCGTCATCATCATCATCATCATCTTCTTTTTCTTCTTTACGATCTCCCCAC
TCAGTCGGCTTCTTTCTTCATCATCGCACTGTTGAAAGTCGTCGAACATTTCTCAGTTTCTCTCTTTCAATGTCTAGTTGGTCCTGCAAAAAATGCACCTTCTTAAACCC
ATCTTCTCAAAAGGCAGCCTGCAAAATCTGTCTATCGCCTTCGTCTCCACCCCCATCTTCCTCTTCTTCTTCCACAACCCCTAAATGGTCCTGCAAGGCCTGCACTTTTC
TCAACTCATTTACGAACTCCGAGTGCGAACTCTGTGGCACTAGGGCTCCGGCCCTGTCGCTTTCGAGTTTCAAGGATTTGATTGATGTCAGTGAAGATGAGAATGCCGAT
TCTTCCGTCGGGTCTGTGTTCTTTCCCTTGCAGCCCTCCAAGAAAAGGAAAATGGACGATCCTGTTCCTTTGGAGAGTCATGGCGAATCCGCAGAATTGAGCACATTTCG
GGGCACTAAGGCGTCGATGAACGCTGTTGCGGAAATGGGGGATTCTAGTTCTAGGGCATGCCTGAAAACGGTTAAGATTATGACTTACAATGTCTGGTTTCGAGAAGATT
TGGAGTTGCGTAATAGAATGAGAGCTCTTGGACAACTTATCCAACGGCATTCACCAGATGTTATTTGTTTTCAGGAAGTTACCCCAGATATATATGACATCTTCCAAATT
ACTAACTGGTGGAAAGTTTATCGTTGTTCGGTCATCAAGGATTCTCATTCGAGCGGATACTTTTGTATGCTGTTGAGCAAACTGCCTGTGAAATCCTTCAGTTGTCAACC
ATTTCCCAATTCTATAATGGGGAGAGAACTTTGTATTGGCAATCTTGAAGTTCAAAAAGGCATTTCACTTACAGTTGCTACAAGCCATCTGGAGAGTCCTTGCCCTGCAC
CTCCAACGTGGAATCAAATGTTCAGCAAAGAGCGTGTCGTTCAAGCCAAACAATCCGTCGGCTTTCTTAAGGAAACTCCTAATGTCATTTTCGGTGGTGACATGAACTGG
GACGATAAGTTAGATGGTCGGTTTCCTTTTCCTGATGGCTGGATTGATGCTTGGGAAGAATTAAGGCCTGGCGAAAATGGTTGGACATATGATACCAAATCGAACAAGAT
GTTATCTGGGAACCGAACATTGCAAAAGCGTTTGGATCGGTTTATTTGTAAATTACAAGATTTCAAGGTGAATTCCATTGAAATGATTGGAACTGATTCAATACCTGGTT
TATCATACACCAAGGAGAAGAAAGTGGGAAAAGATAGGAAGACACTGGAGCTGCCTGTTTTGCCCAGTGATCATTATGGCTTGTTATTGACAATTAGCAGCCTATGATGT
GAGGATTTTGTTCTTAGTTTTGAGTGGTTGAAGTGAGGCCTGCTTTAATCTTTTGTTTTTTGTTCGTTTGCAGTGCTTCAAAATGCATGCTTTGGCTTGCGATTTTGTAT
CTAGCTTAAATCCGATTCCAAACAATGGGTTGGTTTAAGATTTTGTAATGGTACAGCATCAGGGTATCTAAATCACATTCTAGATCTTGATCTGGTTTTCCCATGTTCCA
TATCAGCATATTCTTGCTCAATAATTTGGTACAAAAACTATTATAATTGGAAGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLRTIASSSSSSSSSSSSFSSLRSPHSVGFFLHHRTVESRRTFLSFSLSMSSWSCKKCTFLNPSSQKAACKICLSPSSPPPSSSSSSTTPKWSCKACTFLNSFTNSECEL
CGTRAPALSLSSFKDLIDVSEDENADSSVGSVFFPLQPSKKRKMDDPVPLESHGESAELSTFRGTKASMNAVAEMGDSSSRACLKTVKIMTYNVWFREDLELRNRMRALG
QLIQRHSPDVICFQEVTPDIYDIFQITNWWKVYRCSVIKDSHSSGYFCMLLSKLPVKSFSCQPFPNSIMGRELCIGNLEVQKGISLTVATSHLESPCPAPPTWNQMFSKE
RVVQAKQSVGFLKETPNVIFGGDMNWDDKLDGRFPFPDGWIDAWEELRPGENGWTYDTKSNKMLSGNRTLQKRLDRFICKLQDFKVNSIEMIGTDSIPGLSYTKEKKVGK
DRKTLELPVLPSDHYGLLLTISSL