CuGenDBv2

Gene ID	CSPI01G12080
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	DNA ligase 1
Genome location	Chr1:7614645..7616806
RNA-Seq Expression	CSPI01G12080
Synteny	CSPI01G12080
Gene Ontology terms	GO:0007131 - reciprocal meiotic recombination (biological process) GO:0099086 - synaptonemal structure (cellular component) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004146600.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]

3.6e-106

100

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_008442500.1 PREDICTED: DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis melo]

3.8e-103

97.69

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_011653172.1 DNA ligase 1 isoform X2 [Cucumis sativus]

5.1e-100

97.22

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKE      DETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_023001751.1 DNA ligase 1 [Cucurbita maxima]

3.1e-97

91.67

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIP AKTR+RKRVSD DL+SSD+RK+TN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_038895277.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Benincasa hispida]

5.1e-100

93.98

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+K PT K R RKRVSDTDL+SSDQRK+TNDD+DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIE+VKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKF+ALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLF KYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LRW7 Uncharacterized protein

1.8e-106

100

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A1S3B5C2 DNA ligase 1 isoform X1

1.8e-103

97.69

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A5D3DS94 DNA ligase 1 isoform X1

1.8e-103

97.69

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A6J1EL64 DNA ligase 1

2.5e-97

91.67

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIP AKTR+RKRVSD+DL+SSD+RK+TN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A6J1KJH3 DNA ligase 1

1.5e-97

91.67

Show/hide

Query:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIP AKTR+RKRVSD DL+SSD+RK+TN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G33793.1 unknown protein

9.0e-63

68.13

Show/hide

Query:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA
        +LD+D+S D KGI+SAL Q +E+AH+D  KK EE+ISSV+TE+++ I+E+KSKLEK+RQNF+KALSKSSKECEN LKDE AKF+ L++KF K+KA HLQ 
Subjt:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA

Query:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD
        +KDTISKFEE+KERL+ +YEQLRK+E+++I+EQEK C EK+AQLEESLK+KK+ DKTFS+LRKTLGSFL+   SDE+FP D+
Subjt:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGGAACATCAAAATTCCTACTGCTAAAACAAGATCCAGGAAGCGAGTCTCCGACACCGATCTCTCGAGCTCCGATCAAAGGAAGCAAACCAACGATGATATCGACCT
TGATCTCGACCTTTCCGACGATCTTAAAGGGATAGTGTCGGCGTTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCATAAGGACGACCTGAAGAAGAATGAAGAGACGATCTCAAGTG
TAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGGCAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGT
TTGAAGGACGAGACTGCAAAATTCCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTTCAGGCCATAAAAGATACCATTTCAAAATTTGAAGAGGAGAA
AGAAAGGCTGTTCGCGAAATATGAACAACTGAGAAAGAGAGAAAGGAGCTTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAAGAGTCTTTGA
AAAGGAAAAAGCAGGATGACAAGACTTTCAGCCTTTTGAGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTTGATACTGGCTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CAAAATTTCCAAACGCTTCGAAACAGAACGGTTCTCCATCTTCAATTCCTAAGTTTTTTCTTCAACTTTCATCAAGATGGGGAACATCAAAATTCCTACTGCTAAAACAA
GATCCAGGAAGCGAGTCTCCGACACCGATCTCTCGAGCTCCGATCAAAGGAAGCAAACCAACGATGATATCGACCTTGATCTCGACCTTTCCGACGATCTTAAAGGGATA
GTGTCGGCGTTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCATAAGGACGACCTGAAGAAGAATGAAGAGACGATCTCAAGTGTAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGT
GAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGGCAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGTTTGAAGGACGAGACTGCAAAATTCCAAGCACTTT
ACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTTCAGGCCATAAAAGATACCATTTCAAAATTTGAAGAGGAGAAAGAAAGGCTGTTCGCGAAATATGAACAACTGAGA
AAGAGAGAAAGGAGCTTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAAGAGTCTTTGAAAAGGAAAAAGCAGGATGACAAGACTTTCAGCCT
TTTGAGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTTGATACTGGCTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLSSSDQRKQTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENC
LKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDTGSDEDFPADD

CSPI01G12080 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome