; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G13820 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G13820
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like
Genome locationChr1:9401576..9408339
RNA-Seq ExpressionCSPI01G13820
SyntenyCSPI01G13820
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR001857 - Ribosomal protein L19
IPR008991 - Translation protein SH3-like domain superfamily
IPR038657 - Ribosomal protein L19 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8652777.1 hypothetical protein Csa_022701 [Cucumis sativus]2.3e-17378.62Show/hide
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XP_011654048.1 50S ribosomal protein L19-1, chloroplastic isoform X4 [Cucumis sativus]2.3e-125100Show/hide
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XP_031743848.1 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus]6.5e-12086.81Show/hide
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XP_031743853.1 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic isoform X2 [Cucumis sativus]2.2e-12088.1Show/hide
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XP_031743858.1 50S ribosomal protein L19, chloroplastic isoform X3 [Cucumis sativus]1.3e-12398.34Show/hide
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        MESALQGSPAVDSVIPPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKARREIPDIKPGYIVQLKVEVPENKRRISTLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAGVG
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        IESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LV41 Uncharacterized protein6.2e-18581.94Show/hide
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        MEENDRLQKQVSQLV ENGYMHQHLQTTNAPAATTTDAACDSVATTPQHSLRDASSPTG               LLSIAKEIL AFLLKA GTVVDWVQM
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        PGMK                      V+       IGFAAAVVFLTLVLSSPLFQRFCTDFLLLCCHCWKSSAKMQGFRRINQLVRRQIPDANFKLIRGY
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        PLNGDAGCSCSAPMSMENSFTIPYLFGKSYGSLCGSFLRSFSRSGNQYPEAF                                LAETAAPFSSRGIATT
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        SSMESALQGSPAVDSVIPPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKARREIPDIKPGYIVQLKVEVPENKRRISTLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAG
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        VGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ
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A0A1S3CHC3 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic-like isoform X11.7e-11082.96Show/hide
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        STLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ
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A0A1S3CHF9 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic-like isoform X21.3e-11083.27Show/hide
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A0A1S3CHY3 50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like isoform X31.4e-11594.51Show/hide
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        L GSPAVDSVIPPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKA REIPDIKPGYIVQLKVEVPENKRRISTLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAGVGIESL
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        FPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ
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A0A6J1CB38 50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like1.2e-9875.09Show/hide
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        MQ FRRINQLVRRQ PDA+FK IRGYPLNGDAGCSCSAPMSMEN FTI   FG  YGSL GSFLRSFS+  NQYPEAF                      
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                  LAE A PFSSRGIA TSS+ES  Q SP +   I PRIKFKRLDKTS+HIMQILDKEA+EEVKA+REIPDIKPGYIVQLKVEVPENKRR+S
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        TLKGIVIARRNAGLN+TFR+RR+VAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVL+KKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2XBL9 Homeobox-leucine zipper protein HOX105.9e-3158.99Show/hide
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        MNKLLMEEN+RLQKQVSQLV+EN +M Q LQ  N P A   D +C+S  TTPQ+ LRDAS+P+G               LLSIA+E L  FL KATGT +
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        DWVQMPGMK     P  DSVGI AIS  C GV  RACGL
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P82413 50S ribosomal protein L19, chloroplastic4.5e-3142.03Show/hide
Query:  PMSMENSFTIPYLFGKSYGSLCGSFLRSFSRSGNQYPEAFLAETAAP----FSSRGIATTSSMESALQGSPAVDSVIPPRIKFKRLDKTSRH-------I
        P+  +  F I      S  S C S L     S N +   F +  + P    F  R  A  SS   A   +   +  +P   + +  ++  R        I
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Query:  MQILDKEAVEEVKARREIPDIKPGYIVQLKVEVPENKRRISTLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYL
        M IL+K+AV   +  R +P I+ G IVQ+++EVPENKRR+S  KGIVI+R+NAG+++T RIRR++AGVG+E +FPLYSPNIKEIKV+  +KVR+A+LYYL
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Query:  RDKMNAL
        RDK+  L
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Q6TAQ6 Homeobox-leucine zipper protein HOX105.9e-3158.99Show/hide
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        MNKLLMEEN+RLQKQVSQLV+EN +M Q LQ  N P A   D +C+S  TTPQ+ LRDAS+P+G               LLSIA+E L  FL KATGT +
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        DWVQMPGMK     P  DSVGI AIS  C GV  RACGL
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Q8W463 50S ribosomal protein L19-1, chloroplastic1.3e-3047.17Show/hide
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        E F+AE A         T  ++E  ++  P       PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+I+ G IV++K+EVPENKRR+S  KGIV+
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Query:  ARRNAGLNSTFRIRRVVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNAL
        +R+NAG+++T RIRR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYYLRDK+  L
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Q9SE43 Homeobox-leucine zipper protein REVOLUTA3.9e-3564.03Show/hide
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Query:  DWVQMPGMKECFVQPSSDSVGIFAISQSCSGVVTRACGL
        DWVQMPGMK     P  DSVGIFAISQ C+GV  RACGL
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24240.1 Ribosomal protein L19 family protein1.2e-5876.16Show/hide
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        FSSR  +TT     ++QGSP  D V+P RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV+  REIP+IKPGYIVQLKVEVPENKRR+S +KG+VIARRNAGLNST
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        FRIRR+VAGVG+ES+FPLYSPN++ IKV++KKKVRRAKLYYLR+K+NALKK
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AT4G11630.1 Ribosomal protein L19 family protein3.6e-6076.82Show/hide
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        FRIRR+VAGVG+ES+FPLYSPN++EIKV++KKKVRRAKLYYLRDK+NALKK
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AT4G17560.1 Ribosomal protein L19 family protein9.3e-3247.17Show/hide
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        E F+AE A         T  ++E  ++  P       PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+I+ G IV++K+EVPENKRR+S  KGIV+
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        +R+NAG+++T RIRR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYYLRDK+  L
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AT5G11750.1 Ribosomal protein L19 family protein1.4e-5976.97Show/hide
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        +S R  +TT  S++S  QGSP  D V+P RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV+  REIP+IKPGYIVQLKVEVPENKRR+S +KG+VIARRNAGLNS
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Query:  TFRIRRVVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKK
        TFRIRR+VAGVG+ES+FPLYSPN++EIKV++KKKVRRAKLYYLRDK+NALKK
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AT5G60690.1 Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein2.8e-3664.03Show/hide
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        MNKLLMEENDRLQKQVSQLV ENGYM Q L T         D +C+SV TTPQHSLRDA+SP G               LLSIA+E LA FL KATGT V
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        DWVQMPGMK     P  DSVGIFAISQ C+GV  RACGL
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATAACAATTATGACAAACTCTTGTCTATTGCAAAAGAGATTTTGGCAGCCTTCCTATTAAAGGCTACAGGAACTGTTGTCGATTGGGTCCAGATGCCTGGGATGAAGGAG
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ATGGAAAACAGTTTTACTATTCCTTATCTTTTTGGGAAGTCATATGGGTCTTTGTGTGGTTCCTTCTTGAGGTCTTTCTCGAGGTCGGGCAATCAATATCCGGAAGCCTT
CTTGGCAGAAACTGCAGCTCCTTTTTCTAGTAGGGGCATTGCTACGACAAGCTCGATGGAATCAGCTCTACAGGGATCCCCTGCAGTTGATTCTGTTATACCACCTCGCA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GCAGAATTAATCAATTGGTACGAAGGCAAATTCCTGATGCTAATTTCAAATTGATTAGAGGTTATCCTCTGAATGGGGATGCTGGCTGTAGCTGCTCGGCCCCAATGTCG
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CTTGGCAGAAACTGCAGCTCCTTTTTCTAGTAGGGGCATTGCTACGACAAGCTCGATGGAATCAGCTCTACAGGGATCCCCTGCAGTTGATTCTGTTATACCACCTCGCA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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YIVQLKVEVPENKRRISTLKGIVIARRNAGLNSTFRIRRVVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLEKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKQ