; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G14490 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G14490
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionCollagen triple helix repeat
Genome locationChr1:10144509..10145430
RNA-Seq ExpressionCSPI01G14490
SyntenyCSPI01G14490
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
MBK8201852.1 hypothetical protein [Bdellovibrionales bacterium]2.3e-0636.42Show/hide
Query:  MFGILGT-GILGRGGKSVDGIEGTISGIV----VGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIG
        M G++G+ G++G G   + G  G + G +    + G +  M G     G +G+MGG +G +G  G  G  G+MGG +GM+G+      +G+MGG +G +G
Subjt:  MFGILGT-GILGRGGKSVDGIEGTISGIV----VGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIG

Query:  GKGNEGTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG
          G  G +G+MGG +G +G  G  G+MG   GM+G  GN G    + GM G
Subjt:  GKGNEGTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG

NBU93789.1 collagen-like protein [Actinobacteria bacterium]1.1e-0538.56Show/hide
Query:  GILGTGILG-RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG--GRLGTIGGEGNEGTPGIMG-----GRLGMVGSEGNEGILGIMG--GRLG
        GI GTGI G  G +   G +G I    + GT  G+ G    +GT G+ G  G  GTIG  GN+GT G  G     G  G+ G+ G  G+ G+ G  G +G
Subjt:  GILGTGILG-RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG--GRLGTIGGEGNEGTPGIMG-----GRLGMVGSEGNEGILGIMG--GRLG

Query:  TIGGKGNEGTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMG--------ERSGMIGNEGNEGT
        T G  G +GT+G  G + G  GS+G+ G+ G           G IGN+G  GT
Subjt:  TIGGKGNEGTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMG--------ERSGMIGNEGNEGT

WP_149249425.1 trigger factor [Labrys sp. KNU-23]6.7e-0641.03Show/hide
Query:  GILGTGILGRGGKS--VDGIEGTISGI--------VVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNE-GTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRL
        G +G G+ G GG    V G+ G I GI        VVGG    + G+  + G  G++GG  G IGG G E G  GI+GG  G VG +G  G+ G++GG  
Subjt:  GILGTGILGRGGKS--VDGIEGTISGI--------VVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNE-GTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRL

Query:  GTIGGKGNEGTL-GIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG
        G IGG G +G L G++GG  GAIG +G  G+ G   G+ G +G  G   I  G+ G
Subjt:  GTIGGKGNEGTL-GIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG

XP_014166856.2 collagen alpha-2(IV) chain-like, partial [Geospiza fortis]1.3e-0640.24Show/hide
Query:  MFGILGTGILGRGGK-------SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG----GRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMG-
        M GILG G LG  G         + GI+G +    + GT LG++GI   +G LGI G    G LGT+G EG +G PGI+ G LGM+G EG +GILG +G 
Subjt:  MFGILGTGILGRGGK-------SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG----GRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMG-

Query:  -GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGERS--------GMIGNEGNEGTPEI
         GRLG  G  G +G  G++G        G LG +G +G+ G++G +         GM+G  G  G P +
Subjt:  -GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGERS--------GMIGNEGNEGTPEI

XP_031739036.1 collagen alpha-1(IV) chain [Cucumis sativus]3.7e-5786.54Show/hide
Query:  MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNE
        MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTI GIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSE NEGILGIMGGRLGTIGGKGNE
Subjt:  MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNE

Query:  GTLGIMGGRLGAIGS---EGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEI------TDGMEGN
        GTLGIMGGRLG IGS   EG  GIMG R G IG+EGNEGTP I      T G EGN
Subjt:  GTLGIMGGRLGAIGS---EGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEI------TDGMEGN

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LY65 Uncharacterized protein9.3e-5479.87Show/hide
Query:  MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNE
        MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTI GIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIG EGNEGTPG+MGGRLG +GSEGNEG  G+MGGRLGTIGGKGNE
Subjt:  MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNE

Query:  GTLGIMGGRLGAIGS---EGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGNNCGR
        GT GIMGGRLG IGS   EG  G+MG R G IG +GNEGTP +  G  G   G+
Subjt:  GTLGIMGGRLGAIGS---EGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGNNCGR

A0A5C1WAB6 Trigger factor3.2e-0641.03Show/hide
Query:  GILGTGILGRGGKS--VDGIEGTISGI--------VVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNE-GTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRL
        G +G G+ G GG    V G+ G I GI        VVGG    + G+  + G  G++GG  G IGG G E G  GI+GG  G VG +G  G+ G++GG  
Subjt:  GILGTGILGRGGKS--VDGIEGTISGI--------VVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNE-GTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRL

Query:  GTIGGKGNEGTL-GIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG
        G IGG G +G L G++GG  GAIG +G  G+ G   G+ G +G  G   I  G+ G
Subjt:  GTIGGKGNEGTL-GIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEG

A0A672GY60 Uncharacterized protein1.7e-0741.1Show/hide
Query:  GILGT-GILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTI-----LGMNGIEDNEGTLGIMG-----GRLGTIGGEGNEGTPGIMG--GRLGMVGSEGNEGILGIMG-
        G LGT G LG  G    G +GT+  + + GT+     LG+ G +   GTLGIMG     G LGT+G +G +G  G +G  G L M+G+ G +G LGI G 
Subjt:  GILGT-GILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTI-----LGMNGIEDNEGTLGIMG-----GRLGTIGGEGNEGTPGIMG--GRLGMVGSEGNEGILGIMG-

Query:  ----GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGE--RSGMIGNEGNEGT
            G LGT+G  G +GT GIMG        G+LG +G+ G+ GI G     G +G  G +GT
Subjt:  ----GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGE--RSGMIGNEGNEGT

A0A6I9ZE69 collagen alpha-2(IV) chain-like6.5e-0740.24Show/hide
Query:  MFGILGTGILGRGGK-------SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG----GRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMG-
        M GILG G LG  G         + GI+G +    + GT LG++GI   +G LGI G    G LGT+G EG +G PGI+ G LGM+G EG +GILG +G 
Subjt:  MFGILGTGILGRGGK-------SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG----GRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMG-

Query:  -GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGERS--------GMIGNEGNEGTPEI
         GRLG  G  G +G  G++G        G LG +G +G+ G++G +         GM+G  G  G P +
Subjt:  -GRLGTIGGKGNEGTLGIMG--------GRLGAIGSEGIFGIMGERS--------GMIGNEGNEGTPEI

F9MNA7 Hemagglutinin (Fragment)1.6e-0535.25Show/hide
Query:  GRGGK--SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDN------EGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNEGT
        G+ G+  ++DG +G I      GT + +NG +        +GT   M G+ GTIG  G +GT   + G+ G VG++G +G    M G+ GTIGGKG +GT
Subjt:  GRGGK--SVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDN------EGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNEGT

Query:  LGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEIT
           M  + G IG++G  G  G+    +   G +G   IT
Subjt:  LGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEIT

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P9WIF5 PE-PGRS family protein PE_PGRS336.5e-0434.69Show/hide
Query:  GILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIM-GGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIG-GKGNE
        G  G G++G GG    G    + G    G   G  G+    G  G  GG  G + G G  G  G + GG  G+ G+ GN G  G++ G  G  G G G  
Subjt:  GILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIM-GGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIG-GKGNE

Query:  GTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGN
        G  G +GG+ G IG  G  G  G  +G  G +G  G   I  G  GN
Subjt:  GTLGIMGGRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGN

Q30D77 Collagen alpha-1(XXIV) chain8.5e-0435.21Show/hide
Query:  RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG-----GRLGTIGGEGNEGTPGIMG-----GRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNEG
        RG   + G+ G I      G   G+ G E N G+ G+ G     G +G +G EG  GTPG+ G     GR G  G  G+ G  G + G  G +GG G  G
Subjt:  RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMG-----GRLGTIGGEGNEGTPGIMG-----GRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNEG

Query:  TLGIMG-----GRLGAIGSEGIFGIMGER--SGMIGNEGNEG
          G+ G     G  G  G+ G  G+ G R  SG+ G++G +G
Subjt:  TLGIMG-----GRLGAIGSEGIFGIMGER--SGMIGNEGNEG

Q5UPS7 Collagen-like protein 47.7e-0538.51Show/hide
Query:  GILG-RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTI--LGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMG----------GRLGMVGSEGNEGILGIMG-----G
        G +G RG K   G +G I      G I  +G NG   ++G  G M G  G+ G +G++GT GI G          G+ G  GS+G++GI GI G     G
Subjt:  GILG-RGGKSVDGIEGTISGIVVGGTI--LGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMG----------GRLGMVGSEGNEGILGIMG-----G

Query:  RLGTIGGKGNEGTLGIMG--GRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGNN
          GT G  G  GT G+ G  G LG  G +GI GI+G + G+ G+ GN+G     DG++G N
Subjt:  RLGTIGGKGNEGTLGIMG--GRLGAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGNN

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCGGGATATTAGGGACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGCAAATCGGTGGATGGAATAGAAGGAACGATCAGCGGGATAGTAGTAGGTGGAACAATATTAGGGATGAA
TGGAATCGAAGACAATGAAGGAACTCTCGGGATAATGGGTGGAAGGTTAGGGACGATTGGAGGTGAAGGCAATGAAGGAACTCCTGGGATAATGGGTGGAAGATTAGGGA
TGGTTGGAAGCGAAGGCAATGAAGGAATTCTCGGGATAATGGGTGGAAGATTAGGGACGATTGGAGGCAAAGGCAATGAAGGAACTCTCGGGATAATGGGTGGAAGATTA
GGGGCGATTGGAAGTGAAGGAATTTTTGGGATAATGGGTGAAAGGTCGGGGATGATTGGAAATGAAGGCAATGAAGGAACTCCCGAGATAACAGATGGAATGGAAGGAAA
TAATTGTGGGAGATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTGTGATGTTCTCCTTCGATTTAACATTATTTGTCTGGTATTTATCAAAATAATACATAGAGTAACACCGATAATTTTCGCTCATAGTAATTTTTTATTTAAATATGACT
TTTTAAAGTTACATAATAGTAGCTTACATGATTGATTAGAAAGAACTTGAAGCAAATAAAATTCCACCAGGAAACCTCATGCTTTAAACTTCCAGTCTAGAGAAGCTCCA
CTACTTTGATAACGCACACTAGTATATTGTCAAAGGTGGAATACTGAGGGGAGACGCATTGATTCAAGGGAAATATAAGGAGGAAATGGATAATAGTATTATTTGGAGCG
TACTAGGGAGTGGAAGCAATGTTCGGGATATTAGGGACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGCAAATCGGTGGATGGAATAGAAGGAACGATCAGCGGGATAGTAGTAGGTGG
AACAATATTAGGGATGAATGGAATCGAAGACAATGAAGGAACTCTCGGGATAATGGGTGGAAGGTTAGGGACGATTGGAGGTGAAGGCAATGAAGGAACTCCTGGGATAA
TGGGTGGAAGATTAGGGATGGTTGGAAGCGAAGGCAATGAAGGAATTCTCGGGATAATGGGTGGAAGATTAGGGACGATTGGAGGCAAAGGCAATGAAGGAACTCTCGGG
ATAATGGGTGGAAGATTAGGGGCGATTGGAAGTGAAGGAATTTTTGGGATAATGGGTGAAAGGTCGGGGATGATTGGAAATGAAGGCAATGAAGGAACTCCCGAGATAAC
AGATGGAATGGAAGGAAATAATTGTGGGAGATAACGCCGTGCTTCAGTCAGTTCAATATTGGTTGATGATAGACCCATAAATAAAAGGACAAGAATTAGAAAGCTTTTAT
TGGAAGCCATGTTAGATAAATGTTTGCTTCAACGCTTACAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFGILGTGILGRGGKSVDGIEGTISGIVVGGTILGMNGIEDNEGTLGIMGGRLGTIGGEGNEGTPGIMGGRLGMVGSEGNEGILGIMGGRLGTIGGKGNEGTLGIMGGRL
GAIGSEGIFGIMGERSGMIGNEGNEGTPEITDGMEGNNCGR