; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G15780 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G15780
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptionheterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
Genome locationChr1:11302284..11307026
RNA-Seq ExpressionCSPI01G15780
SyntenyCSPI01G15780
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034131 - DAZ-associated protein 1, RNA recognition motif 2
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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        ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN+FYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRN+AGYTVGYGVSNRQSNRGIAA
Subjt:  ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA

A0A6J1EKS0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like isoform X11.6e-24891.42Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYF++FGEVVEVMIMRDR TGRARGFGFVVFADPV AARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQN+LSRNNTGILGSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF
        TRTKKIFVGGLASTVTESDFK YFDQFGTI DVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNR+QL  YP+ F
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGG-
        GRVGSYLNGYNQGYNPT+VG YGLRSD RFSPVTVGRGGLSPISPGYG+GLNL+TGLNPNYGTG NV SNLSYGRVMSPSY GNLNRYGSPNPMVY GG 
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGG-

Query:  GGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSS
        GGNGSILSSSVQNLWGNV  S GTNSSHLRTFPGSGGVHTGT+SLN IGGLWGASASL HGE++GS FN VNLDF +GD S TSGTTVGYARS+GTNVSS
Subjt:  GGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSS

Query:  ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA
        ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN+FYGHSSWQ LPTELEDSSS+GFGLGNAASDVISRNN GYTVGYGVSNRQSNRGIAA
Subjt:  ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O43347 RNA-binding protein Musashi homolog 15.3e-4443.64Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        DP K+FIGG+SW T ++ LREYF  FGEV E ++MRD  T R+RGFGFV F D     +V+ + +H +D +T++ K A PR  Q  +             
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE----SSPVPNRNQLAGY
        TRTKKIFVGGL+   T  D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+ESE+ VEKV    FHE+N KMVE K+A PKE    +     R+++  Y
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE----SSPVPNRNQLAGY

Query:  PFNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSP
          +   +G  + GY  G+  T    Y  RS    +P
Subjt:  PFNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSP

Q8W034 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 12.4e-6037.88Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR----NNTGILGS
        D GKLF+GGISW+TDED+LRE+F N+GEV + ++MRD+ TGR RGFGFV+F+DP    RV+ EKH ID R V+ K+A+ R++Q +  R    N +   G 
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR----NNTGILGS

Query:  PGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYP
            +TKKIFVGGL  T+T+ +F++YF+ +G + DV +MYD  T RPRGFGF++++SE++V+ VL+KTFH+L+GK VEVKRA+PK+++P      + G  
Subjt:  PGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYP

Query:  FNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRF-SPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVY
           G  G Y     QGY        G     RF    +VG G  S  S GYG G          YG G N +   +YG      Y+G+   YG+     Y
Subjt:  FNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRF-SPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVY

Query:  SG----GGGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTG------------TSSLNN----IGGLWGASASLGH--------GENAGSSFN
              G G GS    + +N W   ++S   N  +     GSG  H+G             S  +N     GG  G+ +  G+        G  +G   N
Subjt:  SG----GGGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTG------------TSSLNN----IGGLWGASASLGH--------GENAGSSFN

Query:  TVN----LDFGNGDASFTSGTTVGY
               +  G GD S+ S  + GY
Subjt:  TVN----LDFGNGDASFTSGTTVGY

Q920Q6 RNA-binding protein Musashi homolog 23.3e-4638.29Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD  T R+RGFGFV FADP +  +V+ +  H +D +T++ K A PR  Q  +             
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLAGYPF-
        TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE K+A PKE   P   R +  G P+ 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLAGYPF-

Query:  ------NFGRVG--SYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGS
                G +G  +++  Y +GY P     YG +  G F     G    + ++   G  LN       +Y   PN      +G   SP+ S        
Subjt:  ------NFGRVG--SYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGS

Query:  PNPMVYSGGGGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNS--SHLRTFPGSGGVH
         NP     GG  G+     V +L+G  S  +G  +  S     PGSG  H
Subjt:  PNPMVYSGGGGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNS--SHLRTFPGSGGVH

Q96DH6 RNA-binding protein Musashi homolog 23.9e-4738.89Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD  T R+RGFGFV FADP +  +V+ +  H +D +T++ K A PR  Q  +             
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLAGYPF-
        TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE K+A PKE   P   R +  G P+ 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLAGYPF-

Query:  ------NFGRVG--SYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLS--YGRVMSPSYSGNLNRY
                G +G  +++  Y +GY P     YG +  G F     G    + ++   G G N      P    G N    ++  YG     S  GN    
Subjt:  ------NFGRVG--SYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLS--YGRVMSPSYSGNLNRY

Query:  GSPNPMVYSGGGGNGSILSSSVQN
         SP P    G G  G +++++  N
Subjt:  GSPNPMVYSGGGGNGSILSSSVQN

Q9JII5 DAZ-associated protein 14.1e-4437.67Show/hide
Query:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSP--GP
        GKLF+GG+ W T ++ LR YF  +GEVV+ +IM+D+ T ++RGFGFV F DP     V+  + H +DGR ++ K   PR  Q   +R   G    P    
Subjt:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSP--GP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYP---
        +++ KIFVGG+     E++ ++YF +FG + +VV++YD   QRPRGFGFIT+E E+SV++ +   FH++ GK VEVKRA P++S     +NQ  G P   
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYP---

Query:  -FNFGRVGSYLNG--------YNQGYNP--------TAVGGYGLRSDGRFSP----------VTVGRGGLSP---ISPGYGMGLNLETGLNP
         +      S  NG        + QGY P         A+GGYG    GR +P          V+   GG  P      GYG       G  P
Subjt:  -FNFGRVGSYLNG--------YNQGYNP--------TAVGGYGLRSDGRFSP----------VTVGRGGLSP---ISPGYGMGLNLETGLNP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein6.1e-12855.33Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF +FGEV+E +I++DR TGRARGFGFVVFADP  A  V+ EKH IDGR VEAKKAVPRDDQN+++R N++ I GSP G
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G

Query:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQL-AGYPF
        P RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT  DVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVEVKRAVPKE SP P+R+ L AGY +
Subjt:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQL-AGYPF

Query:  NFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSG
           RV + LNGY QG+NP AVGGYGLR DGRFSPV  GR G +  S GYGM +N + GL   +  G N + N+ YGR MSP Y GN NR+G         
Subjt:  NFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSG

Query:  GGGNGSILSSSVQNLWGN---VSTSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI
        GGGN S  SS  +NLWGN   ++ +    +S+  T+ G  S G +T +    N G  WGA    G G NA S+ N      GNG++ F  GT    AR+ 
Subjt:  GGGNGSILSSSVQNLWGN---VSTSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI

Query:  GTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNNA-GYTVGYGVSNRQSNRGIA
        G N     SS S  SA N   YD     E +GN       Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +R+++ GY   Y V+ RQ NRGIA
Subjt:  GTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNNA-GYTVGYGVSNRQSNRGIA

AT3G07810.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein6.7e-12755.15Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF +FGEV+E +I++DR TGRARGFGFVVFADP  A  V+ EKH IDGR VEAKKAVPRDDQN+++R N++ I GSP G
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G

Query:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQL-AGYPF
        P RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT  DVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVEVKRAVPKE SP P+R+ L AGY +
Subjt:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQL-AGYPF

Query:  NFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSG
           RV + LNGY QG+NP AVGGYGLR DGRFSPV  GR G +  S GYGM +N + GL   +  G N + N+ YGR MSP Y GN NR+G         
Subjt:  NFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSG

Query:  GGGNGSILSSSVQNLWGN---VSTSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI
        GGGN S  SS  +NLWGN   ++ +    +S+  T+ G  S G +T +    N G  WGA    G G NA S+ N      GNG++ F  GT    AR+ 
Subjt:  GGGNGSILSSSVQNLWGN---VSTSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI

Query:  GTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNNA-GYTVGYGVSNRQSNRG
        G N     SS S  SA N   YD     E +GN       Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +R+++ GY   Y V+ RQ NRG
Subjt:  GTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNNA-GYTVGYGVSNRQSNRG

AT5G47620.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.8e-10949.38Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF +FGEV+E +IM+DRATGRARGFGFVVFADP  A RVVL KH+IDG+ VEAKKAVPRDD  + +++N+ + GSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF
        + +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK AVPK+ +    RNQ+    F  
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG
         R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYG+ LN E     NYG+G    S+  +GR  SP Y+ +L R+GS    + SGG 
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG

Query:  --GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI
          GNGS+L+++ +N LWGN      +NS   R +F G+ G+    SSL +IG  WG  A   S  HGE  G     +    G     ++SG+++      
Subjt:  --GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI

Query:  GTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA
                                E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ N GIAA
Subjt:  GTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA

AT5G47620.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.8e-10949.38Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF +FGEV+E +IM+DRATGRARGFGFVVFADP  A RVVL KH+IDG+ VEAKKAVPRDD  + +++N+ + GSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF
        + +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK AVPK+ +    RNQ+    F  
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLAGYPFNF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG
         R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYG+ LN E     NYG+G    S+  +GR  SP Y+ +L R+GS    + SGG 
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG

Query:  --GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI
          GNGS+L+++ +N LWGN      +NS   R +F G+ G+    SSL +IG  WG  A   S  HGE  G     +    G     ++SG+++      
Subjt:  --GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSI

Query:  GTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA
                                E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ N GIAA
Subjt:  GTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA

AT5G47620.4 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.5e-10547.23Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGR----------------------TVEAKKA
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF +FGEV+E +IM+DRATGRARGFGFVVFADP  A RVVL KH+IDG+                       VEAKKA
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGR----------------------TVEAKKA

Query:  VPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKR
        VPRDD  + +++N+ + GSPGP+ +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK 
Subjt:  VPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKR

Query:  AVPKESSPVPNRNQLAGYPFNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMS
        AVPK+ +    RNQ+    F   R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYG+ LN E     NYG+G    S+  +GR  S
Subjt:  AVPKESSPVPNRNQLAGYPFNFGRVGSYLNGYNQGYNPTAVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMS

Query:  PSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG--GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVN
        P Y+ +L R+GS    + SGG   GNGS+L+++ +N LWGN      +NS   R +F G+ G+    SSL +IG  WG  A   S  HGE  G     + 
Subjt:  PSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGG--GNGSILSSSVQN-LWGNVSTSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASA---SLGHGENAGSSFNTVN

Query:  LDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQS
           G     ++SG+++                              E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ 
Subjt:  LDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQS

Query:  NRGIAA
        N GIAA
Subjt:  NRGIAA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGTATTTCGTGGGACACAGATGAAGATCGTCTTCGGGAGTACTTTCGGAACTTTGGAGAAGTGGTGGAGGTGATGATCATGAG
GGATCGGGCCACCGGCCGTGCCCGTGGCTTTGGATTCGTTGTCTTTGCTGACCCTGTTGCTGCAGCGAGAGTTGTATTGGAAAAACATGTAATTGATGGAAGAACTGTTG
AAGCAAAGAAGGCGGTTCCTCGAGATGATCAAAACATTTTGAGCAGGAATAATACTGGTATTCTTGGATCACCTGGTCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGA
TTGGCATCAACTGTTACAGAGAGTGACTTCAAAAAGTATTTTGATCAGTTTGGTACAATCGTAGATGTCGTTGTGATGTATGATCATAATACTCAAAGACCAAGAGGTTT
TGGATTTATCACTTACGAGTCGGAGGAATCGGTGGAGAAAGTGTTATACAAAACTTTTCATGAACTCAATGGAAAAATGGTTGAGGTTAAGAGGGCTGTTCCCAAGGAAT
CATCACCAGTGCCAAATCGAAATCAATTAGCTGGATATCCTTTCAATTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTAAATGGCTATAATCAAGGATATAATCCAACCGCAGTTGGG
GGATATGGATTGAGATCTGATGGTAGATTTAGTCCTGTTACAGTTGGTCGGGGTGGCCTTTCTCCAATTAGTCCTGGTTATGGAATGGGGCTAAATCTTGAAACAGGCTT
GAACCCCAACTATGGGACAGGTCCCAATGTTAGCTCTAACCTCAGCTATGGACGAGTAATGAGCCCCTCGTACAGTGGAAATTTAAATAGGTACGGTAGCCCAAACCCCA
TGGTATATAGTGGTGGTGGAGGTAATGGTTCTATTTTAAGCTCGTCGGTTCAGAATCTGTGGGGAAACGTCAGTACCTCTGCTGGTACAAACTCCTCACACTTGAGGACT
TTTCCTGGCTCTGGTGGTGTGCATACAGGAACTAGTTCATTAAACAATATCGGAGGGCTTTGGGGTGCTTCTGCAAGTTTAGGTCATGGGGAAAATGCTGGTTCTTCATT
CAATACTGTTAATCTTGACTTCGGAAACGGAGATGCCAGCTTTACATCAGGAACAACTGTAGGTTATGCTAGAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGTACT
CTGCACCAAATATTTATGATGAGGTTCATGGGAATAATGATGAAGGAAACACATTTTATGGGCATTCCAGTTGGCAGTCGTTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCCTCA
ATTGGTTTTGGCCTTGGCAATGCAGCTTCAGATGTTATTAGTAGAAACAATGCTGGTTATACTGTTGGATACGGTGTTTCTAATAGACAATCTAATAGAGGAATTGCTGC
TTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTAATTTTCGTACGCGCAAGACAACCAAGTCTTTCTTTTCTCTTTTCTTTCTCTCTCTACCTATACATATATAATTATAATTGTGTGTATATGTAATTTGTTATATATTT
AGATGCAAATATTGCGCCCATTCCAGATGCAAATTCCTTTTCTTACACAAATATCTTTCTCCTTCTCTCTGTTTCATATATAGCCTTCAATCGTTTATTTGGTATTGCAT
ATTTATCTAGAACAAAAACCAAAACAGTAACTGGAACAAGGAAAGAGATAGGAAAAAAGGAGGGCCTCTCGCCCTCTCTTCTTATTATGCCTTCTCTTAGATCTTAGATT
CTAGAGTTCCCAACTGGGTCGTTTTCATTTCGAGTGGGCATGGATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGTATTTCGTGGGACACAGATGAAGATCGTCTTCGGGAGTACTT
TCGGAACTTTGGAGAAGTGGTGGAGGTGATGATCATGAGGGATCGGGCCACCGGCCGTGCCCGTGGCTTTGGATTCGTTGTCTTTGCTGACCCTGTTGCTGCAGCGAGAG
TTGTATTGGAAAAACATGTAATTGATGGAAGAACTGTTGAAGCAAAGAAGGCGGTTCCTCGAGATGATCAAAACATTTTGAGCAGGAATAATACTGGTATTCTTGGATCA
CCTGGTCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGATTGGCATCAACTGTTACAGAGAGTGACTTCAAAAAGTATTTTGATCAGTTTGGTACAATCGTAGATGTCGT
TGTGATGTATGATCATAATACTCAAAGACCAAGAGGTTTTGGATTTATCACTTACGAGTCGGAGGAATCGGTGGAGAAAGTGTTATACAAAACTTTTCATGAACTCAATG
GAAAAATGGTTGAGGTTAAGAGGGCTGTTCCCAAGGAATCATCACCAGTGCCAAATCGAAATCAATTAGCTGGATATCCTTTCAATTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTA
AATGGCTATAATCAAGGATATAATCCAACCGCAGTTGGGGGATATGGATTGAGATCTGATGGTAGATTTAGTCCTGTTACAGTTGGTCGGGGTGGCCTTTCTCCAATTAG
TCCTGGTTATGGAATGGGGCTAAATCTTGAAACAGGCTTGAACCCCAACTATGGGACAGGTCCCAATGTTAGCTCTAACCTCAGCTATGGACGAGTAATGAGCCCCTCGT
ACAGTGGAAATTTAAATAGGTACGGTAGCCCAAACCCCATGGTATATAGTGGTGGTGGAGGTAATGGTTCTATTTTAAGCTCGTCGGTTCAGAATCTGTGGGGAAACGTC
AGTACCTCTGCTGGTACAAACTCCTCACACTTGAGGACTTTTCCTGGCTCTGGTGGTGTGCATACAGGAACTAGTTCATTAAACAATATCGGAGGGCTTTGGGGTGCTTC
TGCAAGTTTAGGTCATGGGGAAAATGCTGGTTCTTCATTCAATACTGTTAATCTTGACTTCGGAAACGGAGATGCCAGCTTTACATCAGGAACAACTGTAGGTTATGCTA
GAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGTACTCTGCACCAAATATTTATGATGAGGTTCATGGGAATAATGATGAAGGAAACACATTTTATGGGCATTCCAGT
TGGCAGTCGTTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCCTCAATTGGTTTTGGCCTTGGCAATGCAGCTTCAGATGTTATTAGTAGAAACAATGCTGGTTATACTGTTGGATA
CGGTGTTTCTAATAGACAATCTAATAGAGGAATTGCTGCTTAGGAAGAAGATGATACAACAGATGTCAAAAATTATAGTAGGTGATGCGTATTTCAGTAAAGCAGGTGTA
CTGCAATTTTTCGTATAATTTCGTCCTTGTGATACACTCCCATTTGATACTGTCAGAGCTAATTTGTTTTCTGTTTCACAAACTGTTCCATAAAGAAGCAGGTTCCAGAG
GGTTTTCTCTTGGTCAGGATTGAGCTTGAAAATATAGGTCTTTCTTCTTTCTTCTTCTTCTACTTCTACTTCTTTCTTTCCTTCCTTCTTTCTTGTAATTTGATTGATAT
GTATAATTGGATTGTGGGTAAGGTATATGTGCAGAACTGTTGCATAATACGCTACTCCGAGAAATGATGTCACACGAACGAATCAACATCTTTTTTCTTTTTTTCTCCTT
TTCTTTTCGGGTTCGTCTTTCTGAAAAAAGATGCTAGTATTCATCAGGTTTTCTTGTTGTTTGACCTTTTATTAGTCATTCTGGGTTTTTACTTCTCATCTGATTGTATG
AAACTGAGGTTGATTAGTGGTGTGATGTTGTCCAGCTTCCCAATTCTTCTTTGTTGTAAATTTAGCTCCCTTTTGAGCTAAACCAAAGTTTTTTAAGCTAAAAAATACTC
TTACTTGCAATTGAAAATGTTCTTACTTGCAATTGGAAATGTTTCTTTTTTGCATCCATC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFRNFGEVVEVMIMRDRATGRARGFGFVVFADPVAAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGG
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GYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGMGLNLETGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYSGNLNRYGSPNPMVYSGGGGNGSILSSSVQNLWGNVSTSAGTNSSHLRT
FPGSGGVHTGTSSLNNIGGLWGASASLGHGENAGSSFNTVNLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSS
IGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGIAA