; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G21270 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G21270
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationChr1:16830747..16832075
RNA-Seq ExpressionCSPI01G21270
SyntenyCSPI01G21270
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A0A0LX23 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.9e-151100Show/hide
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.7e-14897.74Show/hide
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.7e-14897.74Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.4e-14595.85Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.0e-14596.23Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic9.9e-14190.64Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)1.2e-14193.33Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.1e-14293.56Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic3.4e-14189.43Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic5.2e-14291.01Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.1e-13486.14Show/hide
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.1e-13486.14Show/hide
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        MAAS+MALSSP+FAGK V L+P++ E+ G+ RVTMRK+  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.9e-13586.52Show/hide
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        MAAS+MALSSP+FAGK VKL+P++ E+ G+ RVTMRK+  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASSMALSSPSFAGKVVKLTPSSPELFGNSRVTMRKSATKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B29.2e-13486.14Show/hide
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        MA+S+MALSSP+FAGK VK  P++ ++ G+ RVTMRK+  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASSMALSSPSFAGKVVKLTPSSPELFGNSRVTMRKSATKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B12.0e-13686.47Show/hide
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        MAAS+MALSSP+  GK VKL+P++ E+FG  R+TMRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASSMALSSPSFAGKVVKLTPSSPELFGNSRVTMRKSATKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCTCAAGCATGGCTCTATCCTCCCCCTCTTTCGCCGGAAAGGTGGTGAAACTCACCCCTTCCTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACAGCAGAGTCACCATGAGGAA
ATCTGCTACCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCTGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCATCCTATCTTACTGGAGAATTCC
CGGGTGACTATGGTTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAGACCTTTGCCAAGAACCGTGAACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGAGCATTG
GGTTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCCCGCAACGGTGTGAAGTTCGGAGAAGCAGTATGGTTCAAAGCCGGTTCTCAGATTTTCAGCGAAGGTGGACTCGACTACTTAGG
AAACCCAAGTTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCCCAAGTTGTTCTCATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGTATTGCCGGTGGTCCACTAGGGGAGG
TGACCGATCCCATCTACCCAGGCGGGAGCTTTGACCCATTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGAAGATTAGCT
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCTATTGTCACTGGAAAGGGTCCACTAGAGAATCTTGCGGACCATCTTACTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
CGCTACCAACTTCGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAGCCTCAAGCATGGCTCTATCCTCCCCCTCTTTCGCCGGAAAGGTGGTGAAACTCACCCCTTCCTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACAGCAGAGTCACCATGAGGAA
ATCTGCTACCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCTGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCATCCTATCTTACTGGAGAATTCC
CGGGTGACTATGGTTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAGACCTTTGCCAAGAACCGTGAACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGAGCATTG
GGTTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCCCGCAACGGTGTGAAGTTCGGAGAAGCAGTATGGTTCAAAGCCGGTTCTCAGATTTTCAGCGAAGGTGGACTCGACTACTTAGG
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TGACCGATCCCATCTACCCAGGCGGGAGCTTTGACCCATTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGAAGATTAGCT
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCTATTGTCACTGGAAAGGGTCCACTAGAGAATCTTGCGGACCATCTTACTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
CGCTACCAACTTCGTTCCTGGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASSMALSSPSFAGKVVKLTPSSPELFGNSRVTMRKSATKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLTDPVNNNAWAYATNFVPGK