; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI01G32350 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI01G32350
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionU11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein
Genome locationChr1:27148428..27149415
RNA-Seq ExpressionCSPI01G32350
SyntenyCSPI01G32350
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR032845 - U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48kDa protein


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0038392.1 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
TYJ97003.1 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
XP_008443753.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein [Cucumis melo]3.6e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
XP_031743015.1 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein isoform X2 [Cucumis sativus]1.2e-3988.35Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYN I QRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQS+NEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
XP_038879303.1 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein [Benincasa hispida]2.0e-3987.38Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQ +NED NKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LY27 Uncharacterized protein2.3e-4177.69Show/hide
Query:  MRISLFRVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST------YRYQLVTRDI-----
        MRISLFRVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDG PK+QS+NEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST       ++ L+   +     
Subjt:  MRISLFRVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST------YRYQLVTRDI-----

Query:  -IEEYMEEIMKAGGIGRFCEG
         IEEY+EEIMKAGGIGRF +G
Subjt:  -IEEYMEEIMKAGGIGRFCEG
A0A1S3B9I2 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein1.7e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
A0A5A7T4I0 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein1.7e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
A0A5D3BCH1 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein1.7e-4190.29Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        RVSEYNYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYMEEIMKAGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
A0A6J1EI02 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein4.0e-3883.5Show/hide
Query:  VSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRFC
        VSE+NYISQRACEERKR CNYRPIIEHDG PKQQS++ED +KTKT+EELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRST +   VTRDIIEEYM+EIMKAGGIG F 
Subjt:  VSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRFC

Query:  EGT
        +GT
Subjt:  EGT
SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9M8X2 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein3.1e-2762.14Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        R +E  +++ +A EER R C+YRPII+HDG P+Q+S N+D +K KTREELLAEERDYKRRRMSYRGKK KR+    + V  D+IEEY EEI  AGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G04160.1 unknown protein2.2e-2862.14Show/hide
Query:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF
        R +E  +++ +A EER R C+YRPII+HDG P+Q+S N+D +K KTREELLAEERDYKRRRMSYRGKK KR+    + V  D+IEEY EEI  AGGIG F
Subjt:  RVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRF

Query:  CEG
         +G
Subjt:  CEG
AT3G04160.2 unknown protein7.7e-2667.42Show/hide
Query:  ERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRFCEG
        ER R C+YRPII+HDG P+Q+S N+D +K KTREELLAEERDYKRRRMSYRGKK KR+    + V  D+IEEY EEI  AGGIG F +G
Subjt:  ERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRFCEG

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGGATCTCACTATTCAGGGTTTCGGAGTATAATTATATCTCTCAAAGAGCTTGTGAAGAGCGCAAGAGATGTTGCAACTATAGACCTATAATTGAGCATGATGGACA
CCCAAAGCAGCAGTCTTATAATGAGGATGCAAACAAGACGAAAACAAGGGAGGAATTGTTGGCTGAAGAAAGGGATTATAAACGTCGAAGAATGTCATACCGTGGAAAGA
AGGCAAAGCGATCAACTTACAGGTATCAGCTTGTTACAAGAGATATTATTGAGGAATACATGGAGGAGATTATGAAAGCTGGAGGAATTGGACGCTTTTGTGAAGGGACC
TGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGGATCTCACTATTCAGGGTTTCGGAGTATAATTATATCTCTCAAAGAGCTTGTGAAGAGCGCAAGAGATGTTGCAACTATAGACCTATAATTGAGCATGATGGACA
CCCAAAGCAGCAGTCTTATAATGAGGATGCAAACAAGACGAAAACAAGGGAGGAATTGTTGGCTGAAGAAAGGGATTATAAACGTCGAAGAATGTCATACCGTGGAAAGA
AGGCAAAGCGATCAACTTACAGGTATCAGCTTGTTACAAGAGATATTATTGAGGAATACATGGAGGAGATTATGAAAGCTGGAGGAATTGGACGCTTTTGTGAAGGGACC
TGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRISLFRVSEYNYISQRACEERKRCCNYRPIIEHDGHPKQQSYNEDANKTKTREELLAEERDYKRRRMSYRGKKAKRSTYRYQLVTRDIIEEYMEEIMKAGGIGRFCEGT