CuGenDBv2

Gene ID	CSPI02G00260
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	Photosystem II PsbX
Genome location	Chr2:168665..169033
RNA-Seq Expression	CSPI02G00260
Synteny	CSPI02G00260
Gene Ontology terms	GO:0015979 - photosynthesis (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0019904 - protein domain specific binding (molecular function)
InterPro domains	IPR009518 - Photosystem II PsbX

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0061475.1 membrane family protein [Cucumis melo var. makuwa]

2.1e-50

99.18

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_008459641.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103498700 [Cucumis melo]

2.3e-49

97.54

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISM MPITNAAQKR RRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_011648590.1 uncharacterized protein LOC105434533 [Cucumis sativus]

5.5e-51

100

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_022946746.1 uncharacterized protein LOC111450721 [Cucurbita moschata]

5.9e-45

89.34

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_038890010.1 uncharacterized protein LOC120079733 [Benincasa hispida]

3.3e-48

95.9

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRAR AEAFAKPLPLRPSNKP+ SS+SSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LIL7 Uncharacterized protein

2.7e-51

100

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A1S3CAS0 uncharacterized protein LOC103498700

1.1e-49

97.54

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISM MPITNAAQKR RRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A5A7V6L0 Membrane family protein

1.0e-50

99.18

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A6J1G4H3 uncharacterized protein LOC111450721

2.9e-45

89.34

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A6J1KCH8 uncharacterized protein LOC111493667

1.1e-44

88.52

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVV AILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G06520.1 photosystem II subunit X

3.1e-28

56.56

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+S+  P+         R+  F KPLPL+PS     +   + + QV+A   +KA+ G++A ALTASMV+PE+AEAAGSG+SPSLKNFLLSIA+GG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        +V+T I+G V+GV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCTTCAACTTCTGCAATTTCAATGGCTATGCCAATTACTAATGCGGCACAGAAGAGAGCGAGGAGGGCCGAAGCCTTTGCCAAACCATTGCCTTTGAGACCTTCCAA
CAAGCCAAGTGGCTCCTCAAGCTCCAGCGCCAAGTTCCAAGTGCGGGCTTCTTTGAAGGAGAAGGCTGTCGCTGGACTGGCTGCAACGGCACTCACAGCTTCCATGGTCC
TTCCTGAAGTGGCTGAAGCTGCTGGCTCTGGAGTTAGTCCCTCTCTCAAGAATTTCTTGCTCAGCATTGCCGCCGGTGGAGTAGTCGTCACTGCTATCTTGGGTGCAGTT
ATTGGCGTCGCCAATTTCGATCCCGTCAAGCGGACCTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGSGVSPSLKNFLLSIAAGGVVVTAILGAV
IGVANFDPVKRT

CSPI02G00260 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome