; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI02G24500 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI02G24500
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionDEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X1
Genome locationChr2:21045923..21047180
RNA-Seq ExpressionCSPI02G24500
SyntenyCSPI02G24500
Gene Ontology termsGO:0006281 - DNA repair (biological process)
GO:0032508 - DNA duplex unwinding (biological process)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0043138 - 3'-5' DNA helicase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
IPR039686 - FANCM/Mph1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8652234.1 hypothetical protein Csa_022145 [Cucumis sativus]8.1e-81100Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

TYK06568.1 Fanconi anemia group M protein isoform X6 [Cucumis melo var. makuwa]3.3e-8296.95Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVA LSGIHSASSHSLHPSLTESSDA AETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFI+NAKF+KKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLS
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGK+LLS
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLS

XP_011649875.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X1 [Cucumis sativus]8.1e-81100Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

XP_031736810.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X5 [Cucumis sativus]8.1e-81100Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

XP_031736812.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X7 [Cucumis sativus]8.1e-81100Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LPX7 Uncharacterized protein2.6e-85100Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLSY
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLSY
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLSY

A0A1S3B3H7 Fanconi anemia group M protein isoform X22.8e-7997.47Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVA LSGIHSASSHSLHPSLTESSDA AETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFI+NAKF+KKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

A0A1S4DTZ2 Fanconi anemia group M protein isoform X52.8e-7997.47Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVA LSGIHSASSHSLHPSLTESSDA AETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFI+NAKF+KKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

A0A5A7T298 Fanconi anemia group M protein isoform X62.8e-7997.47Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVA LSGIHSASSHSLHPSLTESSDA AETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFI+NAKF+KKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

A0A5D3C5Y0 Fanconi anemia group M protein isoform X61.6e-8296.95Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        DFDWEAAVKEIDVA LSGIHSASSHSLHPSLTESSDA AETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFI+NAKF+KKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLS
        AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGK+LLS
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0A1D5PRR9 Fanconi anemia group M protein8.5e-1765.52Show/hide
Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        A   WIYP N P R YQL + + ALF+NTL+ LPTGLGKT +AAVVMYN++RWFP GK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

I3XHK1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM2.2e-3658.02Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID
        +FDWEAAVKEID+A L   +++SS S H            TP A+ P++    K    RQSTL +FI   + + +   V   V + G+ + D+  LV ID
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID

Query:  EEAAKTWIYPVN--VPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
         EAAKTWIYPVN  VPLRDYQ AITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFP+GK
Subjt:  EEAAKTWIYPVN--VPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

Q8BGE5 Fanconi anemia group M protein homolog5.3e-1972.41Show/hide
Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        A   WIYP N P+RDYQL I+++ALF NTLV LPTGLGKT IAAVVMYN++RWFP GK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

Q8IYD8 Fanconi anemia group M protein7.0e-1972.41Show/hide
Query:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
        A   WIYP N P+RDYQL I++ ALF NTLV LPTGLGKT IAAVVMYN++RWFP GK
Subjt:  AAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

Q9UT23 ATP-dependent DNA helicase fml14.5e-1867.21Show/hide
Query:  DIDEEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPE
        ++DE AA+ W+YP+NV  RDYQ  I + ALF N LVALPTGLGKT IAAVVM NY RWFP+
Subjt:  DIDEEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G35530.1 DEAD/DEAH box RNA helicase family protein3.4e-3757.5Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID
        +FDWEAAVKEID+A L   +++SS S H            TP A+ P++    K    RQSTL +FI   + + +   V   V + G+ + D+  LV ID
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID

Query:  EEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
         EAAKTWIYP  VPLRDYQ AITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFP+GK
Subjt:  EEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

AT1G35530.2 DEAD/DEAH box RNA helicase family protein3.4e-3757.5Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID
        +FDWEAAVKEID+A L   +++SS S H            TP A+ P++    K    RQSTL +FI   + + +   V   V + G+ + D+  LV ID
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETP-ASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVE-DSVGLVDID

Query:  EEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK
         EAAKTWIYP  VPLRDYQ AITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFP+GK
Subjt:  EEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGK

AT1G36020.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD/DEAH box RNA helicase family protein (TAIR:AT1G35530.1)4.8e-0737.38Show/hide
Query:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE
        +FDWEAAVKEID+A L       + + HP                P++E   K    RQSTL +FI   + + +   V    +  G   D+  LV+ID E
Subjt:  DFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVDIDEE

Query:  AAKTWIY
        AAKTWIY
Subjt:  AAKTWIY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCGTTCCCGTCCTTCCTCTTTCTTGTTAACTTACCTCATATGTCTGAGTCCTTTGACCTTTCTCTCCCATCCCATTTTCAGGACTTCGACTGGGAAGCAGCCGTCAA
AGAAATTGACGTGGCCAGCCTATCAGGAATTCACTCTGCTTCATCACATTCACTTCATCCTTCCCTAACGGAATCCTCCGACGCCGCTGCAGAAACTCCAGCTTCATTTC
CACTTTCCGAGGAGAATGAAAAACGCGGAACTTCTCGCCAGTCTACACTTCACAGATTTATCGTGAATGCCAAGTTTCGAAAGAAAACAATGGACGTCGAAAAACCGGTT
CAAGATCCCGGCCTTGTTGAAGACTCGGTTGGTCTTGTTGACATAGACGAGGAGGCAGCTAAGACCTGGATATATCCAGTTAATGTTCCTCTTCGGGATTATCAGCTGGC
TATTACAAAGACAGCACTATTTTCGAATACATTGGTGGCTTTGCCTACAGGACTTGGAAAGACTCTCATTGCTGCAGTTGTTATGTATAACTACTTCAGATGGTTTCCTG
AGGGTAAGGGAAAAATTTTGCTATCTTATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTTTTGCCGCCGTTTGCTCCATCTCTTCACTCACTTAGTTATTTTCGCTTTCCTGCGTTGAGAGTTATTTTGTTATATGGCGTTTAGGACGTTTCCGATGGCAACAAGTA
ATCGAGAATTCACTGTTGACGACAACGACGACGACGACGTAAATGCCGTTCCCGTCCTTCCTCTTTCTTGTTAACTTACCTCATATGTCTGAGTCCTTTGACCTTTCTCT
CCCATCCCATTTTCAGGACTTCGACTGGGAAGCAGCCGTCAAAGAAATTGACGTGGCCAGCCTATCAGGAATTCACTCTGCTTCATCACATTCACTTCATCCTTCCCTAA
CGGAATCCTCCGACGCCGCTGCAGAAACTCCAGCTTCATTTCCACTTTCCGAGGAGAATGAAAAACGCGGAACTTCTCGCCAGTCTACACTTCACAGATTTATCGTGAAT
GCCAAGTTTCGAAAGAAAACAATGGACGTCGAAAAACCGGTTCAAGATCCCGGCCTTGTTGAAGACTCGGTTGGTCTTGTTGACATAGACGAGGAGGCAGCTAAGACCTG
GATATATCCAGTTAATGTTCCTCTTCGGGATTATCAGCTGGCTATTACAAAGACAGCACTATTTTCGAATACATTGGTGGCTTTGCCTACAGGACTTGGAAAGACTCTCA
TTGCTGCAGTTGTTATGTATAACTACTTCAGATGGTTTCCTGAGGGTAAGGGAAAAATTTTGCTATCTTATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPFPSFLFLVNLPHMSESFDLSLPSHFQDFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPV
QDPGLVEDSVGLVDIDEEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAITKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKGKILLSY