; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI03G29150 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI03G29150
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationChr3:26740767..26742120
RNA-Seq ExpressionCSPI03G29150
SyntenyCSPI03G29150
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004148579.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Cucumis sativus]7.8e-151100Show/hide
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XP_038903667.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]3.1e-14797.36Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LCY3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.8e-151100Show/hide
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.7e-14898.11Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.7e-14898.11Show/hide
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A0A6J1J722 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic6.2e-14695.85Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.6e-14696.23Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.3e-13287.27Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.2e-13287.94Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic4.9e-13287.55Show/hide
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P12329 Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic2.4e-13186.84Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic1.1e-13186.69Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 32.2e-12783.9Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFSELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAF+ELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 22.2e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GRVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFSELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAF+ELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.7e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GRVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        LA DPEAF+ELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B27.5e-12884.27Show/hide
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        + MALSS  F GK V        +S V  +GRVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFSELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAF+ELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.1e-12984.59Show/hide
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        + MALSS   TGK V L   +  +S V   GR+TMRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKVVPLNAFTELSSSVRSNGRVTMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFSELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAF+ELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFSELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCATTTACCGAGCTCTCGTCCTCGGTTCGCAGCAACGGTAGAGTCACAATGAGGAA
ATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCC
CTGGTGACTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGACCCCGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCTGAGCTTCTTTCTAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTCGGAGAGA
TTACTGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTTGGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTTCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGTCGTCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGGACCACTATTATAGAAACTTAGTTATTATTCACAGGATTAACATTCTAATCAATTAGAAGAAATCTCTAATGGTTCCTTGATTGGTTGAGTGAGATAATGAAGATTGT
AGAGTTCTAGATATCTTCTCATCAACCAATTAGAAGAGGATGAAGTTCCACAAAGGATAGACTTTGTGGGTCTCACCAGACACTATATAAGTACATTCTATACTTCATGG
ATTTTCATCAATAACTCAATTCAAAAGCACTTCGAGGACTTACTTCCTTTGAGTTGAAGTTGGTAGGCAATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGT
TGTTCCTTTGAATGCATTTACCGAGCTCTCGTCCTCGGTTCGCAGCAACGGTAGAGTCACAATGAGGAAATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATG
GTCCTGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCCCTGGTGACTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGAC
CCCGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTAGGATGTGTATTCCCTGAGCTTCTTTCTAGAAATGGAGTCAA
GTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGGAAACCCAAGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTT
GGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTCGGAGAGATTACTGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTT
GGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTTCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGTCGTCTTGCAATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAAC
AGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGAAATTACTAAGTAA
TGTTCAAACAAGCTTTCAATTTCACTACAATGTTAGTTCGTACAATGTAAAATGTACAATCAAAATGTTGAAAATCAACAATGTTATATTCACTGCAACTATCTCGAGCA
AGTTGTGTTTGATTGATCCATTAAAAGAACAGAAAATATATATATAAACCATCGACAGACAGTTGTAAACTTAAGTGAAAGGCTATATGCAGCTCAAAGTTGAGGGTGCA
TCTTATGGCTCTCCATGAACTAACCTAAATAACA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKVVPLNAFTELSSSVRSNGRVTMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFSELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK