; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI03G44730 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI03G44730
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A
Genome locationChr3:38276034..38280449
RNA-Seq ExpressionCSPI03G44730
SyntenyCSPI03G44730
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]4.5e-100100Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]4.4e-9595.83Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]1.2e-9595.83Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]6.3e-9494.79Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.2e-9495.31Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein2.2e-100100Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.1e-9595.83Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like5.6e-9695.83Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.1e-9494.79Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.4e-9393.75Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ229.9e-7474.88Show/hide
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        NG+K+RRRSRS
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.6e-6272.31Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.9e-6170.47Show/hide
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ233.5e-5564.73Show/hide
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Query:  EEIPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.9e-7275.96Show/hide
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        KD RRSRS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 219.5e-5664.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 219.5e-5664.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR            G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRSV+P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein1.3e-7375.96Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G          GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANGNG+
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        KD RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 227.0e-7574.88Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R           GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 227.0e-7574.88Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R           GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
CCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTCGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGTGGATCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGT
GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCC
CCGTGGAAGATCTCCAAGACGTCGCAGCGTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGATACCTTATGCCAACGGAAATGGCA
TAAAGGACCGGCGCCGGAGCAGGAGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAGCATTCCCATAGTACTCGAAACCCAAAATATCTGAACCTCGAAGAGAGAATCACGTTGTGCTGCTAGGGTTTTTTCCGGTTTCCTGGCAAGCAATGTCTCGTGTATA
TGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCAGGTTATGCCT
TCATAGATTTCGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAGGTGGTGGAGGTGGC
CGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGTGGATCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGTGGTGGTGGTGGTGG
TGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTC
CAAGACGTCGCAGCGTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGATACCTTATGCCAACGGAAATGGCATAAAGGACCGGCGC
CGGAGCAGGAGCTGAAGACTGCCAACTTCTCAACCTGCCTTAGTTAACACATGATGTTTAGAGGATTACTCCGGGTCTATATGTTTTTAGTGCTTGGACTTCGTATGGGA
CCTTTTTAAAATCGGGCGACGCCCTCAGCCTCTACTTTTGAGTTTGGATAAGTCCTTTCTATCTTCTGTTTGAATTGTTTTTCTTTTAGTTGATCAGTATAGTTGTAGGA
TACTAAAATATCATTAGCTCATATTTATTTTGATAGTGTTATTAAGCAAATGTCTTGATGGGCACTGCTAAAGATGTATGTTTTTTTTTTCCTTGTTGAGGTGTCGTCTC
GTTCTGCCTCACTGCTTTTCTGCTTCTAGTCGTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTGCCCTATCCTCTGGGATTTCGTTCTACACTGCCCAGCTCTGGGATCT
TCAATTTGAAAGGTTGTAGGTCCCAGCCGGCTATTGATTGAATCTCTCTGCGGTTGTCTTGCACGCTCTCATATTGTTTATGGGATTCCTTTTTAATTAACTTGATGAGG
CATGAGGAACGTCATCAAATGCTTCTGGCAGATGAGCCAACCTCTACCCAACCAAGTGCTAGTGGGAGTTCTCTTCCGTGCCACTCGACCTCCCATTTCAATGATTCTTT
AGATTATCATCGCGTTCGTGTTCAAGTTCTGCACATCTAGCAGAGACTTGGTTCGTTTCCCCTCTGCTTGAAAGTTCTTCCTATCTCTCAAGAGAAACATAAGTGTGTTC
CTGTGGGTTTGTCATCGGAAGTCATCATCATGCCCGCCAGTTTCCCTTCGTCTTAGTATGCGGATGCTAGGTCCTTGTCTGCCCTCCTACACATAACAACTATGCACGTT
CTATACACACACACACACATATTATATGTAACCAATCAAGATTTTGTAATTTGACTTTTGCTCTTTTTATCTTTTGCGAATGTTTTTTATAATTGCCAGGCTGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGRGGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFARECRLR
GGGGGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSVSPRGRSFSRSPPYRGREEIPYANGNGIKDRRRSRS