; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI04G09940 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI04G09940
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionMADS-box transcription factor FBP29
Genome locationChr4:7910353..7916820
RNA-Seq ExpressionCSPI04G09940
SyntenyCSPI04G09940
Gene Ontology termsGO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR002487 - Transcription factor, K-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8649326.1 hypothetical protein Csa_014666 [Cucumis sativus]1.2e-12999.59Show/hide
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XP_022955438.1 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like [Cucurbita moschata]2.2e-10784.46Show/hide
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XP_023526590.1 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.3e-10784.46Show/hide
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XP_038900501.1 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like [Benincasa hispida]4.6e-12192.03Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1DNA2 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like1.2e-10382.07Show/hide
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        M P +P LS GG L+ RG  GS EDETRPTS  N+QIPAWML HV E  +N
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A0A6J1GBW9 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like5.4e-10782.54Show/hide
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        AR+EI+QKN+RHYLGE+L+PLNLRELQSLEQQLD+SLKRIR+RKNQLMQESIS+LHKKE++LQEENRQLANKVKENEKALVERG C++PNL    QPI  
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        M PPIPSLS G N N GRGS GSDEDETRPT+  NIQIPAWML HVTE+  N
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A0A6J1GTY2 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like1.1e-10784.46Show/hide
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A0A6J1J006 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like9.2e-10784.06Show/hide
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A0A6J1KHN7 truncated transcription factor CAULIFLOWER A-like1.5e-10481.75Show/hide
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        M PPIPSL  G NL +GRGS GSDEDETRPTS  NIQIPAWML +VTEN  N
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
D7SMN6 Agamous-like MADS-box protein FUL-L1.9e-7765.34Show/hide
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        AR+E++Q+NLRH++GEDLDPL+LRELQ+LEQQLDT+LKRIR+RKNQLM ESIS L KKEK L E+N  LA KVKE EK     R Q +  N +  N   +
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Query:  GMTPP---IPSLSFGGNLNGRGSRGSDEDETRPTSINNIQIPAWMLRHVTE
         + PP   +PSL+ GG+  GR     D  E RP+   N  +P WMLRHV E
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O22328 Agamous-like MADS-box protein AGL8 homolog9.3e-6455.42Show/hide
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        ARLE++Q+N + Y+GEDL+ LN++ELQ+LE QL ++LK IRSRKNQLM ESIS+L K+++ LQE+N QL+ KVKE EK + ++ Q D  N   N+     
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        P    +P +   S   N+   G            + NN  +P WM+RH+
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P35631 Floral homeotic protein APETALA 17.1e-6465.38Show/hide
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         A++E++++N RHYLGEDL  ++ +ELQ+LEQQLDT+LK IR+RKNQLM ESI+ L KKEK +QE+N  L+ ++KE EK L  ++ Q D  N  HN    
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Query:  FGMTPPIP
          M PP+P
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Q42429 Agamous-like MADS-box protein AGL8 homolog4.0e-6756.97Show/hide
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        ARLE++Q+N +HY+GEDL+ LN++ELQ+LE QLD++LK IRSRKNQLM ESIS+L K+++ LQE+N QL+ KVKE EK + ++ Q D  N  H  N   F
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Query:  GMTPPIPSLSFG-----GNLNGRGSRGSDEDETRPTSINNIQIPAWMLRHV
         +   + S   G      N+   G         +  + NN  +P WMLRH+
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Q6E6S7 Agamous-like MADS-box protein AP17.6e-6662.17Show/hide
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        A++E++Q++ RH+LGEDLD L+L+ELQ+LEQQLDT+LK IRSRKNQLM ESIS L +KEK +QE+N  LA ++KE EK + ++   +  N  H  N   F
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Query:  GMTPPIPSLSFGGNLNG--RGSRGSDEDET
         +   +P L+ GG   G   G+R ++ D T
Subjt:  GMTPPIPSLSFGGNLNG--RGSRGSDEDET

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G26310.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein1.8e-6264.58Show/hide
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         A++E++++N RHYLGE+L+P++L++LQ+LEQQL+T+LK IRSRKNQLM ES++ L +KEK++QEEN  L  ++KE E  L  ++ QC+  N
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AT1G69120.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein5.0e-6565.38Show/hide
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        MGRGRVQLKRIENKI+RQVTFSKRRAGLLKKAHEISVLC+A+VAL+VFS KGKLFEYS+DS MEKILE+YERYSYAER L AP  +S++ T+W  EY +L
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Query:  TARLEIVQKNLRHYLGEDLDPLNLRELQSLEQQLDTSLKRIRSRKNQLMQESISILHKKEKDLQEENRQLANKVKENEKAL-VERGQCDVPNLVHNNQPI
         A++E++++N RHYLGEDL  ++ +ELQ+LEQQLDT+LK IR+RKNQLM ESI+ L KKEK +QE+N  L+ ++KE EK L  ++ Q D  N  HN    
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Query:  FGMTPPIP
          M PP+P
Subjt:  FGMTPPIP

AT3G30260.1 AGAMOUS-like 791.6e-5050.8Show/hide
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        MGRGRVQL+RIENKI RQVTFSKRR GL+KKA EISVLC+A+VALIVFS KGKLFEYS+ SSME+IL++YER +YA + +  PN DS+ + S   E  KL
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           ++++Q++LRH  GE++D L++R+LQ +E QLDT+LK+ RSRKNQLM ESI+ L KKEK+L+E  +QL  K  E E    +    D+ +L     P F
Subjt:  TARLEIVQKNLRHYLGEDLDPLNLRELQSLEQQLDTSLKRIRSRKNQLMQESISILHKKEKDLQEENRQLANKVKENEKALVERGQCDVPNLVHNNQPIF

Query:  --------GMTPPIPSLSFGGNLNGRGSRGSDEDETRPTSINNIQIPAWM
                 ++PP P LS  G+ + R   G     T      N  +P WM
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AT5G15800.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein1.6e-4255.43Show/hide
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        MGRGRV+LKRIENKI+RQVTF+KRR GLLKKA+E+SVLC+A+VALI+FS +GKL+E+ S S+M K L++Y++ SY    +      EL+ S+ +EY KL 
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         R E +Q+  R+ LGEDL PLN +EL+ LE+QLD SLK++RS K Q M + +S L  KE+ L E NR LA K+ +
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AT5G60910.1 AGAMOUS-like 81.3e-6053.97Show/hide
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        MGRGRVQLKRIENKI+RQVTFSKRR+GLLKKAHEISVLC+A+VALIVFS+KGKLFEYS+DS ME+ILE+Y+RY Y+++ L     S+ + +W  E+ KL 
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        AR+E+++KN R+++GEDLD L+L+ELQSLE QLD ++K IRSRKNQ M ESIS L KK+K LQ+ N  L  K+KE EK   ++     QC       N+ 
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Query:  PIFGMTPPIPSLSFGGNLNGRGSRGSDEDETRPTSINNIQIPAWMLRHVTEN
         +      + S   G      G  G     T P S+    +PAWMLR  T N
Subjt:  PIFGMTPPIPSLSFGGNLNGRGSRGSDEDETRPTSINNIQIPAWMLRHVTEN


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGAAGAGGGAGAGTTCAGCTGAAGAGAATAGAGAACAAAATCAGCCGCCAAGTCACTTTCTCAAAGCGTAGAGCTGGTTTACTCAAAAAGGCTCATGAGATCTCTGT
TCTTTGTGAAGCTGATGTTGCTTTGATTGTTTTCTCCACCAAAGGAAAACTCTTTGAGTACTCTTCTGATTCCAGCATGGAGAAGATCTTAGAGAAATATGAGAGATATT
CTTATGCAGAGAGACCGTTGGCCCCAAATGGAGATTCTGAATTACAGACAAGTTGGTGTCAGGAGTATCCAAAACTTACAGCCAGATTGGAAATTGTACAGAAAAACTTA
AGGCATTATTTGGGAGAAGATCTTGACCCTTTGAATTTGAGAGAACTTCAAAGCTTAGAACAACAACTTGACACATCACTCAAGCGCATAAGATCTAGAAAGAACCAACT
AATGCAAGAATCTATTTCAATATTGCACAAAAAGGAAAAGGACTTGCAAGAGGAGAATAGGCAGCTAGCGAATAAGGTAAAGGAAAATGAGAAGGCTTTGGTTGAACGTG
GACAGTGCGATGTTCCAAACTTGGTTCATAATAATCAGCCAATTTTTGGAATGACACCACCAATTCCTTCTTTATCATTTGGAGGGAACTTGAATGGGAGAGGATCAAGA
GGATCAGATGAAGATGAAACAAGGCCAACCAGCATCAACAACATCCAAATACCAGCGTGGATGCTTCGCCATGTGACTGAAAATTCTAATAACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTACTCTTTGCTTCTTCACCCAACCATTTCTCGACAACTCAAATTGTACTATTCCCCCTCCTATCTCTTTTCTTCTTTCTTCTTTCTTTCTCAAAATAATCTTTTTACTT
TTATTTAGTTATTATATTTTATTTCCCTCATTAGCAAACAATCTCTCCTCCCAAACTCCAACAGAATCACTTCCTTCATCAGCAATTGTAGAAACAACAATAATAACAAT
TCTCTCTCAACAACACCCTCTTCTTCTTCTTCCTTTTCTTCTTTTCCCACTATTCCATTATTCTTTCCATAGATGCTCTTCTTCTTAAGAGAAAATAAAAAGGTAGAGGT
CTCCATTTTTGTTTAGGGTTTCGTTAGTTTTGTTTGATAAATCCCAAAAGGATGGGAAGAGGGAGAGTTCAGCTGAAGAGAATAGAGAACAAAATCAGCCGCCAAGTCAC
TTTCTCAAAGCGTAGAGCTGGTTTACTCAAAAAGGCTCATGAGATCTCTGTTCTTTGTGAAGCTGATGTTGCTTTGATTGTTTTCTCCACCAAAGGAAAACTCTTTGAGT
ACTCTTCTGATTCCAGCATGGAGAAGATCTTAGAGAAATATGAGAGATATTCTTATGCAGAGAGACCGTTGGCCCCAAATGGAGATTCTGAATTACAGACAAGTTGGTGT
CAGGAGTATCCAAAACTTACAGCCAGATTGGAAATTGTACAGAAAAACTTAAGGCATTATTTGGGAGAAGATCTTGACCCTTTGAATTTGAGAGAACTTCAAAGCTTAGA
ACAACAACTTGACACATCACTCAAGCGCATAAGATCTAGAAAGAACCAACTAATGCAAGAATCTATTTCAATATTGCACAAAAAGGAAAAGGACTTGCAAGAGGAGAATA
GGCAGCTAGCGAATAAGGTAAAGGAAAATGAGAAGGCTTTGGTTGAACGTGGACAGTGCGATGTTCCAAACTTGGTTCATAATAATCAGCCAATTTTTGGAATGACACCA
CCAATTCCTTCTTTATCATTTGGAGGGAACTTGAATGGGAGAGGATCAAGAGGATCAGATGAAGATGAAACAAGGCCAACCAGCATCAACAACATCCAAATACCAGCGTG
GATGCTTCGCCATGTGACTGAAAATTCTAATAACTAAAAAGCAACCGCATCGTGTCGTCTTCGCTGTTGCAGGGAGGCAGGCGCAAGTGGTTGCCACTGCCCAGCTCACT
GGCACCATAATTGTCACAAATAAAAAGGCCATGGGGGCAGAAAAAAGAGAAGACAACTACAAACGTTTGGTTTTTGACGATCATGTGGGAATAATGCAAACACCCCAAAC
ATGCATTCTATATGACATCTCTTCTTTCACACCCAAATTGGGTCACCCCAATCCCAAAGCCTTTATTGTATTATGTAGATGATAATTTCTCAGAACTCCGAACTAACTAA
TTTAAACTTTTGGAAGAAAATTGAAATGTGGATACTTCCATTTCTCTGTTTTTACTGTTTGAACTAGTGGCGGTGTAAGTTAAATGTGTTTAATTTATTGCATGC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GSDEDETRPTSINNIQIPAWMLRHVTENSNN