; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI04G11250 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI04G11250
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationChr4:9548198..9550204
RNA-Seq ExpressionCSPI04G11250
SyntenyCSPI04G11250
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.4e-8496.37Show/hide
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KGN53959.2 hypothetical protein Csa_021575 [Cucumis sativus]1.6e-8293.12Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]3.9e-89100Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]7.6e-8596.89Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]9.3e-8395.24Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.9e-89100Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.9e-89100Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.9e-89100Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.7e-8596.89Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.7e-8596.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A1CVY3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit gar12.1e-3760.62Show/hide
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Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR17.7e-4058.91Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 13.8e-3963.68Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 14.8e-5879.59Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 22.4e-4974.33Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein3.4e-5979.59Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.7e-5074.33Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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