; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI04G12510 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI04G12510
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptionprotein MET1, chloroplastic
Genome locationChr4:10922382..10926764
RNA-Seq ExpressionCSPI04G12510
SyntenyCSPI04G12510
Gene Ontology termsGO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001478 - PDZ domain
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
IPR036034 - PDZ superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004149641.1 protein MET1, chloroplastic [Cucumis sativus]5.0e-18091.33Show/hide
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XP_008449894.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103491636 isoform X1 [Cucumis melo]2.9e-17288.62Show/hide
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XP_022996247.1 protein MET1, chloroplastic [Cucurbita maxima]4.6e-13372.25Show/hide
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XP_023532558.1 protein MET1, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.6e-13372.51Show/hide
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XP_038902944.1 protein MET1, chloroplastic [Benincasa hispida]7.0e-15082.21Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWR6 Uncharacterized protein2.4e-18091.33Show/hide
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A0A1S3BMG9 uncharacterized protein LOC103491636 isoform X11.4e-17288.62Show/hide
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A0A5D3DEH5 Putative tyrosine phosphatase1.4e-17288.62Show/hide
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A0A6J1DHX0 protein MET1, chloroplastic4.9e-13374.93Show/hide
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        MSLAPP      SS  LPK C      SS +  +  S +H H   S    S+S ST H  SL+ S FI+RASD ESK+DT   D+D    QPYEEY+VEL
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A0A6J1K1D9 protein MET1, chloroplastic2.2e-13372.25Show/hide
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        MSLAPP  LY       +C  + SSSSS           SSF LC    SHPKL       HL F+TSFS+ HSLK S F++RASD +S  D        
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        GFEDFK                                R+RTDPDLSN+RTLEEFE L+KRFDESFINENAINAIKSLFGFK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4J117 Phosphoglucan phosphatase LSF1, chloroplastic4.2e-0427.08Show/hide
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        + S  P +    EY V LE+P G++FA   DG  ++ AI  G  A+K  +  VGD +   S   G  +    ++G T   + ++ G   + +++ +
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Q94BS2 Protein MET1, chloroplastic8.1e-10960.05Show/hide
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        MSLAP   P LYSS  LP+       +  + S I  S   S   L     S S   +H  K     L+AS+TES  K +   D   ++ YE YE+E+EQP
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Query:  YGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLMKMQKRYGKTDSFGELTEKEIIRAERNSGVVS
        YGLKF KGRDGGTYIDAI PGG ADKTG FTVGD+V+ATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLM+M+KR GK +  GELTEKEIIRAERN+G +S
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        +++REIQ+QN L+ KEQKA+RE DLR+GL+  KN KYEEALE+FESVLGSKPTP+EASVASYNVACCYS+LNQ++AGLSALE+AL++G+EDFK       
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Query:  DIQIILLALGNLGGSCESITLYVCQRVRTDPDLSNIRTLEEFEPLVKRFDESFINENAINAIKSLFGF
                                 R+R+DPDL  +R  ++F+PL+K+FDESFINE+AINAIKSLFGF
Subjt:  DIQIILLALGNLGGSCESITLYVCQRVRTDPDLSNIRTLEEFEPLVKRFDESFINENAINAIKSLFGF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55480.1 protein containing PDZ domain, a K-box domain, and a TPR region5.8e-11060.05Show/hide
Query:  MSLAP---PYLYSSHLLPKICPPNHSSSSSSSFILCSQSHSHPKLSHLPFSTSFSTSHSLKHSPFILRASDTES--KTDTDSDDPNQQPYEEYEVELEQP
        MSLAP   P LYSS  LP+       +  + S I  S   S   L     S S   +H  K     L+AS+TES  K +   D   ++ YE YE+E+EQP
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Query:  YGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLMKMQKRYGKTDSFGELTEKEIIRAERNSGVVS
        YGLKF KGRDGGTYIDAI PGG ADKTG FTVGD+V+ATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLM+M+KR GK +  GELTEKEIIRAERN+G +S
Subjt:  YGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLMKMQKRYGKTDSFGELTEKEIIRAERNSGVVS

Query:  NKVREIQLQNALRMKEQKARRENDLRQGLRLYKNAKYEEALEKFESVLGSKPTPDEASVASYNVACCYSQLNQLKAGLSALEDALEAGFEDFKVTTTSSF
        +++REIQ+QN L+ KEQKA+RE DLR+GL+  KN KYEEALE+FESVLGSKPTP+EASVASYNVACCYS+LNQ++AGLSALE+AL++G+EDFK       
Subjt:  NKVREIQLQNALRMKEQKARRENDLRQGLRLYKNAKYEEALEKFESVLGSKPTPDEASVASYNVACCYSQLNQLKAGLSALEDALEAGFEDFKVTTTSSF

Query:  DIQIILLALGNLGGSCESITLYVCQRVRTDPDLSNIRTLEEFEPLVKRFDESFINENAINAIKSLFGF
                                 R+R+DPDL  +R  ++F+PL+K+FDESFINE+AINAIKSLFGF
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AT3G01510.1 like SEX4 13.0e-0527.08Show/hide
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        + S  P +    EY V LE+P G++FA   DG  ++ AI  G  A+K  +  VGD +   S   G  +    ++G T   + ++ G   + +++ +
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AT5G17170.1 rubredoxin family protein1.4e-0741.43Show/hide
Query:  EVELEQPYGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQR
        EVE+++P GL   + + GG  I  +  GG A K GL + GD+V+ TS+ FG E+WPA + G T   I+ +
Subjt:  EVELEQPYGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQR

AT5G17170.2 rubredoxin family protein1.4e-0741.43Show/hide
Query:  EVELEQPYGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQR
        EVE+++P GL   + + GG  I  +  GG A K GL + GD+V+ TS+ FG E+WPA + G T   I+ +
Subjt:  EVELEQPYGLKFAKGRDGGTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCAACACCATGTCTTTAGCTCCTCCTTATCTCTATTCTTCACACTTACTTCCCAAAATTTGCCCTCCTAACCATTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTCATTCTATG
CTCTCAATCCCATTCCCATCCCAAACTCTCTCATCTACCTTTCTCCACTTCCTTTTCAACTTCTCATTCCCTTAAACACTCACCTTTCATCCTCAGAGCATCCGATACAG
AATCCAAAACCGACACTGATTCAGATGATCCTAACCAACAACCTTATGAAGAGTATGAAGTGGAGCTGGAGCAGCCTTATGGTTTGAAATTCGCCAAGGGCCGAGATGGT
GGAACTTATATCGACGCCATTGCACCTGGTGGTTTTGCCGACAAGACTGGATTGTTCACTGTTGGTGATAAAGTTCTTGCTACCAGTGCAGTATTTGGGACAGAAATATG
GCCCGCTGCTGAATACGGAAGGACAATGTACACAATTCGGCAAAGAATTGGTCCATTACTCATGAAAATGCAGAAGAGATATGGAAAAACAGATAGTTTCGGTGAGTTAA
CGGAAAAGGAGATAATCAGAGCAGAAAGAAACTCGGGCGTAGTCAGTAATAAAGTGAGAGAAATTCAATTGCAAAATGCCTTGAGAATGAAGGAGCAGAAAGCACGCAGA
GAAAACGACCTACGCCAAGGACTGCGTCTCTATAAGAATGCTAAATATGAGGAAGCATTAGAGAAATTCGAATCAGTGTTGGGATCAAAACCAACTCCAGACGAAGCTTC
GGTTGCTAGTTACAATGTTGCATGCTGTTATTCCCAACTAAATCAGTTAAAAGCTGGGCTATCAGCACTTGAAGACGCCTTGGAAGCAGGATTTGAAGACTTTAAGGTAA
CAACCACTTCAAGTTTTGATATTCAGATAATATTACTTGCATTGGGTAATTTGGGTGGAAGTTGTGAAAGTATTACTCTGTATGTTTGCCAGAGAGTTCGGACGGATCCT
GATCTATCAAACATAAGGACATTAGAGGAATTTGAGCCTCTTGTGAAAAGGTTTGACGAATCATTTATCAATGAGAATGCCATCAATGCCATTAAGTCGCTATTCGGCTT
CAAAACATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTGCTTGGAAATGCTTTCATTATTACATCTAATCCCCTTGAGTGTGAGCAGTGAAGAATTTTGATGTTCAACACCATGTCTTTA
GCTCCTCCTTATCTCTATTCTTCACACTTACTTCCCAAAATTTGCCCTCCTAACCATTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTCATTCTATGCTCTCAATCCCATTCCCATCC
CAAACTCTCTCATCTACCTTTCTCCACTTCCTTTTCAACTTCTCATTCCCTTAAACACTCACCTTTCATCCTCAGAGCATCCGATACAGAATCCAAAACCGACACTGATT
CAGATGATCCTAACCAACAACCTTATGAAGAGTATGAAGTGGAGCTGGAGCAGCCTTATGGTTTGAAATTCGCCAAGGGCCGAGATGGTGGAACTTATATCGACGCCATT
GCACCTGGTGGTTTTGCCGACAAGACTGGATTGTTCACTGTTGGTGATAAAGTTCTTGCTACCAGTGCAGTATTTGGGACAGAAATATGGCCCGCTGCTGAATACGGAAG
GACAATGTACACAATTCGGCAAAGAATTGGTCCATTACTCATGAAAATGCAGAAGAGATATGGAAAAACAGATAGTTTCGGTGAGTTAACGGAAAAGGAGATAATCAGAG
CAGAAAGAAACTCGGGCGTAGTCAGTAATAAAGTGAGAGAAATTCAATTGCAAAATGCCTTGAGAATGAAGGAGCAGAAAGCACGCAGAGAAAACGACCTACGCCAAGGA
CTGCGTCTCTATAAGAATGCTAAATATGAGGAAGCATTAGAGAAATTCGAATCAGTGTTGGGATCAAAACCAACTCCAGACGAAGCTTCGGTTGCTAGTTACAATGTTGC
ATGCTGTTATTCCCAACTAAATCAGTTAAAAGCTGGGCTATCAGCACTTGAAGACGCCTTGGAAGCAGGATTTGAAGACTTTAAGGTAACAACCACTTCAAGTTTTGATA
TTCAGATAATATTACTTGCATTGGGTAATTTGGGTGGAAGTTGTGAAAGTATTACTCTGTATGTTTGCCAGAGAGTTCGGACGGATCCTGATCTATCAAACATAAGGACA
TTAGAGGAATTTGAGCCTCTTGTGAAAAGGTTTGACGAATCATTTATCAATGAGAATGCCATCAATGCCATTAAGTCGCTATTCGGCTTCAAAACATGAAACCAGACTCT
TCTACATTTAATTGTTTATTAAACAATTCACATTCTTGTTGTCACAACTTGTATATAAGTATCCTGAGCTTCTAGCTTTTCGACGAGTAACAAAAGAATTTCAAGGGAAT
TTGTTCCCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGATTACATATGCATATTGGCGATTCTATACACAGTATAGCTACGTTGAAGAGACCTGTTTGTGTTCAATTAATTCCA
AAATAGCCAGTTTCTCTATCCGGAAGCTGAAACTTGATTTTAAGTTTAGGTTATGAAAGTTAATGTTAAACCTTCGGCAACTAAAAAACCCCAACCAAAATCAAAGTCAG
TTTGAGAATTGTTTGATTTTCCAGTTTCAGTAAGTTGGTCGTGAAGCGTTCTAGCATCCATGAGGGGTGCAAGTTTGGGGTATGGTCAATTATATGTTTTGTTTGTTGAT
TATGTATCGTCACTCCTTACCTTGTCTATGACCCATTTTGCCCCAACCTACAACCCCAGCACTTGGCTTATAATCAAGGCAAATCGGTTTGATCAAATCAACTATCAGTT
TGGAGCAGTTTGATTGTATTTCTTCGGCGGTTTTGTTTCAATTTTTGTTATTCTATATATACACACACAGACAGTTCAGTTTCGGTTAGAGAGCCAAACCTAACTGCTTA
CACTCCTTAGAAAGGTAAAGATTCATGTACTATCCCTGGCTATATTTGGACTTCTTTTCCGCAAAACATCCGTAATCCACGACTAAAGAAGAAAAGAACTGCTAAGAAGT
AAATTCTGAGGAGGTGAAATGCAAACTTGCTTCATTGCCTATCAGATAGGGTACTCGAAGTCCTATTCATCCACCCCCAATCATCCAGGGCTTTTGAATTACAAAAGGAA
ATTCATAATCATACATTAATTTTATTATTTCAAAATCTCAATCCAATCCGCAAAACTGAAGTGCCCTTTTACGGCAATAAATGGATGACAGAAATGGACGGCAAGCCTCA
AATAGCCATCCAGTAGCATAAATTTGAACTTAAGCCATCTAACTGATCCTACTGCCCAACAAAACCTGGAATTTAGGAACAAACCTTGAGCCTCTCATGTCAATCGTCCT
GAAATTACTGCTGACTTTTAAGCACAGGAAAAGCAATTACATCTCGAATGCTTGCAGAGTTTGTCAGAAGCATCACTAATCTATCAATTCCAATTCCCTGAAAGTTAAAT
TCTTTAATCAGTTACAGCGAGGAAAGGGGATACTAAACATCCAAGTACAACGAAACATCCATCATGTGTTCCACAATTTAATTATAGATCAAATACCAGCCCCAGATTCG
GTAATTTTGTATGCACTTGAAAATTTTAGACTACTCAGCTTGCACATTGGAGACTTCAGCAGCTGGTTTTTAAATGTTTTGCATGTGGAAAAACTTCAGAGCAGCTATGA
AATAGCTATTCAAGATACTTTTATTGGCCACTTTCTAATCTATTTTTTCTGTGATTTTATTATGTCAAAAGAATGGAGTGATCTAGAGTTTCACTAGCAGTGCATCAAGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFNTMSLAPPYLYSSHLLPKICPPNHSSSSSSSFILCSQSHSHPKLSHLPFSTSFSTSHSLKHSPFILRASDTESKTDTDSDDPNQQPYEEYEVELEQPYGLKFAKGRDG
GTYIDAIAPGGFADKTGLFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIRQRIGPLLMKMQKRYGKTDSFGELTEKEIIRAERNSGVVSNKVREIQLQNALRMKEQKARR
ENDLRQGLRLYKNAKYEEALEKFESVLGSKPTPDEASVASYNVACCYSQLNQLKAGLSALEDALEAGFEDFKVTTTSSFDIQIILLALGNLGGSCESITLYVCQRVRTDP
DLSNIRTLEEFEPLVKRFDESFINENAINAIKSLFGFKT