CuGenDBv2

Gene ID	CSPI04G15570
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	Chr4:12920238..12922568
RNA-Seq Expression	CSPI04G15570
Synteny	CSPI04G15570
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA++E   EDEEE E
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Sequences

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CDS sequence

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ATAGTATCAGATCTGGCCTTTATGGACAGATCTTTAGGCCCGATAACTTTGTTTTTGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCTAAAGGTCATTACACTGAAGGTGCT
GAACTTATTGATTCCGTTCTCGATGTTGTACGCAAGGAGGCCGAAAATTGTGATTGCTTACAAGGGTTTCAGGTTTGCCACTCTCTAGGAGGAGGAACTGGATCTGGAAT
GGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATTAGAGAAGAATACCCCGACAGGATGATGCTTACCTTCTCTGTCTTTCCATCTCCTAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAACCTTACA
ACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATGAGTGCATGGTTCTTGACAACGAAGCTCTTTATGATATATGCTTCCGTACTCTCAAGCTCACCACTCCA
AGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCCGGTGTGACTTGCTGTTTGAGATTCCCTGGACAACTCAACTCTGATCTCAGAAAGCTAGCCGTTAATCT
CATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACATCTCGTGGTTCCCAACAATACAGAGCTCTGACTGTTCCCGAGCTTACTCAACAAATGT
GGGATGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGACCCACGACACGGACGCTACTTAACCGCCTCTGCTATGTTTAGAGGCAAGATGAGCACTAAGGAAGTAGATGAACAAATG
CTCAATGTGCAGAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGGATTCCAAACAATGTCAAATCGACTGTTTGTGATATTCCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCGTCTACCTT
CATTGGAAATTCCACATCAATTCAAGAAATGTTCCGCCGTGTGAGTGAGCAATTCACTGCCATGTTTAGAAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGG
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mRNA sequence

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CCCCATTTCATTTCTCTCAATCCCCTTTCTTTTCTTCTCCCAAAATGAGAGAAATCCTTCACGTTCAAGGTGGCCAATGTGGTAACCAGATCGGTGCTAAGTTCTGGGAA
GTTGTTTGTGCCGAGCATGGCATTGACACTACCGGAAAGTACCAGGGAGATTCTGATCTTCAGCTTGAGAGGATCAATGTTTACTACAACGAAGCCAGTTGTGGTAGGTA
TGTGCCTCGTGCCGTTCTTATGGATCTTGAGCCTGGTACTATGGATAGTATCAGATCTGGCCTTTATGGACAGATCTTTAGGCCCGATAACTTTGTTTTTGGTCAGTCTG
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CTTTCCATCTCCTAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAACCTTACAACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATGAGTGCATGGTTCTTGACAACGAAG
CTCTTTATGATATATGCTTCCGTACTCTCAAGCTCACCACTCCAAGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCCGGTGTGACTTGCTGTTTGAGATTC
CCTGGACAACTCAACTCTGATCTCAGAAAGCTAGCCGTTAATCTCATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACATCTCGTGGTTCCCA
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TGTTTAGAGGCAAGATGAGCACTAAGGAAGTAGATGAACAAATGCTCAATGTGCAGAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGGATTCCAAACAATGTCAAATCGACT
GTTTGTGATATTCCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCGTCTACCTTCATTGGAAATTCCACATCAATTCAAGAAATGTTCCGCCGTGTGAGTGAGCAATTCACTGCCATGTT
TAGAAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGGACGAAATGGAGTTCACTGAAGCTGAAAGCAACATGAATGATCTTGTTTCTGAGTACCAGCAGTACC
AAGACGCCACAGCCGAAGACGAGTATTACGATGAAGACGAAGAGGAAGCTGAAGATAATGTGTAAGAAGATAGAGTGTAATGATGGGGTTTTATGAATGATGTTTGTAGG
GATGTATTATGTTGCAACTCTTGCAACTATCTGTTGCCAGTCATATGGATTTGTCTATTTTTCTGTTGTCTTTTATTATGTGCTTGACTTTTGAACTGATTGTGTCTTCA
GACAGTTGAATTTTTAACCTACATAATATGAATTTTGTTCGAATCCCATATGTGAACATCACCACTTTTGATTTGAATAGCCGCCCGCACAGTAGGCTTATGTTACTGCT
CTTTGTTCTTGTTTTGAAAGATTGTTGTTAGAGGTGACCTTCTAAAGGTGTTGAATTATTAATCAAATACATTGAAGGTAACTGATGATTTATTGGTTTCTCTATTATGG
C

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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LNVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDEYYDEDEE
EAEDNV

CSPI04G15570 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome