; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI04G21560 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI04G21560
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationChr4:20046379..20052900
RNA-Seq ExpressionCSPI04G21560
SyntenyCSPI04G21560
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008465435.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo]2.7e-19898.33Show/hide
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A0A1S3CPA3 serine/arginine-rich splicing factor SR451.3e-19898.33Show/hide
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X12.2e-18293.01Show/hide
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A0A6J1FEP9 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like9.4e-18192.12Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 12.3e-1943.02Show/hide
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 11.6e-2044.19Show/hide
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        +R RRS  SGS+SSSRSRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B1.0e-1943.41Show/hide
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        ++ RRS  SGS+SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q5XG24 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-A1.8e-1943.02Show/hide
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        ++ RRS  SGS+SSS SR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R   + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR451.7e-11067.37Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR++
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Query:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 451.2e-11167.37Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    SP
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Query:  LARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV
          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR++
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Query:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 451.1e-10966.74Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLA
        +  PKRD PK +N   DAEKD   R+    PR +  SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    SP  
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLA

Query:  RRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV--
        RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR++  
Subjt:  RRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV--

Query:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 451.9e-10965.6Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP

Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSP
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    SP
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Query:  LARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSAS
          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+S
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Query:  PSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        PSPR++PR++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  PSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGCTCAGCTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGTTCGCGCTC
CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCTCCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAATCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTACATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACAC
TGCCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCTCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGATTCTCCACGTCG
TCGTCCGGACTCTCCTCCACGCCGCCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGGGGTGGCCGTTCCCCATCGC
CTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCGCCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCGTTTTCACCACGGAGAGGTCG
GCCAGGCGCTGCCGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTCCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAA
GAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTCTTTTAACTTTTTGGTCATTTCACCTCCGCAGATTTACATCTCGACTATTTTTCTGTATCGCTTTTCCTTTTCATTGTCTCTGACGGGTTTAAGTTAGGGTTTCAACC
TTCACTCTGCACCCATTGCCGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGCTCAGCTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTC
CCGTTCCAGTTCCCGTTCGCGCTCCAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGA
GCAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCTCCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCT
GTACGCGAATCACTTGTTCTTCACATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGC
AATGGATCGCACAGTAAACCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTACATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGA
ATGTTATACGAGCAAGATTTACACTGCCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGT
CCTGATGCTGAGAAGGATGACATGAAAAGACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCTCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAG
AAGACAACCTGATTCTCCACGTCGTCGTCCGGACTCTCCTCCACGCCGCCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCA
TGAGGGGTGGCCGTTCCCCATCGCCTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCT
CCTAGGCGCCGCACACCACCTCGACGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCGCCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCG
ATCGTTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCAGGCGCTGCCGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTCCCCAGGAGGGTATCTCGCA
GTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAAACAACTCTTCACATCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCT
AAATTCTCTTGTTCAATGTGTATTCCGAAAAATGCGACGTTTTGTTTTCTTCCCGACCTGGTAAAGAGCTTTCTTGTACCGAAAATATTTGGATTTAATCCCCATTTTGG
TTTGTTTGTAGTTAGTTTGTTTTTCTGTTACTAATTGGATTAAAAACATTTAGATAATACTTTGTTCTAAATGCAGTCTGTAGTATTATTACACTCCTACTATTGAAAGG
TACAAACATGGAGCGTTCCCCTTTTCCTTGTGGGTTTTAGAGACTATATTCCTTTTCTTATATATTGTTTTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDM
KRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPR
RARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP