CuGenDBv2

Gene ID	CSPI04G27740
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	DNA helicase
Genome location	Chr4:24401721..24402448
RNA-Seq Expression	CSPI04G27740
Synteny	CSPI04G27740
Gene Ontology terms	GO:0006281 - DNA repair (biological process) GO:0006310 - DNA recombination (biological process) GO:0032508 - DNA duplex unwinding (biological process) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0003678 - DNA helicase activity (molecular function) GO:0005524 - ATP binding (molecular function) GO:0016887 - ATPase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

TYK29006.1 ATP-dependent DNA helicase-like protein RECG [Cucumis melo var. makuwa]

4.5e-82

88.27

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGS CHSDI SFLAAKS KNF+LNSTCEEC QD  D TL SLYP LPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYTL TGSSLLP+NIETGTI SNP VEGDSSKKKS SEN  VSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQL+DSGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

XP_008454766.1 PREDICTED: ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic [Cucumis melo]

4.5e-82

88.27

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGS CHSDI SFLAAKS KNF+LNSTCEEC QD  D TL SLYP LPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYTL TGSSLLP+NIETGTI SNP VEGDSSKKKS SEN  VSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQL+DSGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

XP_011659838.1 ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus]

2.1e-95

98.88

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFL AKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTV+GDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

XP_023538011.1 ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.2e-74

80.45

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPD+DC+VS ACKKFPSI LGSSPPVELFDGS C+SDI SFL+AK+G+NF LNSTCEE  QDSLDGTLSSLY VLPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYT   GSSLLP NIETGTI SNP VE D+S+K+ +S+N  VSGRSFLDQSVGCI GLSKRHQRQL++SGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

XP_023538026.1 ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.2e-74

80.45

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPD+DC+VS ACKKFPSI LGSSPPVELFDGS C+SDI SFL+AK+G+NF LNSTCEE  QDSLDGTLSSLY VLPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYT   GSSLLP NIETGTI SNP VE D+S+K+ +S+N  VSGRSFLDQSVGCI GLSKRHQRQL++SGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3C041 DNA helicase

2.2e-82

88.27

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGS CHSDI SFLAAKS KNF+LNSTCEEC QD  D TL SLYP LPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYTL TGSSLLP+NIETGTI SNP VEGDSSKKKS SEN  VSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQL+DSGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

A0A5D3DZB1 ATP-dependent DNA helicase-like protein RECG

2.2e-82

88.27

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNN+SNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGS CHSDI SFLAAKS KNF+LNSTCEEC QD  D TL SLYP LPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYTL TGSSLLP+NIETGTI SNP VEGDSSKKKS SEN  VSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQL+DSGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

A0A6J1FP75 DNA helicase

1.4e-73

79.89

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPD+DC+VS ACKKFPSI LGSSPPVELFDGS C+SDI SFL+AK+G+NF LNSTCEE  QDSLDGTLSSLY VLPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYT   GSSLLP NIETGTI SNP VE D+S+K+ + +N  VSGRSFLDQSVG I GLSKRHQRQL++SGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

A0A6J1FSV3 DNA helicase

1.4e-73

79.89

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPD+DC+VS ACKKFPSI LGSSPPVELFDGS C+SDI SFL+AK+G+NF LNSTCEE  QDSLDGTLSSLY VLPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYT   GSSLLP NIETGTI SNP VE D+S+K+ + +N  VSGRSFLDQSVG I GLSKRHQRQL++SGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

A0A6J1IFJ2 DNA helicase

7.0e-73

79.89

Show/hide

Query:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE
        MAHDD IENGQYNN+SNSIPSD D+DC+VS ACKKFPSI LGSSPPVELFDGS C+SDI SFL+AK+G+NF LNSTCEE  QDSLDGTLSSLY VLPDV 
Subjt:  MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVE

Query:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
        NSSV EEYT   GSSLLP NIETGTI SNP VE DSS+K  +S+N  VSGRSFLDQSVGCI GLSKRHQRQL++SGFHT
Subjt:  NSSVREEYTLPTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4INA9 ATP-dependent DNA helicase homolog RECG, chloroplastic

5.6e-11

35.4

Show/hide

Query:  SDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEE--CEQDSLDGTLSSLYPVLPDVENSSVREEYTLPTGSSLLP
        SD     D+  ACK+FPSI LG S PVEL+  S  + +  S L   +  N FL +       + D+L  TLSS  P L   ++SS   E  L  GSS   
Subjt:  SDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEE--CEQDSLDGTLSSLYPVLPDVENSSVREEYTLPTGSSLLP

Query:  INIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
                    T +  +S+ ++ S++   + R FL  S+  + GLSKRH  QL+  GFHT
Subjt:  INIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G01440.1 DEAD/DEAH box RNA helicase family protein

4.0e-12

35.4

Show/hide

Query:  SDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEE--CEQDSLDGTLSSLYPVLPDVENSSVREEYTLPTGSSLLP
        SD     D+  ACK+FPSI LG S PVEL+  S  + +  S L   +  N FL +       + D+L  TLSS  P L   ++SS   E  L  GSS   
Subjt:  SDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEE--CEQDSLDGTLSSLYPVLPDVENSSVREEYTLPTGSSLLP

Query:  INIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT
                    T +  +S+ ++ S++   + R FL  S+  + GLSKRH  QL+  GFHT
Subjt:  INIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHT

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCTCATGATGATTGTATTGAGAATGGACAATACAACAATCGATCCAATTCAATTCCATCAGATCCAGACGAAGATTGTGATGTTTCTAAAGCATGTAAAAAATTTCC
ATCCATCAAGTTGGGAAGTTCTCCTCCAGTTGAATTATTTGATGGCTCGACATGCCATTCAGATATTGTGAGTTTTTTAGCAGCTAAAAGCGGCAAGAATTTTTTTCTGA
ATTCAACTTGTGAAGAGTGTGAACAAGATAGTCTGGATGGAACCTTGTCTTCTCTGTACCCTGTCCTTCCAGATGTAGAAAATTCTTCAGTTAGAGAAGAATATACTTTG
CCCACTGGTTCATCCCTTCTGCCTATAAATATTGAGACTGGAACAATTTTGAGTAATCCAACAGTAGAAGGAGATTCTTCAAAAAAGAAGTCAGAATCAGAAAATAAGGG
AGTATCTGGAAGGTCATTTCTTGACCAATCAGTTGGTTGCATATCTGGCTTAAGTAAGAGGCACCAGCGCCAGCTTGAAGATAGTGGCTTTCACACGGCAATTAGGCAAA
TTACTACATCATTTTCCTCGGACCTATGCCGATTTACGGAATCCTCAGGTTCATATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAHDDCIENGQYNNRSNSIPSDPDEDCDVSKACKKFPSIKLGSSPPVELFDGSTCHSDIVSFLAAKSGKNFFLNSTCEECEQDSLDGTLSSLYPVLPDVENSSVREEYTL
PTGSSLLPINIETGTILSNPTVEGDSSKKKSESENKGVSGRSFLDQSVGCISGLSKRHQRQLEDSGFHTAIRQITTSFSSDLCRFTESSGSY

CSPI04G27740 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome