; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI05G11840 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI05G11840
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionIntegrase
Genome locationChr5:10496111..10496698
RNA-Seq ExpressionCSPI05G11840
SyntenyCSPI05G11840
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031502.1 integrase [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-4754.64Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN
        M  ++E+I+VAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EE F MQ+S+RG S GR GG G RG  R+    N E+   ++     +G  R   
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN

Query:  RGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
         GR++ GGRG+FS+IQCFNCR+Y HF AD W+ K         +  EQ  ND+GILFL  +VQ+   E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  RGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

KAA0032729.1 integrase [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-4857.79Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINS MGSLQSH+L+LK FD  P EE F MQ+S+RG S GR GGHG RG  R N      + S ++Q  S+  + R S 
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN

Query:  RGR----DRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMH-EQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
        RGR    ++ GGRG+FS IQCFNCR+Y HFQAD W+ K          MH EQ  ND+GILFLT +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  RGR----DRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMH-EQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

KAA0051300.1 integrase [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-4855.84Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNER---SNVATNIESESIDNQSFSNKGQER
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S+GR GGHG RG  R   +    N E+    +     +G  R
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNER---SNVATNIESESIDNQSFSNKGQER

Query:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
            GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K         +  EQ  ND+GILFL  +VQ +  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

KAA0052790.1 integrase [Cucumis melo var. makuwa]7.0e-4855.33Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS---NKGQER
        M  ++EHI+VAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S GR GGHG RG  R+    +  +     +SFS    +G  R
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS---NKGQER

Query:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
            GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K         +  EQ  N++GILFL  +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

KAA0053129.1 integrase [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-4857.36Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS-NKGQERSS
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S GR GGHG RG  R+    +  +     +SFS ++G+   S
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS-NKGQERSS

Query:  NR--GRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
         R  GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K     A   +  EQ  ND+GILFL  +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  NR--GRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SKA6 Integrase5.8e-4854.64Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN
        M  ++E+I+VAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EE F MQ+S+RG S GR GG G RG  R+    N E+   ++     +G  R   
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN

Query:  RGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
         GR++ GGRG+FS+IQCFNCR+Y HF AD W+ K         +  EQ  ND+GILFL  +VQ+   E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  RGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

A0A5A7SUA3 Integrase5.2e-4957.79Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINS MGSLQSH+L+LK FD  P EE F MQ+S+RG S GR GGHG RG  R N      + S ++Q  S+  + R S 
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSN

Query:  RGR----DRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMH-EQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
        RGR    ++ GGRG+FS IQCFNCR+Y HFQAD W+ K          MH EQ  ND+GILFLT +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  RGR----DRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMH-EQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

A0A5A7U800 Integrase8.9e-4955.84Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNER---SNVATNIESESIDNQSFSNKGQER
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S+GR GGHG RG  R   +    N E+    +     +G  R
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNER---SNVATNIESESIDNQSFSNKGQER

Query:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
            GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K         +  EQ  ND+GILFL  +VQ +  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

A0A5A7UC82 Integrase3.4e-4855.33Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS---NKGQER
        M  ++EHI+VAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S GR GGHG RG  R+    +  +     +SFS    +G  R
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS---NKGQER

Query:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
            GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K         +  EQ  N++GILFL  +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  SSNRGRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

A0A5A7UI36 Integrase5.2e-4957.36Show/hide
Query:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS-NKGQERSS
        M  ++EHIVVAIEE KDLS LSINSLMGSLQSH+L+LK FD  P EEAF MQ+S+RG S GR GGHG RG  R+    +  +     +SFS ++G+   S
Subjt:  MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFS-NKGQERSS

Query:  NR--GRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES
         R  GR++ GGRG+FS IQCFNC +Y HFQAD W+ K     A   +  EQ  ND+GILFL  +VQ++  E TWYLDSGCSNHMTG + IF++LDES
Subjt:  NR--GRDRSGGRGDFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDES

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTGGAAGATATGAGCATATTGTTGTAGCAATTGAAGAATTCAAAGATTTGTCAATTCTCTCTATAAATAGCTTAATGGGATCTCTTCAATCTCATAAGCTCAAATT
GAAGATGTTTGACTCTACTCCTTCAGAAGAAGCTTTTCATATGCAGTCCTCCTATAGAGGTCGATCCAATGGAAGAATAGGTGGACATGGTGGTAGAGGCAATGAACGAT
CCAACGTTGCAACAAATATAGAGTCAGAGAGCATAGACAATCAATCTTTTTCAAATAAAGGACAGGAAAGAAGTTCAAATAGAGGAAGAGATAGAAGTGGTGGTCGTGGA
GATTTTTCTAACATACAGTGTTTCAATTGTAGACGTTATAGACATTTTCAAGCAGACTATTGGTCTAAGAAGGCTAATTCTAATCAAGCAGAAACCACTCTAATGCATGA
GCAATCAGATAATGATCAAGGTATTCTCTTTCTCACTCTCAATGTTCAAGAATCAAGCACAGAAGAAACATGGTATCTTGATAGTGGTTGTAGTAACCACATGACAGGAA
GAAAGGATATTTTTATATCTTTAGATGAATCTCATTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACTGGAAGATATGAGCATATTGTTGTAGCAATTGAAGAATTCAAAGATTTGTCAATTCTCTCTATAAATAGCTTAATGGGATCTCTTCAATCTCATAAGCTCAAATT
GAAGATGTTTGACTCTACTCCTTCAGAAGAAGCTTTTCATATGCAGTCCTCCTATAGAGGTCGATCCAATGGAAGAATAGGTGGACATGGTGGTAGAGGCAATGAACGAT
CCAACGTTGCAACAAATATAGAGTCAGAGAGCATAGACAATCAATCTTTTTCAAATAAAGGACAGGAAAGAAGTTCAAATAGAGGAAGAGATAGAAGTGGTGGTCGTGGA
GATTTTTCTAACATACAGTGTTTCAATTGTAGACGTTATAGACATTTTCAAGCAGACTATTGGTCTAAGAAGGCTAATTCTAATCAAGCAGAAACCACTCTAATGCATGA
GCAATCAGATAATGATCAAGGTATTCTCTTTCTCACTCTCAATGTTCAAGAATCAAGCACAGAAGAAACATGGTATCTTGATAGTGGTTGTAGTAACCACATGACAGGAA
GAAAGGATATTTTTATATCTTTAGATGAATCTCATTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTGRYEHIVVAIEEFKDLSILSINSLMGSLQSHKLKLKMFDSTPSEEAFHMQSSYRGRSNGRIGGHGGRGNERSNVATNIESESIDNQSFSNKGQERSSNRGRDRSGGRG
DFSNIQCFNCRRYRHFQADYWSKKANSNQAETTLMHEQSDNDQGILFLTLNVQESSTEETWYLDSGCSNHMTGRKDIFISLDESH