CuGenDBv2

Gene ID	CSPI05G14680
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	60S ribosomal protein L30-like
Genome location	Chr5:15229636..15232043
RNA-Seq Expression	CSPI05G14680
Synteny	CSPI05G14680
Gene Ontology terms	GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602049.1 60S ribosomal protein L30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

2.2e-54

95.54

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_004140311.1 60S ribosomal protein L30 [Cucumis sativus]

8.1e-57

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_008460497.1 PREDICTED: 60S ribosomal protein L30-like [Cucumis melo]

4.0e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022141723.1 60S ribosomal protein L30-like [Momordica charantia]

1.3e-54

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MA AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022952815.1 60S ribosomal protein L30-like [Cucurbita moschata]

2.2e-54

95.54

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KQ98 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

3.9e-57

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A1S3CCQ4 60S ribosomal protein L30-like

1.9e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A5D3DSZ7 60S ribosomal protein L30-like

1.9e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1FH91 60S ribosomal protein L30-like

1.9e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1JWW8 60S ribosomal protein L30-like

1.9e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O49884 60S ribosomal protein L30

1.7e-54

88.39

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVL+++R SKGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKYYRV CLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q8VZ19 60S ribosomal protein L30-2

6.2e-52

83.04

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RGSKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9C8F7 Putative 60S ribosomal protein L30-1

3.1e-51

83.04

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYN +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9LSA3 60S ribosomal protein L30-3

9.9e-50

80.36

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVH YNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9M5M6 60S ribosomal protein L30

4.0e-51

84.68

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESIN+RLALVMKSGK+TLGYKTVL ++R +KGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RV CLSIID G
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGD
        DSDIIKS+PGD
Subjt:  DSDIIKSLPGD

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G36240.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

2.2e-52

83.04

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYN +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT1G77940.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

4.4e-53

83.04

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RGSKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT3G18740.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

7.1e-51

80.36

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVH YNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCCGGCGAAGAAGACCAAGAAGACTCACGAGAGCATTAACAACAGGCTGGCCCTTGTCATGAAGAGCGGCAAGTACACACTCGGTTACAAAACCGTTCTTCGTAC
TATCAGAGGTTCCAAAGGGAAGCTTATTATTCTATCGAACAACTGCCCACCTCTGCGTAAATCCGAGATTGAGTACTACGCAATGCTTGCCAAAATAGGAGTTCACCACT
ACAACGGAAGTAATGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTACCGTGTCTCCTGCCTTAGCATTATCGATCCAGGTGATTCTGATATTATCAAATCGCTTCCCGGT
GATCAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GTAAAACCCATAATTTAAGAAGCCCATTAATATTTTCAGCTAGGCCCAGAAAAAGCCCGTTGAATTGAATAAAAACTGTTATAAAAATTGGAAACCCTAATTCTATCCCC
GCCACCCCTTGTCGTGAAAAAAGCTAGAAGGTATTCCTACACCTTTTGAGTAGCGACGATGGCGCCGGCGAAGAAGACCAAGAAGACTCACGAGAGCATTAACAACAGGC
TGGCCCTTGTCATGAAGAGCGGCAAGTACACACTCGGTTACAAAACCGTTCTTCGTACTATCAGAGGTTCCAAAGGGAAGCTTATTATTCTATCGAACAACTGCCCACCT
CTGCGTAAATCCGAGATTGAGTACTACGCAATGCTTGCCAAAATAGGAGTTCACCACTACAACGGAAGTAATGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTACCGTGT
CTCCTGCCTTAGCATTATCGATCCAGGTGATTCTGATATTATCAAATCGCTTCCCGGTGATCAGTGATTTTTGTGTCATTGAGAACGTTAGTTTATTTTTTTTCTTTTGC
ACCTTTTCTTTTCAGCAAAGGTAAAAGTTGCACTGATTTTAAAGTCCCCAAAGTAGCTACCAACTTTAAGCATTAAAATTGTATTGTTGATAACCAGATTTTGTCAATGT
CTTTGAGGTTTTATGTAGAATGCTCAAGTAGTTTTATACCTATTTATGCATAAACAATTGAGAATCCAAAATCTCCTTTTGCCTTCCAATTACAAGATTGTTTTAGTTCG
AAAATGAGTAGGAATTCATCATTTGATCCGAATGCCTCGTATTAGGCTTAAAATTATACCCGTGTTAAATGCTTATTTCCTTGTAATCACCTGTTTAATAGAATGCTTGT
CTCATTCTTTTGAGATAATCCCATTTTTATGAAGAAATTAGAG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRGSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPG
DQ

CSPI05G14680 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome