CuGenDBv2

Gene ID	CSPI05G19380
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
Genome location	Chr5:20627720..20632232
RNA-Seq Expression	CSPI05G19380
Synteny	CSPI05G19380
Gene Ontology terms	GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0008236 - serine-type peptidase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR021629 - Mediator complex, subunit Med23

Homology

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KAG7016782.1 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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A0A1S3CSR7 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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A0A5A7TSF1 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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A0A5D3E5C4 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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A0A6J1I8Y2 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

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Subjt:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS

Query:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQAAP-TVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP
        LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVS+GQGSQAAP TVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLP +HGISSP
Subjt:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQAAP-TVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP

Query:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTGLPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRPDKA
        AQSSIDP+SCTALSPIKSSDLSGTGLPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVT ADIFSHMLNWMVNWDQRQQG+EESENMKSWRPDKA
Subjt:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTGLPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRPDKA

Query:  LIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLRYSP
        LIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTL+LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLH PTFGTQRIFSQTMQNISGEAVAS R+SP
Subjt:  LIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLRYSP

Query:  ITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQGLSPGAVFTSEMI
        ITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSP+WWKRVLLVAPGYRS AQGLSPGAVFTSEMI
Subjt:  ITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQGLSPGAVFTSEMI

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4I4P3 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

9.7e-163

63.47

Show/hide

Query:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS
        MDQSQR+ +  T S+SR+YQFHPARAAI++LF+LYLGR +R K ++S R+PPNK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF+D +QLR +TESVLIS
Subjt:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS

Query:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP
        LVVQCS H PRAEFLLFALR+LC I YINWDTFLPSLLSS+S+AE S+ QG Q AA T  ++  S   V+P            S NP S LP  HGI SP
Subjt:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP

Query:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP
        + S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL CKIIL G++  LKPVTHA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR 
Subjt:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP

Query:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR
        +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDEALFTL++EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  EAV  LR
Subjt:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR

Query:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI
        +SPITYPSVLGEPL+GED+A +I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKRVL+VAP YR S Q G  PGAVFTS+MI
Subjt:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G23230.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629); Has 187 Blast hits to 184 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 135; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).

6.9e-164

63.47

Show/hide

Query:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS
        MDQSQR+ +  T S+SR+YQFHPARAAI++LF+LYLGR +R K ++S R+PPNK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF+D +QLR +TESVLIS
Subjt:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS

Query:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP
        LVVQCS H PRAEFLLFALR+LC I YINWDTFLPSLLSS+S+AE S+ QG Q AA T  ++  S   V+P            S NP S LP  HGI SP
Subjt:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP

Query:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP
        + S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL CKIIL G++  LKPVTHA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR 
Subjt:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP

Query:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR
        +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDEALFTL++EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  EAV  LR
Subjt:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR

Query:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI
        +SPITYPSVLGEPL+GED+A +I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKRVL+VAP YR S Q G  PGAVFTS+MI
Subjt:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI

AT1G23230.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to salt stress; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629).

6.9e-164

63.47

Show/hide

Query:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS
        MDQSQR+ +  T S+SR+YQFHPARAAI++LF+LYLGR +R K ++S R+PPNK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF+D +QLR +TESVLIS
Subjt:  MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLIS

Query:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP
        LVVQCS H PRAEFLLFALR+LC I YINWDTFLPSLLSS+S+AE S+ QG Q AA T  ++  S   V+P            S NP S LP  HGI SP
Subjt:  LVVQCSGHVPRAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQ-AAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSP

Query:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP
        + S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL CKIIL G++  LKPVTHA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR 
Subjt:  AQSSIDPSSCTALSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRP

Query:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR
        +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDEALFTL++EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  EAV  LR
Subjt:  DKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLR

Query:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI
        +SPITYPSVLGEPL+GED+A +I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKRVL+VAP YR S Q G  PGAVFTS+MI
Subjt:  YSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQ-GLSPGAVFTSEMI

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATCAATCACAACGATCCTCATCACTAACGACAGTCTCCACTTCCCGTGCTTACCAGTTCCACCCAGCTCGAGCTGCCATTGTCAATCTCTTCGACCTCTACTTAGG
AAGGAGTAATCGTCTAAAGCATGAAGATTCAGCTAGAGAACCTCCGAACAAGGCTCAAAAGCGTGTACTAGCTATTAACAGAGAGCTTCCTCCTCGAAATGAGCAATTCC
TTTTAGATTTTGAGCAAATTCAGAATCAATTTTCAGACCATGATCAGTTGCGTGCTGTGACTGAGTCTGTTCTCATCTCCCTAGTTGTGCAGTGCAGTGGTCATGTACCA
AGGGCAGAATTTCTTCTCTTTGCTTTACGGAGTTTATGCAGTATAGGTTACATCAATTGGGACACTTTTCTGCCATCCCTTCTTTCTTCAATCTCATCTGCAGAAGTTTC
CATGGGTCAGGGAAGTCAAGCTGCGCCTACTGTCTCAACAACAAATTTATCACAGTCTGGGGTGCTTCCATCCTCAAATCCAGTGCCTAATAGTTCTACCTTTCAGTCTT
CCAATCCTGCCTCTCCATTACCATTGGTTCATGGAATCAGTTCACCCGCTCAGTCTAGTATTGATCCATCTTCTTGCACAGCATTGTCACCAATCAAATCCTCTGATCTT
TCTGGGACTGGATTGCCATCTGCAGTTAGGGTCAATTCATTTTTGAGAAATAATGCAATAAGCAGTCTTCGTCAGCTTTGTTGCAAGATTATCTTAAGTGGTCTTAAATT
TGATTTAAAACCAGTGACTCATGCTGATATCTTTTCCCACATGCTCAATTGGATGGTTAATTGGGACCAACGGCAACAGGGGATGGAGGAATCTGAGAATATGAAATCCT
GGAGGCCTGACAAGGCTCTCATTGAATGGCTACATAGCTGTTTGGATGTAGTCTGGCTTTTGGTTGAGGAGAATAAATGTCGGGTGCCCTTCTATGAATTACTACGCAGT
GGTTTGCAATTCATTGATAACATTCCTGATGATGAAGCCTTATTTACACTCATGTTGGAGATCCATAGGAGGCGAGATATGATGGCAATGCACATGCAGATGTTGGATCA
ACACCTTCACAGCCCTACATTTGGCACTCAACGGATTTTTTCTCAAACAATGCAGAACATATCTGGTGAAGCAGTAGCAAGCTTGCGCTATTCACCAATCACATACCCAA
GTGTTCTTGGTGAACCTCTTCATGGCGAGGATATTGCATCTGCTATTCAGAGAGGAACTCGAGATTGGGAAAGAGCTATGCGTTGTATAAGGCACGCTCTTCGCACAACT
CCATCACCGGACTGGTGGAAGCGTGTGCTTCTTGTGGCTCCTGGCTATAGGTCTTCTGCACAAGGACTCAGTCCTGGTGCAGTTTTTACATCCGAGATGATATCGACTTA
G

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDQSQRSSSLTTVSTSRAYQFHPARAAIVNLFDLYLGRSNRLKHEDSAREPPNKAQKRVLAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFSDHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVP
RAEFLLFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSISSAEVSMGQGSQAAPTVSTTNLSQSGVLPSSNPVPNSSTFQSSNPASPLPLVHGISSPAQSSIDPSSCTALSPIKSSDL
SGTGLPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCCKIILSGLKFDLKPVTHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGMEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEENKCRVPFYELLRS
GLQFIDNIPDDEALFTLMLEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGEAVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEDIASAIQRGTRDWERAMRCIRHALRTT
PSPDWWKRVLLVAPGYRSSAQGLSPGAVFTSEMIST

CSPI05G19380 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome