CuGenDBv2

Gene ID	CSPI06G08680
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	nuclear pore complex protein NUP62
Genome location	Chr6:7300311..7308712
RNA-Seq Expression	CSPI06G08680
Synteny	CSPI06G08680
Gene Ontology terms	GO:0006913 - nucleocytoplasmic transport (biological process) GO:0015031 - protein transport (biological process) GO:0005643 - nuclear pore (cellular component) GO:0017056 - structural constituent of nuclear pore (molecular function)
InterPro domains	IPR007758 - Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal IPR026010 - Nucleoporin NSP1/NUP62

Homology

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e value

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XP_008459731.1 PREDICTED: nuclear pore complex protein NUP62 [Cucumis melo]

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XP_022959228.1 nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1 [Cucurbita moschata]

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XP_023548092.1 nuclear pore complex protein NUP62 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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XP_031743587.1 nuclear pore complex protein NUP62 [Cucumis sativus]

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XP_038874708.1 nuclear pore complex protein NUP62 [Benincasa hispida]

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        VSATVSSTPKLPSEITGKTVEEII EWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEED
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        AERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAAT
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        EGPAADRELLGQKLWMS
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A0A1S3CAD4 nuclear pore complex protein NUP62

0.0e+00

95.67

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        MSGFGFGSSTSQ  SSSPFSSTTGFSFGST FSFGSS SPLSL SSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNP  SSSSFGFGSSSFS+STSSPFSFSLASASTGA
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        SSSS PSS+A SASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSA LFGAASSSGTSS SLFGAGS PAPSFGAAPSSGSS+APSFGALSSSAGTSSAPLFGA
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Query:  APSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASSLSTSP
        APSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGT+ASAASSGS LFGASA ASGSG SLFGT A SSGSTGSGLFGSSPFGASSSGT SS STSNLFASSLS+SP
Subjt:  APSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASSLSTSP

Query:  FQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNV-SSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTS
        FQSSLSSSSSQNLTSSSPF ASPSGFSFPT +LSKTTSITNV SSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTS
Subjt:  FQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNV-SSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTS

Query:  LSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAP
        LSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAA+STTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSG VSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAP
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Query:  ASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSSTPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQN
        ASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSSTPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQN
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Query:  RDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGG
        RDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKAL+SVE+DAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGG
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Query:  ELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRELLGQKLWMS
        ELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRELLGQK WMS
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A0A6J1DSI7 nuclear pore complex protein NUP62

8.1e-207

80.48

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Query:  FGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLAPSFGALSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGAS
        FGAA ++G+SS S+FGA                  APS G+ +SSAG+SS  LFGAAPSAGA SAPSLFGG SSAT+SS PLFG+SA  A+ GS L GAS
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Query:  AAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFG----SSPFGASSSGTLSSASTSNLFASSL---STSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVA-SPSGFSFPTGSLSKT
         AASG   SLFGT A+SSGS GS LFG    ++ FG+++ GT    S+S LFASS+   STS FQ+S SSSSSQ+L+SSSPF A S SGFSFPT SLSKT
Subjt:  AAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFG----SSPFGASSSGTLSSASTSNLFASSL---STSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVA-SPSGFSFPTGSLSKT

Query:  TSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAF
        T+ +  +SSSSS LT ASTSSSSFSFGTPASS+SQSSFGFS +NAAST  S+AP TTATKPTSLS S SVAPLFSTVTTTSASTP A+STTQPSFSVPAF
Subjt:  TSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAF

Query:  SSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVAS
        S SSSAATT+S AASS PSAASSGA SSFTGFGVT++ASSSS I SLSLPTKT TAASSSQ PASFGFPSL SASTAATT+SGFSA SQSQTSS LVVAS
Subjt:  SSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVAS

Query:  SSSGTTSTVSATVSSTPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDK
        SSSGTTSTVSA VS+TPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRI+QNRDILLRLEIEVAKVVETQAELE+KLELIETHQQEVDK
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Query:  ALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSS
        AL+SVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSS
Subjt:  ALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSS

Query:  RIQKLAATEGPAADRELLGQKLWMS
        RIQK+AAT+GPAADRELLGQK WMS
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A0A6J1H5C8 nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1

1.1e-243

77.67

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Query:  MSGFGFGSSTSQ---SSSPFSSTTGFSFGSTN-FSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSN-PSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTG
        MSGF FGSS+SQ   SSSPFSSTTGFSFGST+ FSFGSSP    LS SSSSSSNP+SSSS F N TSN PSS+ FGF SSSF +S SSPFSFSL +ASTG
Subjt:  MSGFGFGSSTSQ---SSSPFSSTTGFSFGSTN-FSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSN-PSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTG

Query:  ASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSA--------------SLFGAASSSGTSSTSLFG----AGSLPAPSFGAAPSSGSSLAP
        ASS S       S SSLF  SSSS G +SFGFG SSSS  SSA                FGAAS+SGTS   LFG    +GS P PSFGAAP SGSS+AP
Subjt:  ASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSA--------------SLFGAASSSGTSSTSLFG----AGSLPAPSFGAAPSSGSSLAP

Query:  SFGALSS-------------SAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASS-ATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGS
         FG+  S             SAG+SS+P FGAAPSAG +SAPSLFGG SS ATTSSAPLFGTSA  AS GS +FGAS AASGS                S
Subjt:  SFGALSS-------------SAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASS-ATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGS

Query:  GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLF---ASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGT
         LFGS+PF +S     SS STSNLF   +SS ST+PFQ+S SSSSSQNL+SSSPF AS SGFSF T SLSKTTSIT  ++SSSSSLT ASTSSSSFSFGT
Subjt:  GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLF---ASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGT

Query:  PASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGAVSS
        PASS+SQSSFGFSI+NAASTGGSSAP TTA KPTSLS S SVAPLFSTVTTTSASTPAA ST QPSFS+PAFS SSSAATTLSIAASS PS  SSGA SS
Subjt:  PASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAPSAASSGAVSS

Query:  FTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSSTPKLPSEITGKTV
        FTGFGVTS+A+SSSAI SLSLPTK+ TAASSSQAPASFGF SLA ASTAATTTSG +ASSQSQTSS LV+ASSSSGTTSTVS TVS+TPKLPSEITGKTV
Subjt:  FTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSSTPKLPSEITGKTV

Query:  EEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAAST
        EEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRI+QNRDILLRLEIEVAKVVETQ ELEKKLELIETHQQEVDKAL SVEEDAERIYKDERGLLLDDEAAST
Subjt:  EEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAAST

Query:  RDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRELLGQKLWMS
        RDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNA+QGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAAT+GPAADRELLGQK WMS
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A0A6J1L2D4 nuclear pore complex protein NUP62

1.8e-243

76.45

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Query:  MSGFGFGSSTSQ---SSSPFSSTTGFSFGSTN-FSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSN-PSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTG
        MSGF FGSS+SQ   SSSPFSSTTGFSFGST+ FSFGSSP    LS SSSSSSNP+SSSS F N TSN PSS+ FGF SSSF +S SSPFSFSL +ASTG
Subjt:  MSGFGFGSSTSQ---SSSPFSSTTGFSFGSTN-FSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSN-PSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTG

Query:  ASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSA--------------SLFGAASSSGTSSTSLFG----AGSLPAPSFGAAPSSGSSLAP
        ASS         S S+LF  SSSS G +SFGFG SSSS  SSA                FGAAS+SGTS   LFG    +GS P PSFGAAP+SGSS+AP
Subjt:  ASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSA--------------SLFGAASSSGTSSTSLFG----AGSLPAPSFGAAPSSGSSLAP

Query:  SFGA---------------------------LSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASS-ATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVS
         FG+                            +SS+G+SS+P FGAAPS G +SAPSLFGG SS ATTSSAPLFGTSA  AS GS +FGASAAASGS   
Subjt:  SFGA---------------------------LSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASS-ATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVS

Query:  LFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLF---ASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSL
                     S LFGS+ F +SSSGTLSS STSNLF   +SS ST+PFQ+S SSSSSQNL+SSSPF AS SGFSF T SLSKTTSIT   +SSSSSL
Subjt:  LFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLF---ASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSL

Query:  TLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAA
        T ASTSSSSFSFGTPASS+SQSSFGF+I+NAAS  GSSAP TTA KPTSLS S SVAPLFSTVTTTSASTPAA ST QPSFS+PAFS SSSAATTLSIAA
Subjt:  TLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAA

Query:  SSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVS
        SSAPSA SSGA SSFTGFG+TS+A+SSSAI SLSLPTK+ TAASSSQAPASFGF SLASAS AATTTSG +ASSQSQTSS LVVASSSSGTTSTVSATVS
Subjt:  SSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVS

Query:  STPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYK
        +TPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRI+QNRDILLRLEIEVAKVVETQ ELEKKLELIETHQQEVDKAL SVEEDAERIYK
Subjt:  STPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYK

Query:  DERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAAD
        DERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNA+QGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAAT+GPAAD
Subjt:  DERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAAD

Query:  RELLGQKLWMS
        RELLGQK WMS
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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

G0SBQ3 Nucleoporin NSP1

2.6e-08

29.94

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Query:  SFSLASASTGASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPS-SGSSLAPSFG-ALS
        SF+    ST  +S  + +S A ++  LFG   S+TG ++  F   ++S   S SLFG A++     TSLFG  S   P+   A S  G S + S G +L 
Subjt:  SFSLASASTGASSSSAPSSAATSASSLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPS-SGSSLAPSFG-ALS

Query:  SSAGTSSAPLFG-----AAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGT
         +A   S  LFG     AA S+  +  PSLF G+ +ATTS+     T A+ A SGS LFG++ A          T   SS  T +GLFG S    +S   
Subjt:  SSAGTSSAPLFG-----AAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGT

Query:  LSSASTSNLFASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAA
          S +T     S   T+P +    S  S     + P  A+ +   F   S   TT  +  +   S+S T    SS+      PA +S+ ++      + A
Subjt:  LSSASTSNLFASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAA

Query:  STGGSSAP-STTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLS----IAASSAPSAASSGAVSSFTGFG----VTSS
        +T  +SAP STT T     +L++S     ++ +T +ASTPAA   T+P F   A +S+  ++TT +     + + A +AA+  + ++ T FG     T++
Subjt:  STGGSSAP-STTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLS----IAASSAPSAASSGAVSSFTGFG----VTSS

Query:  ASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASA---STAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSA-TVSSTPKLPSEITGKTVEEIIK
        A++SS   + S P+   +  +S+ APAS G P+  +A   ++A  TT+    S  S T+S       +  TT+ + A TV    +LP  +  KT++EII 
Subjt:  ASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASA---STAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSA-TVSSTPKLPSEITGKTVEEIIK

Query:  EWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAA---STRD
         W  +L +   +F++QA  + EWDR +++N + + +L     +      E+E++L  +E+ Q+E+   L   E + + +Y  + G    ++AA     R+
Subjt:  EWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAA---STRD

Query:  AMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLN-----ANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRI---QKLAATEG
          Y+ AE +  +L++M + +  +I+ +N      ++G + D      PL  +VR+LN  L+ L WID  A    +++   QK A + G
Subjt:  AMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLN-----ANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRI---QKLAATEG

Q8L7F7 Nuclear pore complex protein NUP62

1.2e-109

51.55

Show/hide

Query:  MSGFGFGSSTSQSSSPFSSTTGFSFGSTNFSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNPSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTGASSSS
        MSGF FG S        +S  GFSFGS         S  + SSS+SS+++P S S    N +SNPSS+ FGFGSS  ST  SS       + S G  +SS
Subjt:  MSGFGFGSSTSQSSSPFSSTTGFSFGSTNFSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNPSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTGASSSS

Query:  APS----SAATSASSLFGVSSS-----STGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLA-PS---FGALSSSAG
         PS    S+A+S++  FG  SS     ++   SFGFG ++SS+  + SLFG    S T++ S    GS P   FG   SS SS A PS   FGA +SSA 
Subjt:  APS----SAATSASSLFGVSSS-----STGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLA-PS---FGALSSSAG

Query:  TSSAPLFGAAPSAGAS----SAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGA-------------SAAASGSGVSLFGTPATS---------SGST
        T S+  FGAAP++G++    S+PSLF   SSA+ S++ LFG S+SAA+S S LFGA             +++A GS  S+FG   +S         SGS+
Subjt:  TSSAPLFGAAPSAGAS----SAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGA-------------SAAASGSGVSLFGTPATS---------SGST

Query:  GS--GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASS------LSTSPF-QSSLSSSSSQNLT--SSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLAS
         S  G  GSSPF  SSS   S+ ST +LFASS       S SPF  S+ +SSS+ N +  S+SPF AS +GFSF   + S TTS T  S+   +     +
Subjt:  GS--GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASS------LSTSPF-QSSLSSSSSQNLT--SSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLAS

Query:  TSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAP
        +SSSSFSFGT A+S      GF++    STG S+AP++        S S +V  + +T TTTS+STPAA  T+ P+ S PA + +  +    S A ++ P
Subjt:  TSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAP

Query:  SAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLS--LPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSST
          ASS A  S TGFG+ SS  ++ +  S +     KTST ASSSQ   +   P+ + +  ++T+T+  + SS + T + LVV SSS   TST  A V+ +
Subjt:  SAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLS--LPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSST

Query:  PKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDE
        PKLPSEITGKTVEEIIKEWN ELQERTG+FRKQANAIAEWD+RI+QNRD+LLRLEIEVAKVVETQ+ LE++LELIETHQQEVDKAL S+EE+AERIY DE
Subjt:  PKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDE

Query:  RGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRE
        R  LLDDEAASTRDAMYEQ+E +ERELE MTEQI+SIIQ++NANQGGEL+ IDGM+PLD VVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQK+ A +G   DRE
Subjt:  RGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRE

Query:  LLGQKLWMS
        L+  K WMS
Subjt:  LLGQKLWMS

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G45000.1 structural constituent of nuclear pore

8.2e-111

51.55

Show/hide

Query:  MSGFGFGSSTSQSSSPFSSTTGFSFGSTNFSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNPSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTGASSSS
        MSGF FG S        +S  GFSFGS         S  + SSS+SS+++P S S    N +SNPSS+ FGFGSS  ST  SS       + S G  +SS
Subjt:  MSGFGFGSSTSQSSSPFSSTTGFSFGSTNFSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNPSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTGASSSS

Query:  APS----SAATSASSLFGVSSS-----STGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLA-PS---FGALSSSAG
         PS    S+A+S++  FG  SS     ++   SFGFG ++SS+  + SLFG    S T++ S    GS P   FG   SS SS A PS   FGA +SSA 
Subjt:  APS----SAATSASSLFGVSSS-----STGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLA-PS---FGALSSSAG

Query:  TSSAPLFGAAPSAGAS----SAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGA-------------SAAASGSGVSLFGTPATS---------SGST
        T S+  FGAAP++G++    S+PSLF   SSA+ S++ LFG S+SAA+S S LFGA             +++A GS  S+FG   +S         SGS+
Subjt:  TSSAPLFGAAPSAGAS----SAPSLFGGASSATTSSAPLFGTSASAASSGSGLFGA-------------SAAASGSGVSLFGTPATS---------SGST

Query:  GS--GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASS------LSTSPF-QSSLSSSSSQNLT--SSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLAS
         S  G  GSSPF  SSS   S+ ST +LFASS       S SPF  S+ +SSS+ N +  S+SPF AS +GFSF   + S TTS T  S+   +     +
Subjt:  GS--GLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASS------LSTSPF-QSSLSSSSSQNLT--SSSPFVASPSGFSFPTGSLSKTTSITNVSSSSSSSLTLAS

Query:  TSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAP
        +SSSSFSFGT A+S      GF++    STG S+AP++        S S +V  + +T TTTS+STPAA  T+ P+ S PA + +  +    S A ++ P
Subjt:  TSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAATTLSIAASSAP

Query:  SAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLS--LPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSST
          ASS A  S TGFG+ SS  ++ +  S +     KTST ASSSQ   +   P+ + +  ++T+T+  + SS + T + LVV SSS   TST  A V+ +
Subjt:  SAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLS--LPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSST

Query:  PKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDE
        PKLPSEITGKTVEEIIKEWN ELQERTG+FRKQANAIAEWD+RI+QNRD+LLRLEIEVAKVVETQ+ LE++LELIETHQQEVDKAL S+EE+AERIY DE
Subjt:  PKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDE

Query:  RGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRE
        R  LLDDEAASTRDAMYEQ+E +ERELE MTEQI+SIIQ++NANQGGEL+ IDGM+PLD VVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQK+ A +G   DRE
Subjt:  RGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRE

Query:  LLGQKLWMS
        L+  K WMS
Subjt:  LLGQKLWMS

Sequences

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CDS sequence

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ATGTCGGGTTTCGGCTTTGGATCTTCCACCTCTCAATCTTCTTCTCCATTTTCCTCAACCACTGGTTTCTCCTTCGGATCCACCAACTTTTCCTTCGGATCATCCCCTTC
CCCTTTATCTCTTTCATCTTCCTCCTCCTCCTCCTCAAACCCTACTTCCTCTTCCTCCCCATTTCCCAATCCAACGTCCAATCCTTCTTCTTCTTCCTTTGGCTTTGGCT
CTTCCTCTTTCTCCACCTCTACTTCCTCTCCCTTCTCTTTCTCCCTCGCCTCCGCTTCCACCGGAGCATCTTCCTCTAGCGCCCCTTCTTCCGCAGCAACTTCAGCTTCG
TCCTTGTTTGGGGTTTCTTCATCCTCAACTGGATTCAATTCTTTCGGATTCGGGGCTTCATCCTCGTCAGCAAACTCCTCTGCTTCCTTGTTTGGGGCTGCTTCCTCCTC
CGGGACCTCATCCACCTCCTTGTTTGGGGCTGGGAGCTTACCTGCGCCTTCGTTTGGGGCTGCTCCCTCCTCTGGGAGCTCACTTGCGCCTTCCTTTGGGGCTCTTTCCT
CATCTGCCGGGACCTCATCTGCGCCCTTGTTTGGGGCTGCTCCATCTGCAGGGGCATCATCGGCTCCGTCCTTGTTTGGAGGGGCGTCTTCTGCAACTACTTCCAGTGCA
CCATTGTTTGGCACATCTGCATCCGCTGCAAGTTCGGGATCAGGGTTGTTTGGCGCTTCTGCCGCCGCTTCAGGTTCTGGTGTTTCTCTGTTTGGGACACCAGCTACATC
TTCAGGCAGTACAGGTTCAGGTTTGTTTGGGTCTAGTCCCTTTGGTGCATCTTCTTCAGGCACTTTATCTTCGGCTTCCACTTCAAACTTGTTTGCGTCATCTTTGTCCA
CTTCTCCATTCCAGAGCTCCCTTTCTTCGAGTTCTTCCCAAAATTTGACTTCTTCTTCACCGTTTGTGGCTTCTCCTTCTGGGTTTTCATTTCCGACCGGTTCTTTGTCT
AAAACTACTAGTATTACCAATGTATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTACACTAGCCTCTACTAGTTCCTCGAGCTTCTCATTCGGAACACCTGCTTCGTCGTCATCTCA
ATCTTCTTTCGGATTTAGTATTAACAATGCAGCATCGACGGGAGGGTCGTCTGCTCCGAGCACTACAGCTACGAAGCCTACTTCTTTATCGTTATCAAATTCTGTGGCAC
CTTTGTTCTCTACGGTTACTACCACCAGTGCTTCTACTCCAGCTGCCAATAGCACAACTCAGCCATCCTTCTCCGTGCCAGCTTTTAGTTCGAGTTCTTCAGCTGCTACT
ACCTTGTCCATAGCAGCATCTTCCGCTCCCTCGGCTGCTTCGTCGGGTGCTGTGAGTTCATTTACTGGTTTTGGTGTCACAAGCTCGGCTTCTTCATCAAGTGCAATTGG
TTCCTTATCGTTGCCGACCAAAACATCAACTGCTGCTTCATCATCTCAAGCGCCAGCCTCTTTCGGTTTCCCTTCTTTGGCATCCGCTTCTACGGCTGCTACCACCACAT
CCGGTTTCAGTGCTTCAAGTCAGAGTCAGACTTCATCAGCTCTTGTTGTAGCAAGCAGTAGTAGTGGTACAACTTCAACTGTTAGTGCAACAGTTTCTTCTACACCAAAA
TTACCATCTGAGATAACAGGGAAGACTGTCGAAGAGATCATAAAGGAATGGAATGCAGAGCTCCAAGAGCGTACTGGAAAGTTTCGAAAGCAGGCCAATGCTATTGCTGA
GTGGGATAGGAGGATTATGCAAAATCGTGATATTCTTCTTAGACTTGAGATTGAGGTTGCAAAGGTGGTTGAGACCCAAGCTGAGTTGGAGAAGAAATTGGAGTTGATCG
AAACTCACCAACAAGAGGTTGATAAGGCATTGGTAAGCGTGGAAGAAGATGCTGAGCGCATTTACAAGGATGAACGTGGTTTACTTCTTGATGACGAGGCTGCATCTACA
AGGGATGCAATGTATGAGCAAGCTGAATATATAGAGCGGGAATTAGAGCAGATGACAGAACAGATCAAATCAATTATCCAGACCCTAAATGCGAACCAGGGAGGTGAACT
TGATGTGATTGATGGGATGACACCGCTAGATGCTGTTGTTCGAATTTTAAACAATCAATTAAGTTCATTAATGTGGATCGATGAAAAGGCCGAAGAGTTTTCTTCACGTA
TTCAGAAGCTTGCTGCTACCGAGGGTCCGGCTGCAGATCGTGAATTGCTGGGTCAGAAGTTGTGGATGTCTTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CTAAAACCTTCTAAAACCCTTCACTTCACAGTCTCTTCCACCGGAGATCGATCGAGATGTCGGGTTTCGGCTTTGGATCTTCCACCTCTCAATCTTCTTCTCCATTTTCC
TCAACCACTGGTTTCTCCTTCGGATCCACCAACTTTTCCTTCGGATCATCCCCTTCCCCTTTATCTCTTTCATCTTCCTCCTCCTCCTCCTCAAACCCTACTTCCTCTTC
CTCCCCATTTCCCAATCCAACGTCCAATCCTTCTTCTTCTTCCTTTGGCTTTGGCTCTTCCTCTTTCTCCACCTCTACTTCCTCTCCCTTCTCTTTCTCCCTCGCCTCCG
CTTCCACCGGAGCATCTTCCTCTAGCGCCCCTTCTTCCGCAGCAACTTCAGCTTCGTCCTTGTTTGGGGTTTCTTCATCCTCAACTGGATTCAATTCTTTCGGATTCGGG
GCTTCATCCTCGTCAGCAAACTCCTCTGCTTCCTTGTTTGGGGCTGCTTCCTCCTCCGGGACCTCATCCACCTCCTTGTTTGGGGCTGGGAGCTTACCTGCGCCTTCGTT
TGGGGCTGCTCCCTCCTCTGGGAGCTCACTTGCGCCTTCCTTTGGGGCTCTTTCCTCATCTGCCGGGACCTCATCTGCGCCCTTGTTTGGGGCTGCTCCATCTGCAGGGG
CATCATCGGCTCCGTCCTTGTTTGGAGGGGCGTCTTCTGCAACTACTTCCAGTGCACCATTGTTTGGCACATCTGCATCCGCTGCAAGTTCGGGATCAGGGTTGTTTGGC
GCTTCTGCCGCCGCTTCAGGTTCTGGTGTTTCTCTGTTTGGGACACCAGCTACATCTTCAGGCAGTACAGGTTCAGGTTTGTTTGGGTCTAGTCCCTTTGGTGCATCTTC
TTCAGGCACTTTATCTTCGGCTTCCACTTCAAACTTGTTTGCGTCATCTTTGTCCACTTCTCCATTCCAGAGCTCCCTTTCTTCGAGTTCTTCCCAAAATTTGACTTCTT
CTTCACCGTTTGTGGCTTCTCCTTCTGGGTTTTCATTTCCGACCGGTTCTTTGTCTAAAACTACTAGTATTACCAATGTATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTACACTA
GCCTCTACTAGTTCCTCGAGCTTCTCATTCGGAACACCTGCTTCGTCGTCATCTCAATCTTCTTTCGGATTTAGTATTAACAATGCAGCATCGACGGGAGGGTCGTCTGC
TCCGAGCACTACAGCTACGAAGCCTACTTCTTTATCGTTATCAAATTCTGTGGCACCTTTGTTCTCTACGGTTACTACCACCAGTGCTTCTACTCCAGCTGCCAATAGCA
CAACTCAGCCATCCTTCTCCGTGCCAGCTTTTAGTTCGAGTTCTTCAGCTGCTACTACCTTGTCCATAGCAGCATCTTCCGCTCCCTCGGCTGCTTCGTCGGGTGCTGTG
AGTTCATTTACTGGTTTTGGTGTCACAAGCTCGGCTTCTTCATCAAGTGCAATTGGTTCCTTATCGTTGCCGACCAAAACATCAACTGCTGCTTCATCATCTCAAGCGCC
AGCCTCTTTCGGTTTCCCTTCTTTGGCATCCGCTTCTACGGCTGCTACCACCACATCCGGTTTCAGTGCTTCAAGTCAGAGTCAGACTTCATCAGCTCTTGTTGTAGCAA
GCAGTAGTAGTGGTACAACTTCAACTGTTAGTGCAACAGTTTCTTCTACACCAAAATTACCATCTGAGATAACAGGGAAGACTGTCGAAGAGATCATAAAGGAATGGAAT
GCAGAGCTCCAAGAGCGTACTGGAAAGTTTCGAAAGCAGGCCAATGCTATTGCTGAGTGGGATAGGAGGATTATGCAAAATCGTGATATTCTTCTTAGACTTGAGATTGA
GGTTGCAAAGGTGGTTGAGACCCAAGCTGAGTTGGAGAAGAAATTGGAGTTGATCGAAACTCACCAACAAGAGGTTGATAAGGCATTGGTAAGCGTGGAAGAAGATGCTG
AGCGCATTTACAAGGATGAACGTGGTTTACTTCTTGATGACGAGGCTGCATCTACAAGGGATGCAATGTATGAGCAAGCTGAATATATAGAGCGGGAATTAGAGCAGATG
ACAGAACAGATCAAATCAATTATCCAGACCCTAAATGCGAACCAGGGAGGTGAACTTGATGTGATTGATGGGATGACACCGCTAGATGCTGTTGTTCGAATTTTAAACAA
TCAATTAAGTTCATTAATGTGGATCGATGAAAAGGCCGAAGAGTTTTCTTCACGTATTCAGAAGCTTGCTGCTACCGAGGGTCCGGCTGCAGATCGTGAATTGCTGGGTC
AGAAGTTGTGGATGTCTTAAATTTTAAACTGGTTTTAGTTTTAGTTGTTGTGAAACTGCTGTTGGAATTAGTGTATAGAGGCCTTAACTCACATTTGTGGTTTATTTCTA
GTATCCTTCTTTCAATTGGCTGAACTGGAAATCTTTTTGCCCAAAAGGATGTATTCATTTTTTCTGTTTTTCTTTTGGAAAACATGAATACAGGGAGGGCAATCAAATTT
TCGACCTTTTAGATGTGGGAGAGATATACTTTGATCGATAAACTAGGGTCAAACCTGAATTTGGTGCATAATACTTTAGTTGTCCATTCATGGATCATTTTCAAGAACCC
TACCC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MSGFGFGSSTSQSSSPFSSTTGFSFGSTNFSFGSSPSPLSLSSSSSSSSNPTSSSSPFPNPTSNPSSSSFGFGSSSFSTSTSSPFSFSLASASTGASSSSAPSSAATSAS
SLFGVSSSSTGFNSFGFGASSSSANSSASLFGAASSSGTSSTSLFGAGSLPAPSFGAAPSSGSSLAPSFGALSSSAGTSSAPLFGAAPSAGASSAPSLFGGASSATTSSA
PLFGTSASAASSGSGLFGASAAASGSGVSLFGTPATSSGSTGSGLFGSSPFGASSSGTLSSASTSNLFASSLSTSPFQSSLSSSSSQNLTSSSPFVASPSGFSFPTGSLS
KTTSITNVSSSSSSSLTLASTSSSSFSFGTPASSSSQSSFGFSINNAASTGGSSAPSTTATKPTSLSLSNSVAPLFSTVTTTSASTPAANSTTQPSFSVPAFSSSSSAAT
TLSIAASSAPSAASSGAVSSFTGFGVTSSASSSSAIGSLSLPTKTSTAASSSQAPASFGFPSLASASTAATTTSGFSASSQSQTSSALVVASSSSGTTSTVSATVSSTPK
LPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRIMQNRDILLRLEIEVAKVVETQAELEKKLELIETHQQEVDKALVSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAAST
RDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNANQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATEGPAADRELLGQKLWMS

CSPI06G08680 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome