; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI06G29510 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI06G29510
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptiontranscription factor bHLH93
Genome locationChr6:25616646..25618726
RNA-Seq ExpressionCSPI06G29510
SyntenyCSPI06G29510
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR011598 - Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain
IPR036638 - Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_011657932.1 transcription factor bHLH93 isoform X1 [Cucumis sativus]2.3e-18799.71Show/hide
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XP_038882569.1 transcription factor bHLH93-like isoform X1 [Benincasa hispida]7.1e-17392.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KG39 BHLH domain-containing protein1.0e-18599.42Show/hide
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A0A1S3B0U8 transcription factor bHLH93 isoform X26.5e-18096.78Show/hide
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A0A1S3B204 transcription factor bHLH93 isoform X16.9e-18297.08Show/hide
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A0A6J1GCM1 transcription factor bHLH93-like isoform X12.7e-16287.13Show/hide
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A0A6J1IRY6 transcription factor bHLH93-like isoform X13.0e-16186.84Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q10S44 Transcription factor BHLH33.1e-5442.47Show/hide
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        MEL +  FL+EL++     S PW +  Y  G           +D    G +  S +    M +S F    ++  P       +F+F       N     G
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          +   +++S T+   TP     V++EE S           ++  L      ++P+     M   G  E +  + G+  +G    +   K+ G PSKNLM
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Query:  AERRRRKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSNHVGFFNGI--SKEGKSNEVQVRNSPKFDVE-RKEKETRID
        AERRRRKRLNDRLSMLR+IVPKISKMDRTSILGDTIDYVKEL ERI  L  EEE G+    +   N +  S  G +NE+ VRNS KFDVE R    TRI+
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Query:  ICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        ICC   PG+LLSTV+ LE LGLEI+QCV+SCF+DF MQASC ++   ++ V S+D+IK+ LFR+AGYGG+CL
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Q336V8 Basic helix-loop-helix protein 0045.3e-4656.32Show/hide
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        G PSKNLMAERRRRKRLNDRLSMLR++VP+ISKMDRTSILGDTI YVKEL++RI NL+ E  TG DS+     N              S  G+   + +R
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Query:  NSPKFDVERKEK-ETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        NS +F+VER+E   TRI++ CA  P LL ST+  LEALG+EI+QCVISCF+DF+MQASC +    ++    +++IK+ LFR+AGYG  CL
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Q9LPW3 Transcription factor SCREAM21.5e-3243.05Show/hide
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        REI+ +  G+ ++            ++NK KK +G P+KNLMAERRRRK+LNDRL MLR++VPKISKMDR SILGD IDY+KELL+RIN+L  E E+   
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Query:  SNHVGFFNGISKEGKSNEVQVR--------------NSPKFDVERKE-KETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGS
        S+     + ++   ++   +V+                P+ +V  +E K   I + C  RPGLLLST+  L+ LGL++QQ VISCFN F++    AEQ  
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Query:  AQKAVASSDDIKEALFRNAGYGG
            V   + IK  L   AGY G
Subjt:  AQKAVASSDDIKEALFRNAGYGG

Q9LSL1 Transcription factor bHLH935.1e-6546.72Show/hide
Query:  MELS-QHGFLEELLASTPWTS--------SYSNGF----NDFFQNGWNFTSF-------DENPQMGSSTFSNFPTIQTPNDFSFADQQLYSNFLEGFAMP
        MELS Q    EELL  T   +        S++ GF    + FF NG+N           DEN  +  S+F +  + Q P         L          P
Subjt:  MELS-QHGFLEELLASTPWTS--------SYSNGF----NDFFQNGWNFTSF-------DENPQMGSSTFSNFPTIQTPNDFSFADQQLYSNFLEGFAMP

Query:  ELDSSSYTKNNETPPFV-SQEEMSNKNNGYPPVAMEE-EELGFIETETAPSVCKVEMEQMGVREINGSIMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRR
         L SS+        PF+ + +E+ + ++  PP+ ++  +E  F    + PS     ME    +  +    G    G+ +  K+KK+EGQPSKNLMAERRR
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Query:  RKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSN--HVGFFNGISKEGKSNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATR
        RKRLNDRLSMLR+IVPKISKMDRTSILGD IDY+KELL++IN L++EE+   +SN  H     G  K+  +NE  VRNSPKF+++R++++TR+DICC+ +
Subjt:  RKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSN--HVGFFNGISKEGKSNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATR

Query:  PGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        PGLLLSTVNTLE LGLEI+QCVISCF+DFS+QASC+E G+ Q+   +S+DIK+ALFRNAGYGG CL
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Q9LXA9 Transcription factor bHLH612.7e-5847.64Show/hide
Query:  PNDFSFADQQLYSNFLEGFAMPELDSSSYTKN--NETPPFVSQEEMSNKNNGYPPVAMEEEELGFIET------ETAPSVCKVEMEQMG----VREINGS
        PND++F D   ++N L+     +  SSS   N  ++ PP + Q    +      P      +  F+E          P +     E       + E + S
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Query:  IMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSNHVGFFNGISKEGK
         + + E  K+ SN  KK+EGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLS+LR+IVPKI+KMDRTSILGD IDY+KELL++IN L+E+E+    ++H+           
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Query:  SNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        +NE  VRNS KF+V+++E  T IDICC T+PGL++STV+TLE LGLEI+QCVISCF+DFS+QASC E G  Q+ + +S+  K+AL RNAGYGG+CL
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G12860.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.1e-3343.05Show/hide
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        REI+ +  G+ ++            ++NK KK +G P+KNLMAERRRRK+LNDRL MLR++VPKISKMDR SILGD IDY+KELL+RIN+L  E E+   
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Query:  SNHVGFFNGISKEGKSNEVQVR--------------NSPKFDVERKE-KETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGS
        S+     + ++   ++   +V+                P+ +V  +E K   I + C  RPGLLLST+  L+ LGL++QQ VISCFN F++    AEQ  
Subjt:  SNHVGFFNGISKEGKSNEVQVR--------------NSPKFDVERKE-KETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGS

Query:  AQKAVASSDDIKEALFRNAGYGG
            V   + IK  L   AGY G
Subjt:  AQKAVASSDDIKEALFRNAGYGG

AT3G26744.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.4e-3345.58Show/hide
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        EIN S      +      K KK +G P+KNLMAERRRRK+LNDRL MLR++VPKISKMDR SILGD IDY+KELL+RIN+L  E E+   G        F
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Query:  NGISKEGKSNEVQVRN--------SPKFDVERKEKETR------IDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASS
        + ++   ++   +V+         SPK    R E   R      I + C  RPGLLL+T+  L+ LGL++QQ VISCFN F++    AEQ    + +   
Subjt:  NGISKEGKSNEVQVRN--------SPKFDVERKEKETR------IDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASS

Query:  DDIKEALFRNAGYGG
        D IK  LF  AGY G
Subjt:  DDIKEALFRNAGYGG

AT3G26744.2 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.4e-3345.58Show/hide
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        EIN S      +      K KK +G P+KNLMAERRRRK+LNDRL MLR++VPKISKMDR SILGD IDY+KELL+RIN+L  E E+   G        F
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Query:  NGISKEGKSNEVQVRN--------SPKFDVERKEKETR------IDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASS
        + ++   ++   +V+         SPK    R E   R      I + C  RPGLLL+T+  L+ LGL++QQ VISCFN F++    AEQ    + +   
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Query:  DDIKEALFRNAGYGG
        D IK  LF  AGY G
Subjt:  DDIKEALFRNAGYGG

AT5G10570.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.9e-5947.64Show/hide
Query:  PNDFSFADQQLYSNFLEGFAMPELDSSSYTKN--NETPPFVSQEEMSNKNNGYPPVAMEEEELGFIET------ETAPSVCKVEMEQMG----VREINGS
        PND++F D   ++N L+     +  SSS   N  ++ PP + Q    +      P      +  F+E          P +     E       + E + S
Subjt:  PNDFSFADQQLYSNFLEGFAMPELDSSSYTKN--NETPPFVSQEEMSNKNNGYPPVAMEEEELGFIET------ETAPSVCKVEMEQMG----VREINGS

Query:  IMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSNHVGFFNGISKEGK
         + + E  K+ SN  KK+EGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLS+LR+IVPKI+KMDRTSILGD IDY+KELL++IN L+E+E+    ++H+           
Subjt:  IMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSNHVGFFNGISKEGK

Query:  SNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        +NE  VRNS KF+V+++E  T IDICC T+PGL++STV+TLE LGLEI+QCVISCF+DFS+QASC E G  Q+ + +S+  K+AL RNAGYGG+CL
Subjt:  SNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL

AT5G65640.1 beta HLH protein 933.6e-6646.72Show/hide
Query:  MELS-QHGFLEELLASTPWTS--------SYSNGF----NDFFQNGWNFTSF-------DENPQMGSSTFSNFPTIQTPNDFSFADQQLYSNFLEGFAMP
        MELS Q    EELL  T   +        S++ GF    + FF NG+N           DEN  +  S+F +  + Q P         L          P
Subjt:  MELS-QHGFLEELLASTPWTS--------SYSNGF----NDFFQNGWNFTSF-------DENPQMGSSTFSNFPTIQTPNDFSFADQQLYSNFLEGFAMP

Query:  ELDSSSYTKNNETPPFV-SQEEMSNKNNGYPPVAMEE-EELGFIETETAPSVCKVEMEQMGVREINGSIMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRR
         L SS+        PF+ + +E+ + ++  PP+ ++  +E  F    + PS     ME    +  +    G    G+ +  K+KK+EGQPSKNLMAERRR
Subjt:  ELDSSSYTKNNETPPFV-SQEEMSNKNNGYPPVAMEE-EELGFIETETAPSVCKVEMEQMGVREINGSIMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRR

Query:  RKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSN--HVGFFNGISKEGKSNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATR
        RKRLNDRLSMLR+IVPKISKMDRTSILGD IDY+KELL++IN L++EE+   +SN  H     G  K+  +NE  VRNSPKF+++R++++TR+DICC+ +
Subjt:  RKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERINNLKEEEETGLDSN--HVGFFNGISKEGKSNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATR

Query:  PGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL
        PGLLLSTVNTLE LGLEI+QCVISCF+DFS+QASC+E G+ Q+   +S+DIK+ALFRNAGYGG CL
Subjt:  PGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEALFRNAGYGGKCL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGCTCAGTCAACATGGTTTCTTAGAGGAGTTATTAGCTTCAACACCTTGGACTTCTTCATACTCAAACGGGTTCAATGATTTTTTTCAAAATGGCTGGAATTTCAC
TTCTTTTGATGAAAATCCCCAAATGGGTTCTTCCACTTTCTCCAATTTTCCCACTATCCAAACACCTAATGATTTTTCTTTCGCCGATCAACAACTCTACAGCAATTTTC
TCGAAGGGTTTGCGATGCCGGAGCTCGATTCCTCGTCCTACACTAAGAACAACGAAACCCCACCATTTGTTTCGCAAGAAGAAATGAGTAATAAGAACAATGGTTACCCT
CCCGTGGCGATGGAGGAGGAAGAACTTGGTTTTATCGAGACTGAAACAGCTCCAAGTGTTTGTAAAGTGGAAATGGAGCAAATGGGTGTTCGTGAAATTAATGGTTCTAT
AATGGGTGTCGCAGAATTGGGAAAAAGAAGCAGCAACAAAGCTAAGAAGATTGAAGGACAGCCTTCAAAGAATTTAATGGCGGAAAGAAGAAGAAGGAAGCGGTTGAATG
ATCGGCTTTCAATGCTCAGAGCCATAGTCCCTAAAATAAGCAAGATGGATAGAACGTCTATACTTGGAGACACAATCGATTATGTGAAAGAGCTGCTAGAAAGAATCAAT
AACTTGAAAGAAGAAGAGGAAACTGGTTTAGATTCAAATCACGTGGGTTTCTTCAATGGGATCTCTAAGGAAGGGAAGTCCAATGAGGTTCAAGTGAGAAATTCTCCAAA
GTTCGATGTTGAAAGGAAGGAGAAGGAGACTCGAATCGACATTTGCTGTGCAACAAGGCCAGGATTATTGCTGTCTACAGTCAACACATTAGAAGCATTGGGTCTTGAGA
TTCAGCAGTGTGTTATTAGCTGCTTCAATGATTTTTCAATGCAAGCTTCTTGTGCAGAGCAGGGAAGTGCTCAGAAAGCTGTGGCAAGTTCTGATGATATAAAGGAAGCA
CTGTTCAGAAATGCAGGATATGGAGGAAAGTGCTTGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCCTTTTTATATATTATAATATTTCCTCAACTTGGTGTAACTCCATGTTCATTACTCTGTTTCCCACTTTCTTCAGACCAAAAGAAGAA
GACAATGGAGCTCAGTCAACATGGTTTCTTAGAGGAGTTATTAGCTTCAACACCTTGGACTTCTTCATACTCAAACGGGTTCAATGATTTTTTTCAAAATGGCTGGAATT
TCACTTCTTTTGATGAAAATCCCCAAATGGGTTCTTCCACTTTCTCCAATTTTCCCACTATCCAAACACCTAATGATTTTTCTTTCGCCGATCAACAACTCTACAGCAAT
TTTCTCGAAGGGTTTGCGATGCCGGAGCTCGATTCCTCGTCCTACACTAAGAACAACGAAACCCCACCATTTGTTTCGCAAGAAGAAATGAGTAATAAGAACAATGGTTA
CCCTCCCGTGGCGATGGAGGAGGAAGAACTTGGTTTTATCGAGACTGAAACAGCTCCAAGTGTTTGTAAAGTGGAAATGGAGCAAATGGGTGTTCGTGAAATTAATGGTT
CTATAATGGGTGTCGCAGAATTGGGAAAAAGAAGCAGCAACAAAGCTAAGAAGATTGAAGGACAGCCTTCAAAGAATTTAATGGCGGAAAGAAGAAGAAGGAAGCGGTTG
AATGATCGGCTTTCAATGCTCAGAGCCATAGTCCCTAAAATAAGCAAGATGGATAGAACGTCTATACTTGGAGACACAATCGATTATGTGAAAGAGCTGCTAGAAAGAAT
CAATAACTTGAAAGAAGAAGAGGAAACTGGTTTAGATTCAAATCACGTGGGTTTCTTCAATGGGATCTCTAAGGAAGGGAAGTCCAATGAGGTTCAAGTGAGAAATTCTC
CAAAGTTCGATGTTGAAAGGAAGGAGAAGGAGACTCGAATCGACATTTGCTGTGCAACAAGGCCAGGATTATTGCTGTCTACAGTCAACACATTAGAAGCATTGGGTCTT
GAGATTCAGCAGTGTGTTATTAGCTGCTTCAATGATTTTTCAATGCAAGCTTCTTGTGCAGAGCAGGGAAGTGCTCAGAAAGCTGTGGCAAGTTCTGATGATATAAAGGA
AGCACTGTTCAGAAATGCAGGATATGGAGGAAAGTGCTTGTAGAGAAAACACTTCAAATCATGAGCTCTCACCTTAACCTTGAAGTGAAGAACATTAATGGCGTTCTTCA
TAAGGATGAATGAGAATCTGTTGCAATTAGAAATAATTGATCCGAGAGGCTCTTTCTAATAATTAATCTTGGTTTTATTTGATGCATTTAGTGATTAGTTTTAGATATAC
CGAAAATGACACTCCAATAATGTACTGAACGAGACGAACTAAAGAGTTCCATTTTTCAAGATAGTATTCTCTTTTCTTAGTTGGGATTTTAGCAGTCTCTTTTGTTCATG
TTATCCTTCCTTTCTGATTAACTCTAATCAACCTGTGCTTCTGATTACATTGTAACATTATATGCAACTGTACGAGCAATGAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MELSQHGFLEELLASTPWTSSYSNGFNDFFQNGWNFTSFDENPQMGSSTFSNFPTIQTPNDFSFADQQLYSNFLEGFAMPELDSSSYTKNNETPPFVSQEEMSNKNNGYP
PVAMEEEELGFIETETAPSVCKVEMEQMGVREINGSIMGVAELGKRSSNKAKKIEGQPSKNLMAERRRRKRLNDRLSMLRAIVPKISKMDRTSILGDTIDYVKELLERIN
NLKEEEETGLDSNHVGFFNGISKEGKSNEVQVRNSPKFDVERKEKETRIDICCATRPGLLLSTVNTLEALGLEIQQCVISCFNDFSMQASCAEQGSAQKAVASSDDIKEA
LFRNAGYGGKCL