; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI06G36070 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI06G36070
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationChr6:29153872..29155198
RNA-Seq ExpressionCSPI06G36070
SyntenyCSPI06G36070
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
P08221.1 RecName: Full=Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic; Short=CAB; Short=LHCP; Flags: Precursor [Cucumis sativus]3.1e-147100Show/hide
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A0A0A0KKK7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.6e-152100Show/hide
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A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14897.36Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.3e-14897.36Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic1.4e-14291.32Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)4.0e-150100Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic3.1e-14292.42Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic9.5e-14491.32Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic7.3e-14492.51Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 38.3e-13587.27Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 28.3e-13587.27Show/hide
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        MAASTMALSSP  AG+AV LSP A E+ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.2e-13587.64Show/hide
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        MAASTMALSSP  AG+AVKLSP A E+ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.6e-13386.89Show/hide
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        MA+STMALSSP  AG+AVK  P A ++ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.5e-13687.97Show/hide
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        MAASTMALSSP L G+AVKLSP A E+ G  + TMRK +  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPTLAGQAVKLSPNAPEIQGNAKFTMRKTASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTTCTACAATGGCTCTCTCCTCCCCAACTCTGGCCGGCCAAGCCGTGAAACTTTCCCCCAATGCCCCAGAAATTCAGGGCAATGCAAAATTCACCATGAGGAA
GACTGCCAGCAAGTCAGTTTCCTCCGGCAGCCCGTGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCACCATCCTACCTTACCGGAGAGTTCC
CTGGTGACTACGGTTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGGTGTGTTTTCCCTGAGCTTTTGTCTCGTAATGGTGTGAAGTTTGGTGAAGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGTTCTCAGATCTTCAGCGAGGGCGGGCTTGACTACTTGGG
CAACCCCAGCTTGGTCCACGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAAGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGGGTTACCGTATTGCTGGTGGCCCACTCGGAGAGG
TGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCATTCGCTGAGTTGAAGGTTAAGGAGCTCAAGAATGGAAGGCTAGCA
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTTACCGGAAAGGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGATCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCCTA
TGCTACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AATCTCTGTAGACGTTAGATTTCTGTGTACACTAATATGAATCTGAAGCATTTGGTGGATGAGAATGAGCCATGTAGGAATGCATCAAAACAAAGGAAAAATCTTTGAAC
TCCAATGGGATTGAAGATACAGATACCAAGGGATAAGAATCTATTCTCTTTGCCCACTATTTAAACTCACCAAACCCACCCATAGCTTCCTCACCACAAAATACATTCCA
CCGTTGATCACAGGCCTTATTCGACCTCCAACAATGGCTGCTTCTACAATGGCTCTCTCCTCCCCAACTCTGGCCGGCCAAGCCGTGAAACTTTCCCCCAATGCCCCAGA
AATTCAGGGCAATGCAAAATTCACCATGAGGAAGACTGCCAGCAAGTCAGTTTCCTCCGGCAGCCCGTGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCTG
GTGAGCCACCATCCTACCTTACCGGAGAGTTCCCTGGTGACTACGGTTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTG
ATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTGGGGTGTGTTTTCCCTGAGCTTTTGTCTCGTAATGGTGTGAAGTTTGGTGAAGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGTTCTCA
GATCTTCAGCGAGGGCGGGCTTGACTACTTGGGCAACCCCAGCTTGGTCCACGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAAGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGG
GTTACCGTATTGCTGGTGGCCCACTCGGAGAGGTGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCATTCGCTGAGTTG
AAGGTTAAGGAGCTCAAGAATGGAAGGCTAGCAATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTTACCGGAAAGGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGATCACCT
TGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCCTATGCTACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGAGAAATATGTAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTAAAGAGAGT
TTCTATGCTGTTGAATTATTATTTGTGGTGAACCGGTGGTATTGTACATTAGTTGAAAATGAATGAAGTGCTTTTGTGCTGCTAATTGCGTTTGTTCAACCATTTCTTCT
TATTTAACTCTTAGGGTGAATTATTCCCCAAAAAAACTCTTACCGAGTGGACTATCTTAGTTTATTGTATAGACATTACTCATTACTCATTTTATAGATAAAAACTAAAC
AAACACC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPTLAGQAVKLSPNAPEIQGNAKFTMRKTASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK