; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CSPI07G14340 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome

Gene IDCSPI07G14340
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Descriptiontranslin
Genome locationChr7:12881077..12881388
RNA-Seq ExpressionCSPI07G14340
SyntenyCSPI07G14340
Gene Ontology termsGO:0016070 - RNA metabolic process (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR016068 - Translin, N-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8646248.1 hypothetical protein Csa_016623 [Cucumis sativus]1.5e-3386.96Show/hide
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TYK25136.1 translin [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-2075.61Show/hide
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XP_004137831.1 translin [Cucumis sativus]5.4e-2370.65Show/hide
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XP_038903974.1 translin [Benincasa hispida]2.4e-2372.83Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K567 Uncharacterized protein2.4e-4597.09Show/hide
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        LFA
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A0A0A0LE08 Uncharacterized protein2.6e-2370.65Show/hide
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A0A1S3B6Y5 translin4.2e-2176.83Show/hide
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A0A5A7TL49 Translin4.2e-2176.83Show/hide
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A0A5D3DNB9 Translin9.3e-2175.61Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G37020.1 Translin family protein2.9e-1148Show/hide
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        CS+S+ +S  +         S S+EKQFE FR QL++S +L ++IR+V MEIES+TRL+ A+LLL+H SR  P +
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AT2G37020.2 Translin family protein2.9e-1148Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTTGCATTGCTTCCTCGTCTTCTACTGTGTATCAACCTTCAAGAAGAACCTTATCATTCGACCTTTACTTATTTATCTTGTTCCTCTTCCAACATGGCTAGCACTGA
CGTAGATGCTCTTGCCTCATCTTTTTCGGTGGAGAAACAATTTGAGCATTTCAGAGCTCAACTTCAAGATTCTGGGAGCTTATGTGACCGCATTCGAAGTGTGGCTATGG
AGATCGAGTCATCCACGAGGTTGATGCACGCTAGCTTGCTTTTGATTCATCATTCTCGTCTCACTCCTGGAATTGAATTTTTATTTGCATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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