CuGenDBv2

Gene ID	CSPI07G15480
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. PI 183967 (Cucumber (PI 183967) v1)
Description	RING-type E3 ubiquitin transferase
Genome location	Chr7:14140181..14141187
RNA-Seq Expression	CSPI07G15480
Synteny	CSPI07G15480
Gene Ontology terms	GO:0016567 - protein ubiquitination (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0004842 - ubiquitin-protein transferase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0059624.1 U-box domain-containing protein 3 [Cucumis melo var. makuwa]

7.0e-22

75.56

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KAE8646287.1 hypothetical protein Csa_016777 [Cucumis sativus]

1.4e-30

91.67

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XP_008451242.1 PREDICTED: U-box domain-containing protein 3 [Cucumis melo]

2.0e-21

74.44

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XP_011659243.1 U-box domain-containing protein 3 [Cucumis sativus]

3.5e-21

74.44

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XP_038897882.1 U-box domain-containing protein 3 isoform X1 [Benincasa hispida]

8.5e-20

71.11

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0K4T7 Uncharacterized protein

1.6e-40

86.73

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        FQELNAVTN KLFTSDLRDCLEVVG        K   GLQSLKQERTA STEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERID ESNNA E
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Query:  ELHHIIQIVDLII
        ELHHIIQIVDLII
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A0A0A0K726 RING-type E3 ubiquitin transferase

1.7e-21

74.44

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A0A1S3BS34 RING-type E3 ubiquitin transferase

9.8e-22

74.44

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A0A5D3C862 RING-type E3 ubiquitin transferase

3.4e-22

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A0A6J1JUS5 RING-type E3 ubiquitin transferase

2.0e-19

72.22

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        L VV K  EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSE L    +ALHL SNQELLK+TIA+EKERID E N+AKEELH I QI DLII
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SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G54790.1 ARM repeat superfamily protein

1.4e-04

32.32

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Query:  TSDLRDCLEVVGKYPEGLQSLKQERTAGS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDVESNNAKEELHHIIQIVDLII
        +S +   ++ V +  +  +S KQE T     E AL +Q+      ++ HL    Q L L SNQ+LLK++I VEKERI  +++ ++E++    Q+++L++
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AT3G54790.2 ARM repeat superfamily protein

1.4e-04

32.32

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Query:  TSDLRDCLEVVGKYPEGLQSLKQERTAGS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDVESNNAKEELHHIIQIVDLII
        +S +   ++ V +  +  +S KQE T     E AL +Q+      ++ HL    Q L L SNQ+LLK++I VEKERI  +++ ++E++    Q+++L++
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

ATGGAATTAGCTGGCCGTTCTTTGTCTGTGGCTGTTAGATTTCAAGAGCTGAATGCTGTGACAAATTTAAAGCTCTTCACAAGTGACCTGCGAGATTGTTTGGAAGTTGT
TGGAAAATATCCTGAAGGTCTTCAATCATTGAAACAAGAAAGGACAGCTGGATCTACAGAAGCGGCTCTAATTAGTCAAAGAAGCATTGGCCCAAACTCTGAACATCTTC
AAGCACTTCATTTGACGTCAAATCAAGAACTTCTGAAAAAGACTATAGCTGTTGAAAAGGAGAGGATCGATGTTGAATCCAACAATGCGAAGGAGGAACTACATCACATC
ATCCAGATTGTGGATCTAATTATATCCCATTCCTAACCATACAATTAAAGTCATGATATTGAATTGGTGCGATGAAAACAAATTGAAATTTTCCAGTTTATTATCATTGG
TTTGGTTCAATTGTCTTAGCAGAATTTGAATCGAAGTGACAACTTTCATTATTTTACACGACAAGAGAAATGAGGACGTTTGTACTAGTTTAATTGCGAGAAATTCCAAG
GCAAAACACAAGTTTCATAGGGTTATCATATTGCAAAAGTGCTTCTCTTGAAGCAGACAACTTCTATGGGATCAGCAGAGGGATATTCTTTGGCTACAAGATGTAATCCT
TTTTATTCTTCTCTTGATACTCTCATTATGTACTTAGGCAAAACGTAGATGAGGTTCATACTTAATTGAATCCATGGGGCGTTCAGAAACA

Protein sequence

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MELAGRSLSVAVRFQELNAVTNLKLFTSDLRDCLEVVGKYPEGLQSLKQERTAGSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDVESNNAKEELHHI
IQIVDLIISHS

CSPI07G15480 (gene) of Cucumber (PI 183967) v1 genome