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CaUC01G024010 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC01G024010
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationCiama_Chr01:36056928..36059110
RNA-Seq ExpressionCaUC01G024010
SyntenyCaUC01G024010
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A5A7UBM9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.6e-14897.36Show/hide
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P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic2.3e-14190.19Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)1.0e-14496.08Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic4.1e-14695.45Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic5.0e-14491.7Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic2.5e-14392.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 37.9e-13788.01Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 27.9e-13788.01Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAV LSP A E+ G+GRV+MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.1e-13788.39Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAVKLSP A E+ G+GRV+MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.9e-13587.64Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P A ++ G+GRV+MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B14.2e-13888.35Show/hide
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        MAASTMALSSP+L GKAVKLSP A E+ G GR++MRK +     SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGNGRVSMRKTASKQVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATTTCCCTGGATAAGGACCCTTCTCCCAAATCCAAGTATATTATGCTCATCATTCCTCTTCGTCAAATTCATCCACCAGCCTCTTCACTTCATTTCATACCCATTTC
AAATTCTTTCTGGATCATTCCAATGGCTGCCTCTACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTGGCCGGCAAGGCCGTGAAACTGTCCCCCAACGCCCCTGAAATTCAGGGCA
ATGGAAGAGTCAGCATGAGGAAGACGGCCAGCAAGCAAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCACCG
TCCTACTTGACCGGAGAGTTCCCCGGTGACTACGGCTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCCGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTGATCCACTCCAG
ATGGGCCATGCTTGGAGCTTTGGGCTGTGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCCCGCAATGGTGTGAAGTTTGGTGAGGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGCG
AGGGAGGGCTTGACTACTTGGGAAACCCCAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCCACTCAGGTTGTGTTGATGGGCGCCGTCGAGGGCTACCGTATT
GCCGGCGGCCCGCTCGGGGAGGTGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTCTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAATTGAAGGTTAAGGA
GCTCAAGAATGGAAGGTTGGCCATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAAGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGACCACCTTTCTGACCCAG
TCAACAACAATGCTTGGGCTTATGCCACAAACTTTGTTCCCGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CATGGAGTAGCCTAAGATTTCTAGGAGTAAGTGGCTCAAAGGAAGCCACCTGGAGTAAGGAAATCAACCAAAGAAATTATTTCAACCAATAAGAAAGCTGATAATGATTT
CCCTGGATAAGGACCCTTCTCCCAAATCCAAGTATATTATGCTCATCATTCCTCTTCGTCAAATTCATCCACCAGCCTCTTCACTTCATTTCATACCCATTTCAAATTCT
TTCTGGATCATTCCAATGGCTGCCTCTACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTGGCCGGCAAGGCCGTGAAACTGTCCCCCAACGCCCCTGAAATTCAGGGCAATGGAAG
AGTCAGCATGAGGAAGACGGCCAGCAAGCAAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCACCGTCCTACT
TGACCGGAGAGTTCCCCGGTGACTACGGCTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCCGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCC
ATGCTTGGAGCTTTGGGCTGTGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCCCGCAATGGTGTGAAGTTTGGTGAGGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGCGAGGGAGG
GCTTGACTACTTGGGAAACCCCAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCCACTCAGGTTGTGTTGATGGGCGCCGTCGAGGGCTACCGTATTGCCGGCG
GCCCGCTCGGGGAGGTGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTCTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAATTGAAGGTTAAGGAGCTCAAG
AATGGAAGGTTGGCCATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAAGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGACCACCTTTCTGACCCAGTCAACAA
CAATGCTTGGGCTTATGCCACAAACTTTGTTCCCGGAAAGTGAGAGTCTTGGGATTAAGAGAGCGAGAAAGGAACTTGTGTTTGGTTAAATCATTGATGGTGGTGTAAAT
TTCGGGTTTGAACAATTGAGTGTTTGATTTGAATGGATTTCATTCTGATTTTTCAGTATAACAAAGAGATTATCTATTTAATGAAAGGATGAGCACTAGAGACTAGAGTC
TTATGCACCAATATAAATTGTCGATCCTGGAACGATGCATATAGACTTAAAACTCTAGGAATCAGTTTTATAACTATAAATGCATTAACTAAAAACTTACAAGAGCATAA
TGATCATTAGACACGAAGTTTATAACTAAAATTTGTCAAGCTTGACTCGTAACTCATTTATGAAAAAAACAATAAAAGAGAGAACGATTGTTAGTACTAATGCTTGTACA
CTTAAATCTACTATTCATCTCTGCGCAACTTCAGAAGGATAGGCAGAATTTCATTCATGTCAGGTCTATTATCAGGATTTGGGGCGGTACAGCTTAGTGCTAATTTGAGC
AGTTCTTCTAACCTCCCTTGCTCCTTTGAATCATTCAAGACCAGCACAGGATCCAAAACTTGACTAACTTCTTCCTTTCCATTTGCTAGAGCTCTCTCTACCAGTTGCTG
CAAGCTGATTGGGAGTCCATGAGCTTCAATGGTGGCAGTTGGCCTCTTCTTTGTCAGAAATTCCATCAGTATTACACCAAAACTGAACACATCTACTTTTGTTGTCACTT
TCCCCATGTATGCAAACTCTGATAATAAGGGATCAGATACAAATATTTAACAAAAAAAAATTAGTTTTAGACAATGCAAGTCATTGTTGAATCAACTGGAGTCACTTCAC
TACGGTTTCAAATATCAAGAGAAGACACCAACTAAGTTCTCTGAGTTCTGTTGGCTTATAACGAATGCATGAGATATGGAATGCCAGTTATGTGATTGATTGTAAGATTT
TTGCATGTGGATTAATAGTGTAAACCTTATAATATACCTTATAATATAAAAATGAACTTTAAAGTAGTACCTGGAGCCAAATATCCGATACTGCCTTCAAAAGCTGCTGA
AGAGGAAATGCTGCTTGTGTCTTGGCTTTGCACCCCCAACACCCCCAACACTCTAGCAGTTCCAAAATCACTCACATGGGCTACCCAGTCTCC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MISLDKDPSPKSKYIMLIIPLRQIHPPASSLHFIPISNSFWIIPMAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGNGRVSMRKTASKQVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPP
SYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRI
AGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK