; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC10G194640 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC10G194640
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationCiama_Chr10:29816345..29816830
RNA-Seq ExpressionCaUC10G194640
SyntenyCaUC10G194640
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008443134.1 PREDICTED: transcription factor MYB44 [Cucumis melo]2.0e-4071.01Show/hide
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XP_011652133.1 transcription factor MYB54 [Cucumis sativus]4.4e-4072.46Show/hide
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XP_022957431.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita moschata]5.8e-2451.49Show/hide
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        MNL  FN A QTH + QNVA M PPPP      ++ D   P+   E G  + ++R K+E D                        K N ARR TKLCARG
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XP_022971584.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita maxima]2.0e-2452.24Show/hide
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        MNL  FN A QTH + QNVAFM PPPP      ++ D   P+     G  + ++R K+E D                        K N ARR TKLCARG
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XP_038903636.1 transcription factor MYB54-like [Benincasa hispida]8.0e-5078.52Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEK9 Uncharacterized protein2.1e-4072.46Show/hide
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A0A1S3B821 transcription factor MYB449.5e-4171.01Show/hide
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A0A6J1F735 transcription factor MYB56-like isoform X11.1e-2352.24Show/hide
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        MNL  FNHA   + +LQN A M PPPPPPPPL      P P +                             +G  +VT      KNN   RHTKLCARG
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A0A6J1GZ69 transcription factor CSA-like2.8e-2451.49Show/hide
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        MNL  FN A QTH + QNVA M PPPP      ++ D   P+   E G  + ++R K+E D                        K N ARR TKLCARG
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A0A6J1I8Z9 transcription factor CSA-like9.6e-2552.24Show/hide
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        MNL  FN A QTH + QNVAFM PPPP      ++ D   P+     G  + ++R K+E D                        K N ARR TKLCARG
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5NBM8 Transcription factor CSA1.6e-1356Show/hide
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        G+ +D+  + T+  G+      GGG +        KLCARGHWRPAED KLK+LVA YGPQNWNLIAE L GRSG
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Q6R053 Transcription factor MYB564.8e-1373.81Show/hide
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        +TK+C+RGHWRP ED KLKELVA +GPQNWNLI+ +L GRSG
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Q9FX36 Transcription factor MYB541.2e-1174.36Show/hide
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        +C+RGHWRPAED KLK+LV  YGP NWN IA  LPGRSG
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Q9LQX5 Transcription factor MYB1177.6e-1146.91Show/hide
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        GDV   +++  ++N N   +  G       G   + +     +  RGHWRPAED KLKELV+ YGPQNWNLIAE L GRSG
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Q9SEZ4 Transcription factor MYB1055.3e-1252.63Show/hide
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        E D++ +  D ++ N      YR  G  +  +       +RGHWRPAEDTKLKELVA YGPQNWNLIAE L GRSG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G17950.1 myb domain protein 525.4e-1269.23Show/hide
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        +C+RGHWRPAED KL+ELV  +GP NWN IA+ L GRSG
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AT1G26780.1 myb domain protein 1175.4e-1246.91Show/hide
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        GDV   +++  ++N N   +  G       G   + +     +  RGHWRPAED KLKELV+ YGPQNWNLIAE L GRSG
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AT1G69560.1 myb domain protein 1053.7e-1352.63Show/hide
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AT1G73410.1 myb domain protein 548.3e-1374.36Show/hide
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AT5G17800.1 myb domain protein 563.4e-1473.81Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAACCTTCATTCCTTCAATCATGCCCTTCAAACTCATCCTATCCTTCAAAATGTTGCTTTCATGTCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCTCGACCCACGA
TCATCCCTTCCCGACGTCTTCGTGGGAGATTGGTGAAGGGGATCATCAAAATCGACGGAAAGAAGAAGGGGATGTTGATGATGATGATGATGATGTTACCGACCACAATG
GAAACGTCGTCGTTACTTATCGTGGCGGTGGTCCCAAAAATAATGATGCCCGCCGTCACACCAAGCTTTGTGCTAGAGGCCATTGGAGACCGGCTGAAGATACTAAGCTT
AAAGAACTCGTCGCCCATTATGGCCCCCAGAATTGGAACTTGATCGCCGAAAATCTCCCTGGTAGATCAGGTACGCTATTTAATTTGTTACCATCTTCCTCCACCCCTAA
GTTTTCATTTAATTTTGTTATTTCTTATGTTTGGACAAAATACTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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