; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC10G196280 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC10G196280
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionTF-B3 domain-containing protein
Genome locationCiama_Chr10:31803364..31805273
RNA-Seq ExpressionCaUC10G196280
SyntenyCaUC10G196280
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR003340 - B3 DNA binding domain
IPR015300 - DNA-binding pseudobarrel domain superfamily
IPR044800 - B3 domain-containing transcription factor LEC2-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136699.1 B3 domain-containing protein At2g36080 [Cucumis sativus]7.5e-13487.72Show/hide
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XP_038905859.1 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X2 [Benincasa hispida]7.0e-14091.17Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LBH2 TF-B3 domain-containing protein3.6e-13487.72Show/hide
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A0A1S3B6T3 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X18.9e-14190.78Show/hide
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A0A1S3B7G9 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X28.9e-14190.78Show/hide
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A0A6J1F8D4 B3 domain-containing protein At2g36080-like1.1e-11178.52Show/hide
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A0A6J1IY80 B3 domain-containing protein At2g36080-like4.6e-11379.93Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q53QI0 B3 domain-containing protein Os11g01560001.9e-4754.87Show/hide
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         S+ LRLFGV+L+C     EPE  +T
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Q6EU30 B3 domain-containing protein Os02g06835001.5e-3956.97Show/hide
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        D     RLFI WKRR+            P P       A  G+GGGGG+   F   +P  + + H
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Q8GYJ2 B3 domain-containing protein At2g360801.8e-5047.69Show/hide
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        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S                              SS   + H+ S   
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         S    PHA   +V+SQ    GNSK LRLFGV++ECQ  +D SEP  P     GS+   +  D   H +      P P++M
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Q8RYD3 B3 domain-containing protein At3g115801.6e-4952.94Show/hide
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        A A    +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+ +     +GD   + +KG+LLSFEDESGK W+FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VK+K LDAG
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Query:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVATASGGVGGGGGWT------RMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNS
        DVV F+RHR D  RLFIGW+RR  A S    +V +    V     W+      R   ++  YP+ H  + H     Y +  D  HA+S      V  G+S
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Query:  KILRLFGVDLECQTDMSEPEP
        + +RLFGV+LEC  D  EP P
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Q9FNI3 B3 domain-containing protein At5g062505.7e-5246.53Show/hide
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        MS+NH+S   H  L    Q        S  +  A     DL   +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+     +AA D  S++KG+LLSFEDE
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        SGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S +  A   ++      G  +     +T+ Y  P SH  
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Query:  HHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML
        + H  +    ++       SSV      VG+S+ +RLFGV+LECQ  M E +   +++V +++  S       + Y +YS   PH+M+
Subjt:  HHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36080.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein1.3e-5147.69Show/hide
Query:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR
        MSIN +S  FH       Q       ++ +     A    +FEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL+     AAA D+ +KGLLL FEDE GK WR
Subjt:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR

Query:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPY
        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S                              SS   + H+ S   
Subjt:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPY

Query:  QSSSDSPHA-ESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQ--TDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHM
         S    PHA   +V+SQ    GNSK LRLFGV++ECQ  +D SEP  P     GS+   +  D   H +      P P++M
Subjt:  QSSSDSPHA-ESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQ--TDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHM

AT2G36080.2 AP2/B3-like transcriptional factor family protein1.5e-4762.82Show/hide
Query:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR
        MSIN +S  FH       Q       ++ +     A    +FEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL+     AAA D+ +KGLLL FEDE GK WR
Subjt:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR

Query:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPS
        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S
Subjt:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPS

AT3G11580.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein1.1e-5052.94Show/hide
Query:  AAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD---SADKGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAG
        A A    +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+ +     +GD   + +KG+LLSFEDESGK W+FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VK+K LDAG
Subjt:  AAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD---SADKGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAG

Query:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVATASGGVGGGGGWT------RMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNS
        DVV F+RHR D  RLFIGW+RR  A S    +V +    V     W+      R   ++  YP+ H  + H     Y +  D  HA+S      V  G+S
Subjt:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVATASGGVGGGGGWT------RMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNS

Query:  KILRLFGVDLECQTDMSEPEP
        + +RLFGV+LEC  D  EP P
Subjt:  KILRLFGVDLECQTDMSEPEP

AT5G06250.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein5.0e-5145.96Show/hide
Query:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAA---ADLL-PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD--SADKGLLLSFEDE
        MS+NH+S   H  L    Q        S  +  A     DL   +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+     +AA D  S++KG+LLSFEDE
Subjt:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAA---ADLL-PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD--SADKGLLLSFEDE

Query:  SGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHH
        SGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S +  A   ++      G              S+H  H 
Subjt:  SGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHH

Query:  LPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML
          +    ++       SSV      VG+S+ +RLFGV+LECQ  M E +   +++V +++  S       + Y +YS   PH+M+
Subjt:  LPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML

AT5G06250.2 AP2/B3-like transcriptional factor family protein4.1e-5346.53Show/hide
Query:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAA---ADLL-PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD--SADKGLLLSFEDE
        MS+NH+S   H  L    Q        S  +  A     DL   +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+     +AA D  S++KG+LLSFEDE
Subjt:  MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAA---ADLL-PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGD--SADKGLLLSFEDE

Query:  SGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWT-RMFCSTNPY--PSSHHH
        SGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S +  A   ++      G  +     +T+ Y  P SH  
Subjt:  SGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWT-RMFCSTNPY--PSSHHH

Query:  HHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML
        + H  +    ++       SSV      VG+S+ +RLFGV+LECQ  M E +   +++V +++  S       + Y +YS   PH+M+
Subjt:  HHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHML


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCCATAAACCACTTCTCTCCTAGCTTCCATCGACCACTCTTCTCTCCTCCCCAACTCCCCATCATGCTTAACCCCAAATCCTCCCTCTCCGTCGCCGCCGCCGCCGA
CCTCCTCCCCATGTTCGAAAAACCCTTAACCCCCAGCGACGTTGGCAAGCTCAACCGTCTCGTCATCCCCAAGCAATACGCCGAAAAATACTTCCCCCTCTCCCCCTCCG
CCGCGGTTGCCGCCGCCGGCGACTCTGCCGACAAGGGGTTACTCCTCAGCTTCGAAGATGAGTCCGGCAAGATATGGCGGTTCCGTTACTCTTATTGGAATAGTAGTCAG
AGCTATGTGCTAACGAAAGGGTGGAGCCGGTTTGTGAAAGAGAAGCGCCTTGACGCCGGTGATGTCGTCGTTTTTGAACGCCACCGCCGTGATGGTGATAGGTTGTTCAT
TGGGTGGAAGAGGAGGTCGGCGCCGTCTCCGGCGGACACTGCCGTGGCTACCGCGAGTGGCGGTGTTGGCGGCGGTGGAGGTTGGACTAGAATGTTCTGTTCTACAAACC
CATATCCTTCTTCTCATCATCATCATCATCATCTTCCTTCACCGCCATACCAATCTTCTTCTGATTCTCCTCATGCAGAGTCCTCTGTTCAGAGTCAAACAGTGTCGGTT
GGGAATTCGAAGATACTGCGGTTGTTCGGAGTGGACTTGGAGTGCCAAACCGACATGTCGGAACCCGAACCACCGTCGACACTCAGTGTCGGGTCAAGCTTAAGTTTATC
GGGTCGAGATCCAACCCGCCACAGCTTCTACACACATTATTCTTCTCCTCTTCCTCATCACATGCTAGAGGATGATCAAACTACCTTTATCATGAGTAGCATTATAAAAA
ACATCACACTTAATCTATACATTTCTCTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCCATAAACCACTTCTCTCCTAGCTTCCATCGACCACTCTTCTCTCCTCCCCAACTCCCCATCATGCTTAACCCCAAATCCTCCCTCTCCGTCGCCGCCGCCGCCGA
CCTCCTCCCCATGTTCGAAAAACCCTTAACCCCCAGCGACGTTGGCAAGCTCAACCGTCTCGTCATCCCCAAGCAATACGCCGAAAAATACTTCCCCCTCTCCCCCTCCG
CCGCGGTTGCCGCCGCCGGCGACTCTGCCGACAAGGGGTTACTCCTCAGCTTCGAAGATGAGTCCGGCAAGATATGGCGGTTCCGTTACTCTTATTGGAATAGTAGTCAG
AGCTATGTGCTAACGAAAGGGTGGAGCCGGTTTGTGAAAGAGAAGCGCCTTGACGCCGGTGATGTCGTCGTTTTTGAACGCCACCGCCGTGATGGTGATAGGTTGTTCAT
TGGGTGGAAGAGGAGGTCGGCGCCGTCTCCGGCGGACACTGCCGTGGCTACCGCGAGTGGCGGTGTTGGCGGCGGTGGAGGTTGGACTAGAATGTTCTGTTCTACAAACC
CATATCCTTCTTCTCATCATCATCATCATCATCTTCCTTCACCGCCATACCAATCTTCTTCTGATTCTCCTCATGCAGAGTCCTCTGTTCAGAGTCAAACAGTGTCGGTT
GGGAATTCGAAGATACTGCGGTTGTTCGGAGTGGACTTGGAGTGCCAAACCGACATGTCGGAACCCGAACCACCGTCGACACTCAGTGTCGGGTCAAGCTTAAGTTTATC
GGGTCGAGATCCAACCCGCCACAGCTTCTACACACATTATTCTTCTCCTCTTCCTCATCACATGCTAGAGGATGATCAAACTACCTTTATCATGAGTAGCATTATAAAAA
ACATCACACTTAATCTATACATTTCTCTTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSINHFSPSFHRPLFSPPQLPIMLNPKSSLSVAAAADLLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAVAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQ
SYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVATASGGVGGGGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSV
GNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTRHSFYTHYSSPLPHHMLEDDQTTFIMSSIIKNITLNLYISL