; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC10G200100 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC10G200100
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
Description50S ribosomal protein L35
Genome locationCiama_Chr10:35321319..35325709
RNA-Seq ExpressionCaUC10G200100
SyntenyCaUC10G200100
Gene Ontology termsGO:0016020 - membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0044224.1 RING-H2 finger protein ATL74-like [Cucumis melo var. makuwa]6.6e-3365.94Show/hide
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        MA+GHRRSFKI+V+AKICNLYIKLKATLK PSGKFQRLLKLDK+LI VDSKSESR+LVQRRRTLKSRMLSFV KK+LGR RS++P       ES+ Q WH
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        VG           +G+G+  ++AL T IGL    ANA+
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KAE8650972.1 hypothetical protein Csa_002588 [Cucumis sativus]7.5e-4571.88Show/hide
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        MA+GHRRSFKI+V AKICNLYIKLKATLK PSGKFQRLLKLDK+LI VDSKS SRIL+QRRRTLKSRMLSFV KK+LG RRS+ P       ES  +SWH
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        VG LE RCVAAF VGLGY +V+AL T I L    ANAI P+F+S IIWV L + VLWL K
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XP_008442323.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103486229 [Cucumis melo]1.0e-3864.38Show/hide
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        MA+GHRRSFKI+V+AKICNLYIKLKATLK PSGKFQRLLKLDK+LI VDSKSESR+LVQRRRTLKSRMLSFV KK+LGR RS++P       ES+ QSWH
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        VG           +G+G+  ++AL T IGL    ANA+  +F+S IIWV L + V+WL K
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XP_023540743.1 uncharacterized protein LOC111801019 [Cucurbita pepo subsp. pepo]8.6e-3354.07Show/hide
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        MALGHRRS+KITV+AK+ +LYIK KAT+K PSGKF+ LL LDK+L+G+DSKSESRILVQ+ RTLKSR++SFVKK +  RR       +MP   YL+ E+E
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         QSW +GR E  C A F VGLGYLL      A    +G++        P+ +SF++ VC++L VL  HK  F
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XP_038906422.1 uncharacterized protein LOC120092221 [Benincasa hispida]3.5e-5074.27Show/hide
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        MALG RRSFKITV+AKICNLYIKLKATLKPPSGK QRLLKLDK+LIG DSKSES ILVQRRRTLKSRMLSFV KK+LG  RS+MP       ESENQSW 
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        VGR+ELRCVA F VGLGYL  LALNTHIGL     NAI P+F+S  IWV  CLLL VLWLH    KC Y +
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LCL9 50S ribosomal protein L353.8e-4272.85Show/hide
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        VG LE RCVAAF VGLGY +V+AL T I L    ANAI P+F+S IIWV L
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A0A1S3B4Y8 uncharacterized protein LOC1034862295.1e-3964.38Show/hide
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        VG           +G+G+  ++AL T IGL    ANA+  +F+S IIWV L + V+WL K
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A0A5A7TM08 RING-H2 finger protein ATL74-like3.2e-3365.94Show/hide
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        VG           +G+G+  ++AL T IGL    ANA+
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A0A5D3DNQ2 50S ribosomal protein L352.7e-3267.69Show/hide
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                  +G+G+  ++AL T IGL  A
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGTTAGGTCATCGGCGGTCATTCAAAATCACTGTCAATGCCAAGATCTGTAACCTTTATATCAAGCTCAAGGCCACTCTGAAGCCCCCTTCCGGGAAATTCCAACG
CCTCCTAAAGCTTGATAAAATACTCATCGGAGTGGATTCCAAATCCGAATCACGGATCCTCGTTCAACGCCGACGGACTTTGAAATCTCGAATGCTCAGCTTCGTGAAGA
AGAAGTATTTGGGGCGTCGCCGATCTGAAATGCCCCAATATTCATACCTACTTGTTGAATCTGAAAATCAATCTTGGCATGTTGGCCGACTGGAACTAAGGTGTGTGGCT
GCTTTTGTTGTTGGATTGGGTTATCTGCTTGTGCTTGCACTCAACACACACATTGGCCTTGTTATTGCTAATGCCAATGCCATCCGTCCCACCTTCACTTCCTTTATTAT
TTGGGTTTGCCTGCTTTTACTTGTTTTATGGCTCCACAAATACCATTTCAAGTGTGGATATTTCCATAGAAGAGACGCTCGATGTGCATGTTTTGTTATGTTCGTTCATC
GTTGGAGTGCTGCTGTATCGAAATGCTCACACACGTTTAGCCAATTTGAGATTATTGGCGATTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGTTAGGTCATCGGCGGTCATTCAAAATCACTGTCAATGCCAAGATCTGTAACCTTTATATCAAGCTCAAGGCCACTCTGAAGCCCCCTTCCGGGAAATTCCAACG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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