; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC11G203280 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC11G203280
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationCiama_Chr11:2725242..2732560
RNA-Seq ExpressionCaUC11G203280
SyntenyCaUC11G203280
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X13.5e-17888.22Show/hide
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A0A6J1C2D4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X24.9e-18089.21Show/hide
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A0A6J1FJN7 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like isoform X22.3e-17487.05Show/hide
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        PP                      RPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRP RSRSRSFSPRRGRP AAGRRGRSSS
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        YS SPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 18.4e-2042.25Show/hide
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        +R RRS  SGS SS+ SRS S S S SS+ + S S S S S S SRS SSS+S S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S P KR     ++ SP  
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 19.9e-2143.41Show/hide
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        +R RRS  SGS SSS SRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S   KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B6.4e-2042.64Show/hide
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        ++ RRS  SGS SSS SR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S   KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q5XG24 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-A3.4e-2143.02Show/hide
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        ++ RRS  SGS SSSHSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S   KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R   + P+R
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          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR457.4e-10964.67Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP               P+RRRSP       PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AG
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        RRGRSSSYS SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 455.3e-11064.67Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   +R RE SP+RK  LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP               P+RRRSP       PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AG
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        RRGRSSSYS SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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AT1G16610.2 arginine/serine-rich 454.9e-10864.06Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   R+    PR + LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP  
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Query:  RRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRR
        RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP               P+RRRSP       PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRR
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        GRSSSYS SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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AT1G16610.3 arginine/serine-rich 458.4e-10863.04Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   +R RE SP+RK  LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP               P+RRRSP       PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+       
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Query:  ---GRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
           G    AGRRGRSSSYS SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCGGGTTCCTCCTCACATTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCTGCCTCTGTCTCCCGCTCCCGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCTTTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCTTCATCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAATCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCGGTAATTTTGGTGAAGTGGTCAATGTTGAGCTTGCAATGGATCGCACAGTGAACCTTCC
TAAAGGATACGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACAT
TGCCTCAAAGACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACCGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGACAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAACCCTCTCCTCGTCGAAAACCTCTTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGGTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCG
TCGTCCGGAGTCTCCCCCACGTCGCCGTGTAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCGCCTT
TGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGGCCCTCTCCAAGAAGA
ATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGAACACCACCTCGGCGTGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCTGTAGTTCGTAGACGAAG
CCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGCAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGGGT
CACCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGGAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGTAAGCCA
TAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TGTCGGTTCTCCTTTCATTGTCTCTGACGGGTTTAAGCTAGGGTTTCAATCTTCACTCTTCACCTATTGCCGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCC
GTCGGGGTCGGGTTCCTCCTCACATTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTCCAGGTCTGCCTCTGTCTCCCGCTCCCGCTCTCGTT
CCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCTTTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCT
TCATCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAATCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCA
TTTAAGAGAAATCTTCGGTAATTTTGGTGAAGTGGTCAATGTTGAGCTTGCAATGGATCGCACAGTGAACCTTCCTAAAGGATACGGATATGTTGAATTCAAAACGAGAT
CTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAGACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGG
ACTGTAGCAACCGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGACAAGGATGACATGAAAAGACAGAGAGAACCCTCTCCTCGTCGAAAACC
TCTTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGGTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCGTCGTCCGGAGTCTCCCCCACGTCGCCGTGTAGAAT
CTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCGCCTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCT
CCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACC
ACCTCCTAGGCGCCGAACACCACCTCGGCGTGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCTGTAGTTCGTAGACGAAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTT
CCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGCAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGGGTCACCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCT
CGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGGAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGTAAGCCATAAGAACTCTACACATCTTTCTCTCTCTAATTCTC
TGTGTATTCCAAAAGATGCGACGTTTTTTCTTCCCCATCTGGTAAAAGCTTTCTTGTACCAAAAATATTTGGATTAAATGCCTATTTTGGCTTTGTTTGTAGTTAGTTTT
CCTGTGTTACTATTGGATTAAAACATTTAGATATACTTTGTTCTAATTGCAGTCTGTCGTATTATTACACTTCTACTATTCAAAGCTCCAGACGTGGAGTTCCCCCTTTT
ATTCTGTTTATGCTGATGACTTACGTTCCCCTTGTTCTTTTAATCCTTTACATGAAATTGTTCTCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSHSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRASSPPAKRSSPPPRKSSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFGNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDADKDDM
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IRGSPVRRRSPPPPRRRTPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP