; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC11G204960 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC11G204960
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionMads-box transcription factor 57
Genome locationCiama_Chr11:4517416..4518384
RNA-Seq ExpressionCaUC11G204960
SyntenyCaUC11G204960
Gene Ontology termsGO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000977 - RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6608122.1 MADS-box transcription factor 27, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.7e-2278.57Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAY
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSST  I  + +LT E   V   +++ Y
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAY

TYK31253.1 mads-box transcription factor 57 [Cucumis melo var. makuwa]2.5e-2683.52Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL----SSLTAETSVVSAFNNSAYKLD
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSST  IS +    S L AETSVVS F+ S  KLD
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL----SSLTAETSVVSAFNNSAYKLD

XP_011652594.1 MADS-box transcription factor 23 isoform X4 [Cucumis sativus]2.8e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

XP_016903556.1 PREDICTED: MADS-box transcription factor 23-like isoform X5 [Cucumis melo]2.8e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

XP_023525011.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.8e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S4E6G1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X11.4e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

A0A5D3E554 Mads-box transcription factor 571.2e-2683.52Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL----SSLTAETSVVSAFNNSAYKLD
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSST  IS +    S L AETSVVS F+ S  KLD
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL----SSLTAETSVVSAFNNSAYKLD

A0A6J1ISW7 MADS-box transcription factor 23-like isoform X31.4e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

A0A6J1IVD9 MADS-box transcription factor 23-like isoform X21.4e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

A0A6J1J0X9 MADS-box transcription factor 23-like isoform X41.4e-22100Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2RVQ5 Agamous-like MADS-box protein AGL167.2e-2162.5Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKLDW
        MGRGKI I+RI+NSTSRQVTFSKRR+GLLKKAKELAILCDA+VGVIIFSST +LY++SS+S  S +   +      S+ N+ A ++ +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKLDW

Q6EP49 MADS-box transcription factor 276.5e-2281.82Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRR+G+ KKAKELAILCDA+VG++IFSST +LYEYSSTS  S +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL

Q6Z6W2 MADS-box transcription factor 574.2e-2159.38Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLT-AETSVVSAFNNSAYKLDWRISSDFR
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRR+GLLKKAKEL+ILCDA+VG+++FSST +LYE+SST+  + +   T A+  ++     S  K+  R ++  R
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLT-AETSVVSAFNNSAYKLDWRISSDFR

Q9SI38 MADS-box transcription factor ANR15.9e-2384.85Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKEL+ILCDA+VGVIIFSST KLY+Y+S SS+  +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL

Q9SZJ6 Agamous-like MADS-box protein AGL212.7e-2077.27Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL
        MGRGKIVI+RID+STSRQVTFSKRR GL+KKAKELAILCDA+VG+IIFSST KLY+++S+S  S +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G14210.1 AGAMOUS-like 444.2e-2484.85Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL
        MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKEL+ILCDA+VGVIIFSST KLY+Y+S SS+  +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL

AT2G22630.1 AGAMOUS-like 176.3e-2077.05Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS
        MGRGKIVI++ID+STSRQVTFSKRR GL+KKAKELAILCDA+V +IIFS+T KLY+++S+S
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTS

AT3G57230.1 AGAMOUS-like 165.1e-2262.5Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKLDW
        MGRGKI I+RI+NSTSRQVTFSKRR+GLLKKAKELAILCDA+VGVIIFSST +LY++SS+S  S +   +      S+ N+ A ++ +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKLDW

AT3G57230.2 AGAMOUS-like 166.7e-2263.95Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKL
        MGRGKI I+RI+NSTSRQVTFSKRR+GLLKKAKELAILCDA+VGVIIFSST +LY++SS+S  S +   +      S+ N+ A ++
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKL

AT4G37940.1 AGAMOUS-like 211.9e-2177.27Show/hide
Query:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL
        MGRGKIVI+RID+STSRQVTFSKRR GL+KKAKELAILCDA+VG+IIFSST KLY+++S+S  S +
Subjt:  MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGGAGAGGCAAGATTGTAATTAGGAGGATCGATAATTCGACGAGCAGACAGGTGACTTTCTCAAAGCGTCGGAGCGGATTGCTGAAAAAGGCGAAAGAACTA
GCGATCCTTTGCGACGCCGATGTTGGAGTCATCATCTTCTCCAGCACCAGCAAGCTCTATGAATACTCCAGCACCAGTTCTATCAGTTGCCTGAGCTCTCTAACC
GCTGAAACTTCGGTGGTTTCAGCTTTCAACAATTCCGCTTATAAACTCGATTGGCGTATATCAAGTGACTTTAGAGTTATTATTGGCTCAAGTGTCAGACACTCT
ACTAGTTTATGCCTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTTTATTTTTATTTTATTTATTTTTTTAAATGTTCGTCGGTATTCATCGGAGTGTTTTCTTCTGTTTTCTTTTGGATCGCACGCCGTGAACTCTATCTATATCA
TTCATGTGTGTTATCGAGGAAGAACGAAAAGAATCGAGTTGCGGATCTAAGTATGGGGAGAGGCAAGATTGTAATTAGGAGGATCGATAATTCGACGAGCAGACA
GGTGACTTTCTCAAAGCGTCGGAGCGGATTGCTGAAAAAGGCGAAAGAACTAGCGATCCTTTGCGACGCCGATGTTGGAGTCATCATCTTCTCCAGCACCAGCAA
GCTCTATGAATACTCCAGCACCAGTTCTATCAGTTGCCTGAGCTCTCTAACCGCTGAAACTTCGGTGGTTTCAGCTTTCAACAATTCCGCTTATAAACTCGATTG
GCGTATATCAAGTGACTTTAGAGTTATTATTGGCTCAAGTGTCAGACACTCTACTAGTTTATGCCTTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGRGKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAKELAILCDADVGVIIFSSTSKLYEYSSTSSISCLSSLTAETSVVSAFNNSAYKLDWRISSDFRVIIGSSVRHS
TSLCL