; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CaUC11G215870 (gene) of Watermelon (USVL246-FR2) v1 genome

Gene IDCaUC11G215870
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationCiama_Chr11:29188062..29190164
RNA-Seq ExpressionCaUC11G215870
SyntenyCaUC11G215870
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.1e-18490.14Show/hide
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XP_022946029.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita moschata]9.6e-18690.72Show/hide
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XP_038890424.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39 [Benincasa hispida]4.9e-19092.77Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LKX6 Uncharacterized protein5.2e-18591.07Show/hide
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A0A1S3C7N3 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like3.2e-18792.22Show/hide
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A0A5A7V7E5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like3.2e-18792.22Show/hide
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A0A6J1G2M8 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.7e-18690.72Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.6e-18188.99Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 287.5e-2427.7Show/hide
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         + +SC+FAH  E++R    PPPNWQE V                                                    ++ R RES A+S+G  G  
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        +   SS        Q         KWKGP KI+R+Y DW+DD+
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 315.6e-1134.48Show/hide
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        C FG+KCHFAHG+ EL
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 561.6e-4534.54Show/hide
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        N   ++ I  +FFKT++C KF+ G C    +CNFAHG+E++R+PPPNWQEIV   E+    +   ++ +I                            K 
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        + C+KFY  E CPYGD C FLH       D+  + RES AIS+    +P + G        S A + + + A   NG   +PS WKT++C KWE+TG+CP
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        FG KCHFAHG +EL    G     +    ++  + K  +V+     E   + TT +P + +                 GQ ++ + KWKGP KI+RIY D
Subjt:  FGEKCHFAHGQSELQLSIGR----EGEACSSALNVKPLIVA----MEATTSLTTSVPSSALL---------------EGQAKQCLLKWKGPKKINRIYAD

Query:  WLDD
        W+D+
Subjt:  WLDD

Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 123.8e-4432.8Show/hide
Query:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE
        +    D +  W+  P N   D          P K+ R S  + S+    +  + ++R         K I  +FFKT++C KF+ G C    +CNFAH VE
Subjt:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE

Query:  DMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI
        ++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+
Subjt:  DMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI

Query:  GTTGTPLINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNA---------RPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SIGREG-----E
        G  G     G  S         S S    L   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G++G     +
Subjt:  GTTGTPLINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNA---------RPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SIGREG-----E

Query:  ACSSALNVKPLIVAMEATTSLTTSVP----------------SSALLEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           +  N K L    + TT L+  VP                SSA+ +    +   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ACSSALNVKPLIVAMEATTSLTTSVP----------------SSALLEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 393.0e-8149.71Show/hide
Query:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSPI------PYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVG-
        QSQ   Q  P  KR R  ++N  +P         SNP +   ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NWQEIVG 
Subjt:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSPI------PYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVG-

Query:  -----------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPE
                    RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + + S+  E
Subjt:  -----------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPE

Query:  PSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEACSSALNVKPLIV-------AMEATTSLTTSVPSSAL
         +R  S  V   +   G  +  YWKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGEA ++  +V    V       AM+  T +T    S   
Subjt:  PSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEACSSALNVKPLIV-------AMEATTSLTTSVPSSAL

Query:  LEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME
         EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  LEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein2.7e-4532.8Show/hide
Query:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE
        +    D +  W+  P N   D          P K+ R S  + S+    +  + ++R         K I  +FFKT++C KF+ G C    +CNFAH VE
Subjt:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE

Query:  DMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI
        ++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+
Subjt:  DMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI

Query:  GTTGTPLINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNA---------RPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SIGREG-----E
        G  G     G  S         S S    L   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G++G     +
Subjt:  GTTGTPLINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNA---------RPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SIGREG-----E

Query:  ACSSALNVKPLIVAMEATTSLTTSVP----------------SSALLEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           +  N K L    + TT L+  VP                SSA+ +    +   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ACSSALNVKPLIVAMEATTSLTTSVP----------------SSALLEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein5.3e-2527.7Show/hide
Query:  IRASVIPPPLHSYGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-
        +R +  PPP + +  +GD+S   ++   +  +   S  +  +SP K+ R+S  ++                         I   FFKT++C KF+ G C 
Subjt:  IRASVIPPPLHSYGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-

Query:  RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTP
         + +SC+FAH  E++R    PPPNWQE V                                                    ++ R RES A+S+G  G  
Subjt:  RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTP

Query:  LINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR--EGE---ACSSALNVKPLIVAMEATTSLT
                          +V+  L++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL    G   EGE     S+ L+ K     ++  TSL 
Subjt:  LINGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR--EGE---ACSSALNVKPLIVAMEATTSLT

Query:  TSVPSSALLEGQAKQ------CLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
        +   SS        Q         KWKGP KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  TSVPSSALLEGQAKQ------CLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein2.1e-8249.71Show/hide
Query:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSPI------PYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVG-
        QSQ   Q  P  KR R  ++N  +P         SNP +   ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NWQEIVG 
Subjt:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSPI------PYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVG-

Query:  -----------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPE
                    RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + + S+  E
Subjt:  -----------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPE

Query:  PSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEACSSALNVKPLIV-------AMEATTSLTTSVPSSAL
         +R  S  V   +   G  +  YWKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGEA ++  +V    V       AM+  T +T    S   
Subjt:  PSRATSCSVSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEACSSALNVKPLIV-------AMEATTSLTTSVPSSAL

Query:  LEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME
         EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  LEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATAAGAGCCTCTGTTATACCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATCCATT
TGACCCACAATCACAATTTGAGGTACAACAATCTCCATTTAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTATCCCTTATTCAAATCCATCCTTGAATTCCA
GGGTGCACCCGCCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAATAAGCAATATCTTTTTTAAGACAAGGATGTGTGCAAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCTAGTTGT
AACTTTGCTCATGGTGTTGAAGACATGAGACAACCCCCACCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATAAGGGAGGATGATCAATCAGTAAGCAATTGGAATGATGATCAGAA
GATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGATGTAATTTTCTTCATGAAGATCCGGCTAAGTTTAGAGATGATT
CAGGTAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATAAATGGAAGTGATTCTAGTTATCCTGAACCTAGCAGGGCAACTTCTTGTTCT
GTTTCTGATGCTCTTCGAGCGAATGGAAATGCTAGGCCTTCATACTGGAAGACGAAGTTATGCACTAAGTGGGAGATTACAGGTCATTGCCCCTTTGGTGAAAAGTGCCA
TTTTGCTCATGGTCAATCTGAGTTACAACTATCAATTGGACGGGAGGGGGAAGCATGTAGTTCTGCCCTTAATGTAAAGCCTTTAATTGTGGCCATGGAAGCAACTACAA
GTTTGACAACCAGTGTTCCGTCCTCCGCCCTACTGGAGGGCCAGGCAAAGCAGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCTGATTGGCTC
GATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAACAAGCAAAATGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAGCGGATTAGGGTTTAGGGCTTTAGGTTTTTAGATTTTTCCTTTTTCTCTTTTGACTAACTCGCTTACAAATTCCATTGTGGCGATTGAGAGAAGATTCCATGGTTTTG
GCCTTCCATAATCTCCGATTTTCATTAGGGTTTTTATTTCTCCTTGGCGGCTAGGGTTTTGATTCTTCATTCAGTTTGTTTTTTCTTTTTAACCTCTTACTATAAATATA
TGACTATAAGTCTTTCGTTTTCGCCATTGTTTTCATTCCTTCTTCCATTGATATCTATTCCGCTGTTTTGATTATTATTTCAAACACACCCTTTTGTTTCTTTGGCGAAT
TCGACTTCAATTTGTTGCGGTTTTCGATATTGATTGATTCCTCTACTTTTCTTCTTCTTCTGCCGTTTGATCACAACGATTGATCGAAATTTCTTTTGGGTGGCTTCATT
ATACGTTGTTCATTCATTGTTCTGATTGATTAAAGAGAACTGGGTTTTATTTTAGAAGATGAGTTTCAATGATATAAGAGCCTCTGTTATACCGCCGCCTCTGCATTCTT
ATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATCCATTTGACCCACAATCACAATTTGAGGTACAACAATCTCCATTTAAAAGAGCTAGA
AATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTATCCCTTATTCAAATCCATCCTTGAATTCCAGGGTGCACCCGCCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAATAAGCAATATCTTTTT
TAAGACAAGGATGTGTGCAAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCTAGTTGTAACTTTGCTCATGGTGTTGAAGACATGAGACAACCCCCACCAAATTGGCAAG
AAATTGTTGGTATAAGGGAGGATGATCAATCAGTAAGCAATTGGAATGATGATCAGAAGATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGC
CCTTATGGAGATAGATGTAATTTTCTTCATGAAGATCCGGCTAAGTTTAGAGATGATTCAGGTAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCC
ATTGATAAATGGAAGTGATTCTAGTTATCCTGAACCTAGCAGGGCAACTTCTTGTTCTGTTTCTGATGCTCTTCGAGCGAATGGAAATGCTAGGCCTTCATACTGGAAGA
CGAAGTTATGCACTAAGTGGGAGATTACAGGTCATTGCCCCTTTGGTGAAAAGTGCCATTTTGCTCATGGTCAATCTGAGTTACAACTATCAATTGGACGGGAGGGGGAA
GCATGTAGTTCTGCCCTTAATGTAAAGCCTTTAATTGTGGCCATGGAAGCAACTACAAGTTTGACAACCAGTGTTCCGTCCTCCGCCCTACTGGAGGGCCAGGCAAAGCA
GTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCTGATTGGCTCGATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAACAAGCAAAATGGAGGGTTGAGTTT
TTCTTTTTGAGGTGAAGTCGTTTATTCTAGTTAGTTTTTGAAGTTGGTTTGCTGAGATGAGATTCAATTGATTAGTTTCAATATGGGAGTTGGGTTGGTGCTGGTTTTCT
GAATTAGATGAAAGGAGTGTAAAAAAAGATTTTTGCTGAGAATTCATTGGGAATATGGATAGAAGAGAGAGTGAGATATATCGTATTGTTTGTTTTATATTGTTCATTTA
TTTTGTTATTTCATATTTGTTCATATTCCATAGAAAACTAGTTTGGATTGTTAATGTAATTCAATATATTTCAGCATTTTTTTCATACAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDIRASVIPPPLHSYGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNPSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASC
NFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPSRATSCS
VSDALRANGNARPSYWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGREGEACSSALNVKPLIVAMEATTSLTTSVPSSALLEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWL
DDLPLSPSSTSKMEG