; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg01422 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg01422
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationCarg_Chr15:4086028..4089834
RNA-Seq ExpressionCarg01422
SyntenyCarg01422
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7016596.1 hypothetical protein SDJN02_21706 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]9.1e-71100Show/hide
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TYJ20599.1 hypothetical protein E1A91_A08G005700v1 [Gossypium mustelinum]2.6e-6585.71Show/hide
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XP_021642607.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X2 [Hevea brasiliensis]2.6e-6585.71Show/hide
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XP_022939214.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucurbita moschata]5.7e-6577.84Show/hide
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XP_031742311.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X2 [Cucumis sativus]6.8e-6684.28Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.8e-6476.14Show/hide
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A0A2N9FXE3 SHS2_Rpb7-N domain-containing protein1.1e-6481.76Show/hide
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A0A5D2Y397 Uncharacterized protein1.2e-6585.71Show/hide
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A0A6J1FFB3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X32.8e-6577.84Show/hide
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A0A6J1FGH6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X12.8e-6577.84Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 71.6e-6271.59Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.9e-6574.71Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.9e-3744.77Show/hide
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                                            IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.9e-3744.77Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.9e-3744.77Show/hide
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                                          V IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.2e-0640Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I + TG + FPV +  + F+ FKGEI+  +V  V+K  +
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain3.8e-0644.23Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G I + TG V FPV +  + F+ FKGEI+  +V  V K
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II1.2e-6371.59Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAACATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAATCTCCGTGAAAATCTGGTGTCCAAACTCATGAAAGATGTTGAGGGTAC
TTGCAGTGGTCGACATGGTTTCGTAGTAGCAATTACGGGAATTGAGAACATCGGTAAAGGATTGATTAGCGATGGGACAGGTTTCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAAT
GCGTCGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAATTGTTACTATGGTAAACAAGGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATCGGGACT
CGAGTCGATGCAACTGAAATCTTTTGTATTGGAACCATTAAAGATGACTTCTTGGGTGTCATAAATGACCCTGCGGCAGCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CACTTTGTCCCGCCGCCGCCGCCTCCCTACCAGTACAGGGAGCCACTATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAACATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAAT
CTCCGTGAAAATCTGGTGTCCAAACTCATGAAAGATGTTGAGGGTACTTGCAGTGGTCGACATGGTTTCGTAGTAGCAATTACGGGAATTGAGAACATCGGTAAAGGATT
GATTAGCGATGGGACAGGTTTCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAATGCGTCGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAATTGTTACTATGGTAAACAAGG
TTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATCGGGACTCGAGTCGATGCAACTGAAATCTTTTGTATTGGAACCATTAAAGATGACTTCTTGGGTGTCATA
AATGACCCTGCGGCAGCTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLISDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAIVTMVNKVKIQKDSEVRLKIIGT
RVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPAAA