CuGenDBv2

Gene ID	Carg01480
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	60S ribosomal protein L30-like
Genome location	Carg_Chr15:3758047..3760482
RNA-Seq Expression	Carg01480
Synteny	Carg01480
Gene Ontology terms	GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000231 - Ribosomal protein L30e IPR004038 - Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 IPR022991 - Ribosomal protein L30e, conserved site IPR029064 - 50S ribosomal protein L30e-like IPR039109 - Ribosomal protein L30/YlxQ

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602049.1 60S ribosomal protein L30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

1.3e-54

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_004140311.1 60S ribosomal protein L30 [Cucumis sativus]

6.8e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_008460497.1 PREDICTED: 60S ribosomal protein L30-like [Cucumis melo]

2.3e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022141723.1 60S ribosomal protein L30-like [Momordica charantia]

7.5e-55

97.32

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MA AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022952815.1 60S ribosomal protein L30-like [Cucurbita moschata]

1.3e-54

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KQ98 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

3.3e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A1S3CCQ4 60S ribosomal protein L30-like

1.1e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A5D3DSZ7 60S ribosomal protein L30-like

1.1e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1FH91 60S ribosomal protein L30-like

1.1e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1JWW8 60S ribosomal protein L30-like

1.1e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O49884 60S ribosomal protein L30

1.0e-54

89.29

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVL+++RSSKGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKYYRV CLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q8VZ19 60S ribosomal protein L30-2

5.2e-51

82.14

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9C8F7 Putative 60S ribosomal protein L30-1

1.8e-51

83.93

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYN +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9LSA3 60S ribosomal protein L30-3

5.8e-50

81.25

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVH YNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9M5M6 60S ribosomal protein L30

3.1e-51

85.59

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESIN+RLALVMKSGK+TLGYKTVL ++RS+KGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RV CLSIID G
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGD
        DSDIIKS+PGD
Subjt:  DSDIIKSLPGD

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G36240.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

1.3e-52

83.93

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYN +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT1G77940.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

3.7e-52

82.14

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVHHYNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT3G18740.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

4.1e-51

81.25

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAK+GVH YNG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCCGGCGAAGAAGACTAAGAAGACTCATGAGAGCATTAACAACAGGCTCGCCCTTGTGATGAAGAGCGGCAAGTACACACTGGGGTACAAAACCGTTCTTCGCAC
TATCCGCAGCTCCAAAGGAAAGCTTATTATTCTATCGAACAACTGCCCGCCTCTGCGTAAATCCGAAATTGAATACTACGCAATGCTTGCCAAAATTGGGGTTCACCACT
ATAACGGAAGTAATGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTACCGCGTTTCCTGCCTCAGCATCATTGACCCAGGTGATTCGGATATTATCAAATCGCTTCCAGGT
GATCAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TAATTTGACACAAATTATTATTATTTCTTTTTTTCATAACATCCGACGACTTCGATTGTTTTCATTTCTGATTCTTTCTGTTTCATCTTCTCTTTAAGGATTTTGTTCAC
CTTTTGAGAAGCGACAATGGCGCCGGCGAAGAAGACTAAGAAGACTCATGAGAGCATTAACAACAGGCTCGCCCTTGTGATGAAGAGCGGCAAGTACACACTGGGGTACA
AAACCGTTCTTCGCACTATCCGCAGCTCCAAAGGAAAGCTTATTATTCTATCGAACAACTGCCCGCCTCTGCGTAAATCCGAAATTGAATACTACGCAATGCTTGCCAAA
ATTGGGGTTCACCACTATAACGGAAGTAATGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTACCGCGTTTCCTGCCTCAGCATCATTGACCCAGGTGATTCGGATATTAT
CAAATCGCTTCCAGGTGATCAGTGATTATTGTACCCTGTAGAACTTAGTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGTTGCACATTT
TCTCTTCAGCTAATGCTAGAATTTTGCATCGATTATTATGTCCTCAGAATAGCTTCCTACTTTCTGCATTAAAAAAATTTATGTTGATAACTTGATTTTGTCAATGTCCT
TGAGGTTTTGTTT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKIGVHHYNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPG
DQ

Carg01480 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome