; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg01984 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg01984
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionprotein LNK2 isoform X1
Genome locationCarg_Chr04:8224310..8227913
RNA-Seq ExpressionCarg01984
SyntenyCarg01984
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0007623 - circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsIPR039928 - LNK family


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7031936.1 Protein LNK2 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.6e-105100Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIFRYIGILFS
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIFRYIGILFS
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIFRYIGILFS

XP_022956686.1 protein LNK2 isoform X1 [Cucurbita moschata]1.3e-8388.89Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHG KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPC IDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

XP_022976027.1 protein LNK2 isoform X3 [Cucurbita maxima]9.2e-8287.22Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTH  KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNG EVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQ+FQ TEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

XP_023532733.1 protein LNK2 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.0e-8489.44Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHG KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

XP_023532742.1 protein LNK2 isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.0e-8489.44Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHG KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1GX27 protein LNK2 isoform X16.2e-8488.89Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHG KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPC IDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

A0A6J1GZT0 protein LNK2 isoform X27.4e-6978.33Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHG KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPC IDQDSN                   AAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

A0A6J1IEL7 protein LNK2 isoform X14.5e-8287.22Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTH  KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNG EVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQ+FQ TEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

A0A6J1IEN1 protein LNK2 isoform X34.5e-8287.22Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTH  KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSNG EVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQ+FQ TEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

A0A6J1IFR9 protein LNK2 isoform X21.4e-6777.22Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL
        MFDWNDEE                  LANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTH  KLESSPGNEEGTSASNL
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNL

Query:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        DNDPLADISLSKPCRIDQDSN                   AAMIKDAQ+FQ TEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
Subjt:  DNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4JCX9 Protein LNK21.2e-1833.8Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS
        MFDW +EE                  L N+IWG+ A++ DHIVP++  SE   +KKE  ++   +K  EQK  GT + D H   L SS  +  +EG    
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS

Query:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVD
        +       D SL+   ++DQD + TE+S  L E  +Y+S R  A +                                  K    F S++E K Q DF D
Subjt:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVD

Query:  YGWANIGSFDDLDRIF
        Y WANIGSFDDLDR+F
Subjt:  YGWANIGSFDDLDRIF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G54500.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dentin sialophosphoprotein-related (TAIR:AT5G64170.1)1.0e-2239.13Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS
        MFDW +EE                  L N+IWG+ A++ DHIVP++  SE   +KKE  ++   +K  EQK  GT + D H   L SS  +  +EG    
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS

Query:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPR--YAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        +       D SL+   ++DQD + TE+S  L E  +Y+S R   + + K    F S++E K Q DF DY WANIGSFDDLDR+F
Subjt:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPR--YAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

AT3G54500.2 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dentin sialophosphoprotein-related (TAIR:AT5G64170.1)1.1e-1148.05Show/hide
Query:  DISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPR---YAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
        D SL+   ++DQD + TE+S  L E  +Y+S R    + + K    F S++E K Q DF DY WANIGSFDDLDR+F
Subjt:  DISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPR---YAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

AT3G54500.3 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown3.8e-1734.76Show/hide
Query:  IIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSASNLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSH
        +IWG+ A++ DHIVP++  SE   +KKE  ++   +K  EQK  GT + D H   L SS  +  +EG    +       D SL+   ++DQD + TE+S 
Subjt:  IIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSASNLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSH

Query:  ELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF
         L E  +Y+S R  A +                                  K    F S++E K Q DF DY WANIGSFDDLDR+F
Subjt:  ELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIF

AT3G54500.4 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown8.2e-2033.8Show/hide
Query:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS
        MFDW +EE                  L N+IWG+ A++ DHIVP++  SE   +KKE  ++   +K  EQK  GT + D H   L SS  +  +EG    
Subjt:  MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGN--EEGTSAS

Query:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVD
        +       D SL+   ++DQD + TE+S  L E  +Y+S R  A +                                  K    F S++E K Q DF D
Subjt:  NLDNDPLADISLSKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMI----------------------------------KDAQNFQSTEEGKGQADFVD

Query:  YGWANIGSFDDLDRIF
        Y WANIGSFDDLDR+F
Subjt:  YGWANIGSFDDLDRIF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTTGATTGGAACGACGAAGAGATCAGAGCATATAGCCTTTGCTCTTCTCATTTCTGTGGACAGTTCATTCCGAAGCTTGCAAATATAATATGGGGTGAGGCTGCTGA
TAGTGATGATCATATTGTGCCTTATCGGGAGGCTAGTGAGAATTATTATGACAAGAAAGAATGGCATCAAGACACGGTATGCACGAAACTTATGGAGCAAAAGTCACCTG
GGACTAATGTTGATGATACCCATGGAAGTAAGCTGGAAAGCAGTCCTGGCAATGAAGAAGGAACCTCTGCCTCAAATCTCGACAATGATCCATTGGCTGACATATCCTTG
TCCAAACCTTGCAGAATTGACCAGGACTCTAATGGTACTGAAGTATCTCATGAATTAACTGAAAATAGCAAATATAATTCACCAAGATATGCTGCGATGATCAAAGATGC
CCAAAATTTTCAAAGTACTGAAGAAGGTAAAGGACAGGCTGATTTTGTTGACTATGGATGGGCTAATATTGGAAGTTTTGATGACCTAGATAGAATTTTCAGGTACATCG
GTATTTTATTCTCTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CAAATCCTTCGCCTCCAGAAAGCTCATTTTCATTTGGTTTTTTCCTGAATTTATCGCGTGGCTCTGTGTTTTTCTGCCTTTTTCTCTCTCTTTTTTTTCTCTCCCCCTTC
CATGTTCCAGGGCTTTTGAACGCCATCCTGTTTCTGGAGGAGTTTGATGCTTTCTGTTGTTGATTCCGGAATTTTCTTTCCGTAACAACTTTTTCGGAGAATTCGGCGAT
GTGCGGATCAATCTTCGATCAGTTGTTGGATTTGGATTCTGGATTAGAGATTTTGTTTGAGTTTTTCAGCTATGTTTGATTGGAACGACGAAGAGATCAGAGCATATAGC
CTTTGCTCTTCTCATTTCTGTGGACAGTTCATTCCGAAGCTTGCAAATATAATATGGGGTGAGGCTGCTGATAGTGATGATCATATTGTGCCTTATCGGGAGGCTAGTGA
GAATTATTATGACAAGAAAGAATGGCATCAAGACACGGTATGCACGAAACTTATGGAGCAAAAGTCACCTGGGACTAATGTTGATGATACCCATGGAAGTAAGCTGGAAA
GCAGTCCTGGCAATGAAGAAGGAACCTCTGCCTCAAATCTCGACAATGATCCATTGGCTGACATATCCTTGTCCAAACCTTGCAGAATTGACCAGGACTCTAATGGTACT
GAAGTATCTCATGAATTAACTGAAAATAGCAAATATAATTCACCAAGATATGCTGCGATGATCAAAGATGCCCAAAATTTTCAAAGTACTGAAGAAGGTAAAGGACAGGC
TGATTTTGTTGACTATGGATGGGCTAATATTGGAAGTTTTGATGACCTAGATAGAATTTTCAGGTACATCGGTATTTTATTCTCTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFDWNDEEIRAYSLCSSHFCGQFIPKLANIIWGEAADSDDHIVPYREASENYYDKKEWHQDTVCTKLMEQKSPGTNVDDTHGSKLESSPGNEEGTSASNLDNDPLADISL
SKPCRIDQDSNGTEVSHELTENSKYNSPRYAAMIKDAQNFQSTEEGKGQADFVDYGWANIGSFDDLDRIFRYIGILFS