; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg03241 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg03241
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionRING-CH-type domain-containing protein
Genome locationCarg_Chr20:2379195..2380739
RNA-Seq ExpressionCarg03241
SyntenyCarg03241
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6570778.1 F-box/kelch-repeat protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.2e-8499.41Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVV
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV+
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVV

KAG7010626.1 hypothetical protein SDJN02_27420 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.4e-90100Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVVSTHANLSFIKH
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVVSTHANLSFIKH
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVVSTHANLSFIKH

XP_022944674.1 uncharacterized protein LOC111449062 [Cucurbita moschata]2.1e-83100Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

XP_023513397.1 uncharacterized protein LOC111777897 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.1e-8399.4Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGG+LAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

XP_023513398.1 uncharacterized protein LOC111777897 isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.1e-8399.4Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGG+LAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KAS0 RING-CH-type domain-containing protein2.8e-4972.73Show/hide
Query:  SDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPS--SSSRGKSSIKTLFPKLSFI
        SDG V + LHK  D AGT        NHWK+RNL LEIPSRT DFVAIK   TSSPTPRKVNF+LTPT SSDAI+SG S  SSSRGKSSIKTLFPKLSFI
Subjt:  SDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPS--SSSRGKSSIKTLFPKLSFI

Query:  YRSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        YRSSSDV+       EASSS+GT EK++  KPLS+AT+FTPRSK QASSLPVTPIAH N ESTHDE NK SEQESV
Subjt:  YRSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

A0A6J1FX44 uncharacterized protein LOC1114490621.0e-83100Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVDEASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

A0A6J1J6Q7 uncharacterized protein LOC111483971 isoform X15.4e-7792.57Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPD LHKGGDLAG TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKT+FPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDV+       EASSSAG QEKAKASKPLSMATIFTPR KQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

A0A6J1JF85 uncharacterized protein LOC111483971 isoform X35.4e-7792.57Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPD LHKGGDLAG TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKT+FPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDV+       EASSSAG QEKAKASKPLSMATIFTPR KQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

A0A6J1JFL8 uncharacterized protein LOC111483971 isoform X25.4e-7792.57Show/hide
Query:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY
        MSDGTVPD LHKGGDLAG TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKT+FPKLSFIY
Subjt:  MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIY

Query:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
        RSSSDV+       EASSSAG QEKAKASKPLSMATIFTPR KQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV
Subjt:  RSSSDVD-------EASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESV

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G09760.1 RING/U-box superfamily protein2.7e-1241.78Show/hide
Query:  RRNLVLEIPSRTP------DFVAIKTAQTSSPTPRKVNF--MLTP----TSSSDAISSGPSSSSRGK-SSIKTLFPKLSFIYRSSS----DVDEASS---
        RR LVL++PS TP      D      + TSSP  ++VNF  M +P      +S + SS  SSSSR K +S+K L PKLSF  R+S+    D+++A+    
Subjt:  RRNLVLEIPSRTP------DFVAIKTAQTSSPTPRKVNF--MLTP----TSSSDAISSGPSSSSRGK-SSIKTLFPKLSFIYRSSS----DVDEASS---

Query:  -SAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH
         S+ +    +     ++  I TPR K +  SLPVTPIAH NPESTH
Subjt:  -SAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH

AT5G60580.1 RING/U-box superfamily protein1.5e-1844.67Show/hide
Query:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--
        T + +++V  W+R+NL L+IPSR       D V IK   T SPTPR+VNF LT +S        P+SSS   RGKSS+K L PK     + S++D+++  
Subjt:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--

Query:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH
          A S   +QEKA  S+ LS++ +FTPR K + SSLPVTP+   N ES H
Subjt:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH

AT5G60580.2 RING/U-box superfamily protein1.5e-1844.67Show/hide
Query:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--
        T + +++V  W+R+NL L+IPSR       D V IK   T SPTPR+VNF LT +S        P+SSS   RGKSS+K L PK     + S++D+++  
Subjt:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--

Query:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH
          A S   +QEKA  S+ LS++ +FTPR K + SSLPVTP+   N ES H
Subjt:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH

AT5G60580.3 RING/U-box superfamily protein1.5e-1844.67Show/hide
Query:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--
        T + +++V  W+R+NL L+IPSR       D V IK   T SPTPR+VNF LT +S        P+SSS   RGKSS+K L PK     + S++D+++  
Subjt:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--

Query:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH
          A S   +QEKA  S+ LS++ +FTPR K + SSLPVTP+   N ES H
Subjt:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH

AT5G60580.4 RING/U-box superfamily protein1.5e-1844.67Show/hide
Query:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--
        T + +++V  W+R+NL L+IPSR       D V IK   T SPTPR+VNF LT +S        P+SSS   RGKSS+K L PK     + S++D+++  
Subjt:  TTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRT-----PDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSS---RGKSSIKTLFPKLSFIYR-SSSDVDE--

Query:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH
          A S   +QEKA  S+ LS++ +FTPR K + SSLPVTP+   N ES H
Subjt:  --ASSSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTH


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTGATGGGACAGTTCCAGATCGTCTCCATAAGGGCGGGGACTTGGCTGGGACAACAACGGAGGGAACCTCCCATGTTAACCATTGGAAGAGAAGGAATCTTGTTCT
TGAGATACCTTCTCGGACACCGGATTTTGTTGCAATAAAAACAGCTCAAACATCAAGTCCTACACCTAGGAAAGTGAATTTTATGTTAACACCAACCTCTTCTTCAGATG
CTATATCTTCAGGGCCATCTTCTTCATCCAGAGGCAAATCATCCATCAAGACTCTCTTTCCTAAACTTAGCTTCATATACCGAAGTTCCTCGGACGTCGATGAGGCTTCT
TCGTCTGCAGGGACACAAGAGAAGGCTAAAGCTTCAAAGCCCTTGTCCATGGCCACGATCTTTACGCCTAGGTCGAAGCAGCAAGCTTCATCACTACCTGTAACTCCTAT
AGCTCATTATAATCCAGAATCTACACATGATGAAAACAACAAAGGGAGTGAACAGGAATCAGTAGTAAGCACACATGCTAATTTGAGTTTTATTAAGCACTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATAAGCTCTCGTGGCTTTGCTTTGGACTTTCCCAAAAGGCCTCATATCAATGGAGAGAGTATTCTTTGATTATAAACTCATGATCATTCCCTGAATTAGCCGATCCGATG
TGGGACTTTCATCGTTATGAAAGATCGAAGCTACTAACTTTCAGAGAATCAGATTCTAAAGGTGGGTTTAGTTGAGTCTGCGTCTACTGGAGTGTCAAGGGAGGTGGGCG
GAAGTGGCAGTAGTAGTAGGCCACAATTCCCACCATCCTCACGATTCCCTTTCCCTTATTTACTCTGCGAATCTCCCTCCTCCAAAGGCTAAGGCAAAGGGTCTCCTCCT
CCTCCTCCATCTCCATGTCTGTCTTTGCTTAATTTCCAGGGAACACAAACTTGTTCTGGTTTTACTCTCTACCAACACAGGACATAAGATGAGTGATGGGACAGTTCCAG
ATCGTCTCCATAAGGGCGGGGACTTGGCTGGGACAACAACGGAGGGAACCTCCCATGTTAACCATTGGAAGAGAAGGAATCTTGTTCTTGAGATACCTTCTCGGACACCG
GATTTTGTTGCAATAAAAACAGCTCAAACATCAAGTCCTACACCTAGGAAAGTGAATTTTATGTTAACACCAACCTCTTCTTCAGATGCTATATCTTCAGGGCCATCTTC
TTCATCCAGAGGCAAATCATCCATCAAGACTCTCTTTCCTAAACTTAGCTTCATATACCGAAGTTCCTCGGACGTCGATGAGGCTTCTTCGTCTGCAGGGACACAAGAGA
AGGCTAAAGCTTCAAAGCCCTTGTCCATGGCCACGATCTTTACGCCTAGGTCGAAGCAGCAAGCTTCATCACTACCTGTAACTCCTATAGCTCATTATAATCCAGAATCT
ACACATGATGAAAACAACAAAGGGAGTGAACAGGAATCAGTAGTAAGCACACATGCTAATTTGAGTTTTATTAAGCACTGAAGCTGAATTATCATAGCATTAACACACAA
AGACTGCAATTTTATTGTGCAGAGAAGAGGATCTCAGAAACGAATATCTCGCTCCCTTTCTCTTCCAACCAATAACAAGGGAAGAAGCATAAGGAGGACTGATTCATTTT
TTCGTGTAATTCCTTCGACCCCACGACCGAAGGAAGGAGATTTGACATTGAATACTTCTACAACAGTAGAAATAGAAAATAAAGATTCCAATGGTGAAGACATCTCTGAA
GAAGACGCTGTTTGCAGAATCTGCATGGTTGAAGCTGTTAGTGGGTG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSDGTVPDRLHKGGDLAGTTTEGTSHVNHWKRRNLVLEIPSRTPDFVAIKTAQTSSPTPRKVNFMLTPTSSSDAISSGPSSSSRGKSSIKTLFPKLSFIYRSSSDVDEAS
SSAGTQEKAKASKPLSMATIFTPRSKQQASSLPVTPIAHYNPESTHDENNKGSEQESVVSTHANLSFIKH