; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg03708 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg03708
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionprotein ROS1-like
Genome locationCarg_Chr14:1151755..1154008
RNA-Seq ExpressionCarg03708
SyntenyCarg03708
Gene Ontology termsGO:0006284 - base-excision repair (biological process)
GO:0080111 - DNA demethylation (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0019104 - DNA N-glycosylase activity (molecular function)
GO:0035514 - DNA demethylase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0051539 - 4 iron, 4 sulfur cluster binding (molecular function)
InterPro domainsIPR028925 - Demeter, RRM-fold domain
IPR044811 - DNA glycosylase, plant


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6580665.1 Protein ROS1A, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.8e-62100Show/hide
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KAG7017420.1 Protein ROS1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]9.9e-84100Show/hide
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XP_022934379.1 protein ROS1-like [Cucurbita moschata]2.8e-62100Show/hide
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A0A0A0LAQ7 ENDO3c domain-containing protein1.2e-6188.28Show/hide
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A0A1S4DUL3 protein ROS11.2e-6188.28Show/hide
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A0A6J1F2E4 protein ROS1-like1.4e-62100Show/hide
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A0A6J1J0D5 protein ROS1-like1.4e-62100Show/hide
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A0A6J1KVJ5 protein ROS1-like7.5e-6196.43Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B8YIE8 Protein ROS1C5.0e-4671.43Show/hide
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C7IW64 Protein ROS1A2.9e-5487.74Show/hide
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Q8LK56 Transcriptional activator DEMETER1.4e-5183.02Show/hide
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Q9SJQ6 DNA glycosylase/AP lyase ROS17.5e-5084.31Show/hide
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Q9SR66 DEMETER-like protein 22.0e-3464.58Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36490.1 demeter-like 15.3e-5184.31Show/hide
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AT3G10010.1 demeter-like 21.4e-3564.58Show/hide
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AT4G34060.1 demeter-like protein 38.5e-3353.78Show/hide
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         FD+K R P+ L+ RLH P
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AT5G04560.1 HhH-GPD base excision DNA repair family protein9.7e-5383.02Show/hide
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AT5G04560.2 HhH-GPD base excision DNA repair family protein9.7e-5383.02Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAACTTCCAGATAATCACCCTCTTCTTGAAAAGTTGGAGTTGGATAGAAGAGAACCAGATGATCCCTGCTCATACTTTTTGGCTATCTGGACACCAGATACCATGCCG
GACAGCAATGAGAGGAAGCTTTCCACTGAATGGTACCTACTTTCAAGTCAATGAGGTGTTTGCAGATCACGAGTCAAGCCTCAACCCAATAGATGTTCCAAGGGACTGGA
TATGGAATCTTCCCAGACGCACCGTGTATTTTGGAACCTCCATACCAACGATATTCAAAGGATTATCGACACAAGGCATCCAACACTGTTTCTGGAGAGGATTCGTCTGT
GTAAGAGGTTTTGATAAAAAATCAAGAGCACCCCGACCCTTGATGGCCAGGCTTCATTTTCCAGCCAGCAAATTGAACAGAGGAAGAGGTAAGACAGTGGATCAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAACTTCCAGATAATCACCCTCTTCTTGAAAAGTTGGAGTTGGATAGAAGAGAACCAGATGATCCCTGCTCATACTTTTTGGCTATCTGGACACCAGATACCATGCCG
GACAGCAATGAGAGGAAGCTTTCCACTGAATGGTACCTACTTTCAAGTCAATGAGGTGTTTGCAGATCACGAGTCAAGCCTCAACCCAATAGATGTTCCAAGGGACTGGA
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AAACAAGGAGATGAAGCCCAAACCAGGACAGCACAAACAACATAGCGGTAAGAAAAGAACATCATTTAGTAACATAGCTTCCAACCATCACAAATAAGTTAGTATCCACT
TGTAAGTTCCTGTATGACACGTGATTAACAAGATTAGAATTAGTCATTTCAAGCTCTAAGTCCGAATCATTCATATAAAACTAGCTACCGGCACAAAGCCAATATGTATT
TATTAATTTCTCTATCCAAGATGTGAGATTCCAGGTTCAATAGAGATTACAGCACGTCAGACTTTCAACCTATGAGCCTGAAAATTTTCATGAAAGAATTACTCAAACCA
TTCACATCATTTTTAAATAGAGAACGTGGAAGTCTTTACAGAGAAATTTATTTAGAATACCTTACTCGGACCATGAAAGTAGCGCTCATCTACTGGTGCGCGTGACAATC
CAGTAATGGTTGTATTCTAGGTTTCTACCAATGTCCAATTATATGCCATGTAATCTTATCCGTTTACTCGAAGAAGAACAAATGAAAAATCAATCGGGACTCACACTTCA
ATATGCCATGTAATCTTATCCGCTACTAACTCCGTTTGAAGATTATATCTCGTGAATTTCGAATGCCCGAAAATTGGATTGAGCACAATCAGTTACCAATTATTGAGAAA
GAAGCAAACAAAAATAGTAAGTGGTATAGATATGAACAAATTCTTACGCAACTTCATAAATAACTATTCGTTCAAAAATCTTAAGTTCGGCTGGAGTAAAATCGTCCTAA
TGGCACAGATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MNFQIITLFLKSWSWIEENQMIPAHTFWLSGHQIPCRTAMRGSFPLNGTYFQVNEVFADHESSLNPIDVPRDWIWNLPRRTVYFGTSIPTIFKGLSTQGIQHCFWRGFVC
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