; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg04019 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg04019
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionTranscription initiation factor IIF subunit beta
Genome locationCarg_Chr12:2621435..2626965
RNA-Seq ExpressionCarg04019
SyntenyCarg04019
Gene Ontology termsGO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0006413 - translational initiation (biological process)
GO:0005674 - transcription factor TFIIF complex (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function)
GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR003196 - Transcription initiation factor IIF, beta subunit
IPR011039 - Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction
IPR036388 - Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
IPR036390 - Winged helix DNA-binding domain superfamily
IPR040450 - TFIIF beta subunit, HTH domain
IPR040504 - TFIIF, beta subunit, N-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004152667.1 transcription initiation factor IIF subunit beta [Cucumis sativus]9.6e-13896.15Show/hide
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XP_038884084.1 transcription initiation factor IIF subunit beta-like [Benincasa hispida]4.2e-14197.68Show/hide
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A0A0A0LRL0 Transcription initiation factor IIF subunit beta4.6e-13896.15Show/hide
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A0A1S3BBV5 Transcription initiation factor IIF subunit beta1.2e-13896.15Show/hide
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A0A5A7VAJ9 Transcription initiation factor IIF subunit beta1.2e-13896.15Show/hide
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A0A6J1GH97 Transcription initiation factor IIF subunit beta2.5e-144100Show/hide
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A0A6J1KP21 Transcription initiation factor IIF subunit beta7.4e-14499.61Show/hide
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O94424 Transcription initiation factor IIF subunit beta4.0e-2232.05Show/hide
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        ED+     + +LD G+    VWL+K P  +   W S P  D   L  V +  D +Q    +S          E  +VPK ++L +   FV        S+
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           SM+     G V H+ ++ P     + Y ++ ++R   +    R++Q+ID DRG  +   PG +G  S ST+   R V P     +K +R  R EL D
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        I+FK FE    W LK L +   QP  +LKE+L+ + + NKRG     Y LKPEYK +++
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P41900 General transcription factor IIF subunit 21.1e-1627.69Show/hide
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        +LD   A R VWL+K P  +A+ W+  P +           P   A+V LSL P    L  +E    +  ++++      V K  +L +F    P     
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              ++    K+ MEG++  K + +P ++N   Y KL  E   K+    R++Q ID     + +P+      I    +        K+ E K+ R D+
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Query:  GELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK
          + D++F  FE+   + +K LV+ T+QP  +LKEIL ++C YN +  ++  +ELK EY+
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Q01750 General transcription factor IIF subunit 21.9e-1628.74Show/hide
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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   P    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P +   E Y KL R +  +S    R  Q  D     + +P+      I    K        K+ + KR R D+  + D++F  FE+
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           + LK LV  T QP  +LKEIL E+ + N +G ++ T+ELKPEY+
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Q2T9L9 General transcription factor IIF subunit 21.9e-1628.34Show/hide
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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   P    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P +   E Y +L R +  +S    R  Q +D     + +P+      I    K        K+ + KR R D+  + D++F  FE+
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           + LK LV  T QP  +LK+IL E+ V N +G ++ T+ELKPEY+
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Q54KT7 General transcription factor IIF subunit 21.1e-1627.24Show/hide
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        M +E        ++T  AD  VWL+K P  +++SWQ         + +  +    ++  ++ SL +     G + G   +  +     D  P+ +FSE  
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         G +++EG +  + D+K   E+   Y  L + R  K   K R  QVID               L + T  D  KV          K+   K+ +    E+
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         D++F  F  + +  LK L   T+QP   LK IL ++C+ NKRG     YELKPE++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
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          + EGKV+HKFDMKP+ E +E Y +LCRERT+K+MVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGM+GL+SS SK+KRK  PVKQ EVKRTRRDRGELE IMFKLFE
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        S+EGK+++KFDM+PH+EN+E YG+LCRERTNK M KNRQIQVIDN RG+HMRPMPGM+  I + + +K+K+   +  E+KRTRRDR E+E++MF LFERQ
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         NW L+ L+QETDQP QFLK++L +LC+YN +G+NQGTYELKPEYKK+ ++
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TATTTACTTTTAAT
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