CuGenDBv2

Gene ID	Carg04210
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	Carg_Chr01:751805..754918
RNA-Seq Expression	Carg04210
Synteny	Carg04210
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6606822.1 Thymidylate kinase, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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XP_023523996.1 uncharacterized protein LOC111788072 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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A0A1S3BXJ5 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1DD15 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

3.4e-245

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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Query:  NSLKLKPTDPASTSVFGGSERLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESKIGGI
        NSLKLKP DPASTSVFGG+ERLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEK K KNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESKIGGI
Subjt:  NSLKLKPTDPASTSVFGGSERLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESKIGGI

Query:  SFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHL
        SFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHL
Subjt:  SFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHL

Query:  TAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYKN
        TAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLG RDNPDYKN
Subjt:  TAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYKN

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A6TEI4 30S ribosomal protein S15

1.0e-12

52.5

Show/hide

Query:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR

A8F724 30S ribosomal protein S15

2.1e-13

52.44

Show/hide

Query:  ELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR
        E  K+ E+F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV  R+KLL+YLR+++ ESY  ++ KL LR
Subjt:  ELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR

B5XSX7 30S ribosomal protein S15

7.9e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR

B7IFB5 30S ribosomal protein S15

1.0e-12

51.9

Show/hide

Query:  KVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR
        ++ +EF++ E D GS  VQ+A LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ +V  R+K+LKYLR  D ESY  V+ KLGLR
Subjt:  KVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR

Q8RHN4 30S ribosomal protein S15

4.6e-13

Show/hide

Query:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR
        A++ +EF  SE+D GS  VQ+A LT KINHLT  L  HKKD HS+ GLL MV  RK+LL YL + D E Y  ++ KLG+R
Subjt:  AKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

3.6e-77

43.76

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSS-APSDPNDEPTGSSSSADAGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPSSARKPSYPFTSIPNRPSSPASKAA
        MAL L+ R  + +  +N SLI  FS++SS +P    + P    S + +  + S  S  F D+K  LK + Q+      +          NR S+  S   
Subjt:  MALQLSLRPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSS-APSDPNDEPTGSSSSADAGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPSSARKPSYPFTSIPNRPSSPASKAA

Query:  SLEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSELGPTPSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGDDGSAPESGRSGMLSFDSIRESLRQV-SPSKAMQNERKSGDSMSLSA
          + + KNL++F+ RS+VPPP + G     +       IS   LYK++A     D   P + ++   + +++ E+L+ + +      N  K G    L +
Subjt:  SLEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSELGPTPSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGDDGSAPESGRSGMLSFDSIRESLRQV-SPSKAMQNERKSGDSMSLSA

Query:  FKNSLKLKPTDPASTSVFGGSERLPASVFGKEMMDRK--QGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESK
        FK+++                E LP  +F  +M + K  +GE E   TEF+  Y+  ELG KLR LRPE  K++ WFSL ELN+RL+KLR +EEKE + +
Subjt:  FKNSLKLKPTDPASTSVFGGSERLPASVFGKEMMDRK--QGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESK

Query:  IGGISFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTK
            +F  LR  +   K   +E ++ ++ Q + I+G LG  P + L PP+E LV+ YFHPDNMSSAEK+KIEL+KVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTK
Subjt:  IGGISFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTK

Query:  INHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYK
        I HL++ LHKKDKHS+KGLL MVQ RKKLLKYLRRTDW+SYC+VL+KL LRDNPDYK
Subjt:  INHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

8.2e-90

47.15

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPTGSSSSADAGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPSSARKPSYPFTSIPNRPSSPASKAAS
        MAL L+ RPK  +  +NPSLIHLFS++SS+ S    +   S+      S+   +SSYFS +++ LKQ Q        ++    F       + P +  + 
Subjt:  MALQLSLRPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPTGSSSSADAGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPSSARKPSYPFTSIPNRPSSPASKAAS

Query:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSELGPTPSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGDDGSAPESGRSGMLSFDSIRESLRQVSPSKAMQNERKSGDSMSLSAFK
         ++IR+NL+EFRSR++ PPP ++                 Q+L+K+N + K       E      +   +I+ +LRQ+ P +A    + +    +LS  +
Subjt:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSELGPTPSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGDDGSAPESGRSGMLSFDSIRESLRQVSPSKAMQNERKSGDSMSLSAFK

Query:  NSLKLKPTDPASTSVFGG-SERLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKE-TESKIG
        N +K    D   ++V GG +E LP SV GKE+ +    E E MK+EF+K Y   ELG KLR  RPE  KE+ WFSL ELN+RL+KLR MEE++  ++ I 
Subjt:  NSLKLKPTDPASTSVFGG-SERLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKE-TESKIG

Query:  GISF-QDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI
          SF  +LR    K   +     K    Q  +I G L  TP +ML+PP++ LVE YFHPDNMSSAEK+KIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI
Subjt:  GISF-QDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDILGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI

Query:  NHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYK
         HL++VLHKKDKHS+KGL+AMVQ RKKLLKY+RRTDW+SYC+ L+KLGLRDNPDYK
Subjt:  NHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMVLNKLGLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACCCAAAAACCCTAAAACTCTTACCAATCCTTCTCTCATCCACCTCTTCTCCTCCAATTCCTCCGCCCCATCTGATCCAAATGACGA
GCCCACCGGTAGTTCTTCCTCCGCCGACGCTGGCTCAGCTCAGTCTCCCATGTCCTCTTACTTCAGCGATGTTAAAGCGCGCCTCAAACAGCAGCAGCAATCCCCGTCCC
CATCGAGTGCTAGAAAGCCTTCGTATCCATTCACTTCTATCCCGAATCGACCGAGTTCTCCGGCTTCGAAAGCCGCTTCACTCGAAGAAATCAGAAAAAATCTCTCTGAG
TTTCGCAGTCGATCGTCTGTGCCTCCTCCCTCCGAGCTTGGCCCTACACCATCTTCAGCTTCTTCGTCCTGGCAGCGTGGTATCTCGTTTCAAGAGCTTTACAAGAGGAA
TGCGATGAGAAAGGGCGATGATGGTAGTGCACCTGAAAGTGGCCGTAGCGGCATGCTGTCGTTTGATTCTATTCGGGAGAGCTTGCGGCAGGTGAGTCCATCGAAGGCGA
TGCAAAATGAACGGAAGAGTGGGGATTCAATGTCTTTATCGGCATTTAAGAACAGCTTGAAATTGAAACCGACGGACCCGGCGTCGACATCGGTGTTTGGTGGATCAGAG
AGGTTGCCAGCGTCGGTTTTTGGGAAGGAGATGATGGACAGAAAACAAGGGGAGAACGAGGGAATGAAGACTGAGTTTGTGAAGATGTATAGCCATGGGGAATTGGGGAC
CAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCAGAAAAAGCAAAAGAGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGTTGAATGAGAGGTTGATGAAGCTAAGGACAATGGAGGAGAAGGAAACCG
AGTCGAAAATTGGGGGGATTTCATTCCAGGATTTGAGGGAGAGCTTGGTGAAGATGAAGATGTCTGATGATGAAAAGGCAAAAAAAACGACAATCCAGCGGCTCGATATC
TTGGGTCAGCTAGGTCGAACACCAAACCATATGCTACAACCTCCTCAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCGTCTGCCGAAAAGCTGAAAAT
CGAGTTAGCAAAAGTCAGAGAAGAATTTAAAATGTCGGAGTCAGACTGTGGATCTGCTCGAGTTCAAGTTGCGCAACTTACCACTAAAATCAATCATCTAACTGCTGTCT
TGCACAAGAAGGATAAGCATTCTAAGAAGGGTCTTCTTGCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTACTGTATGGTT
CTTAACAAACTCGGTCTTCGAGACAACCCAGATTACAAGAACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TCTTGTCTGTCAAAATCTCACTCCAAACCTTCTTCAGTTCCTCTTCCGATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACCCAAAAACCCTAAAACTCTTACCAATCCTTCTCTCAT
CCACCTCTTCTCCTCCAATTCCTCCGCCCCATCTGATCCAAATGACGAGCCCACCGGTAGTTCTTCCTCCGCCGACGCTGGCTCAGCTCAGTCTCCCATGTCCTCTTACT
TCAGCGATGTTAAAGCGCGCCTCAAACAGCAGCAGCAATCCCCGTCCCCATCGAGTGCTAGAAAGCCTTCGTATCCATTCACTTCTATCCCGAATCGACCGAGTTCTCCG
GCTTCGAAAGCCGCTTCACTCGAAGAAATCAGAAAAAATCTCTCTGAGTTTCGCAGTCGATCGTCTGTGCCTCCTCCCTCCGAGCTTGGCCCTACACCATCTTCAGCTTC
TTCGTCCTGGCAGCGTGGTATCTCGTTTCAAGAGCTTTACAAGAGGAATGCGATGAGAAAGGGCGATGATGGTAGTGCACCTGAAAGTGGCCGTAGCGGCATGCTGTCGT
TTGATTCTATTCGGGAGAGCTTGCGGCAGGTGAGTCCATCGAAGGCGATGCAAAATGAACGGAAGAGTGGGGATTCAATGTCTTTATCGGCATTTAAGAACAGCTTGAAA
TTGAAACCGACGGACCCGGCGTCGACATCGGTGTTTGGTGGATCAGAGAGGTTGCCAGCGTCGGTTTTTGGGAAGGAGATGATGGACAGAAAACAAGGGGAGAACGAGGG
AATGAAGACTGAGTTTGTGAAGATGTATAGCCATGGGGAATTGGGGACCAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCAGAAAAAGCAAAAGAGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGT
TGAATGAGAGGTTGATGAAGCTAAGGACAATGGAGGAGAAGGAAACCGAGTCGAAAATTGGGGGGATTTCATTCCAGGATTTGAGGGAGAGCTTGGTGAAGATGAAGATG
TCTGATGATGAAAAGGCAAAAAAAACGACAATCCAGCGGCTCGATATCTTGGGTCAGCTAGGTCGAACACCAAACCATATGCTACAACCTCCTCAGGAACATCTTGTTGA
AAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCGTCTGCCGAAAAGCTGAAAATCGAGTTAGCAAAAGTCAGAGAAGAATTTAAAATGTCGGAGTCAGACTGTGGATCTGCTCGAG
TTCAAGTTGCGCAACTTACCACTAAAATCAATCATCTAACTGCTGTCTTGCACAAGAAGGATAAGCATTCTAAGAAGGGTCTTCTTGCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAG
CTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTACTGTATGGTTCTTAACAAACTCGGTCTTCGAGACAACCCAGATTACAAGAACTGAAGCACAGGTTGTCTCCG
TTCTTCTCTTACATGCATTGAAATCGCTTTCCTGAGGCTTGCACTCAGCTTTGTTGGAGAGAGTTCTGTGGAATTACATTAGTTTCATTCATATCATCATATGATATCTA
TCATGAAGTGAGAGGTTTCTGATTGTTGTTGGCATTGGAAGCTCGGAGATAGATAGTTCATTGATAATGGGAAAGTGTAGAATCAATCTCGCAAGCTTTCTTGATTTCAA
TAGATTGTATTAGCAAATCCTGAGGTGATTTAGTACTGTTTTTGAATTCATTCCTTCTTTAGCTGCAAAATGGATTGCCCTGTTCTTGCTGCGAAATAATGGAGTTGAAA
GTACAGTGGCCTGCAACAGTTTTAGTCTGCAGTTGAACTTGTTCATTTCCATATTTATATACATTTTACACTGAAACCTTCTTCCTTTTCC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQLSLRPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDEPTGSSSSADAGSAQSPMSSYFSDVKARLKQQQQSPSPSSARKPSYPFTSIPNRPSSPASKAASLEEIRKNLSE
FRSRSSVPPPSELGPTPSSASSSWQRGISFQELYKRNAMRKGDDGSAPESGRSGMLSFDSIRESLRQVSPSKAMQNERKSGDSMSLSAFKNSLKLKPTDPASTSVFGGSE
RLPASVFGKEMMDRKQGENEGMKTEFVKMYSHGELGTKLRALRPEKAKEKNWFSLTELNERLMKLRTMEEKETESKIGGISFQDLRESLVKMKMSDDEKAKKTTIQRLDI
LGQLGRTPNHMLQPPQEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVREEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCMV
LNKLGLRDNPDYKN

Carg04210 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome