; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg05947 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg05947
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptioncell wall protein RBR3
Genome locationCarg_Chr04:21258205..21258831
RNA-Seq ExpressionCarg05947
SyntenyCarg05947
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6602592.1 hypothetical protein SDJN03_07825, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-10899.52Show/hide
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KAG7033270.1 hypothetical protein SDJN02_07324, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.5e-109100Show/hide
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XP_022962524.1 uncharacterized protein LOC111462925 [Cucurbita moschata]3.9e-10597.56Show/hide
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XP_023545206.1 uncharacterized protein LOC111804354 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.8e-10195.59Show/hide
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XP_023545973.1 uncharacterized protein LOC111804354 isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-10195.61Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K7T8 Uncharacterized protein2.9e-6665.67Show/hide
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        M+T +YDQISQKS  I   +++F +R +SK+ NS  NSSFRVYYGGA GAIPFRWESRPGTPKHTFS+TSIPPLTPPPSY+ SSSHST KASSKPTLLSS
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        IFPR T                      L+S+S+S SSS SSPSPFVRPKFFKRRRR S D  SLP EY+ +D DG+E V  S  NSPTS L + GG S 
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A0A1S4E178 Uncharacterized protein1.3e-6666.67Show/hide
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        IFPR      RT  SFS+SS                SSS SSPSPFVRPKFFK RRRH  D  SLP EY+ +D DG+E V  S   NSPTS L + GG S
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         R S  GGCYQLVSVK ALL+IVGHGS +RGT+N
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A0A5A7UC51 Putative serine-rich protein1.3e-6666.67Show/hide
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         R S  GGCYQLVSVK ALL+IVGHGS +RGT+N
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A0A6J1HHB7 uncharacterized protein LOC1114629251.9e-10597.56Show/hide
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        STTRG
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A0A6J1JKP1 uncharacterized protein LOC1114877773.5e-9691.39Show/hide
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        MQT N DQISQKSLKIKHEDNR LSR +SK+ NSAANSSFRVYYGGAAGAIPFRWESRPGTPKHTFSETSIPPLTPPPSYYSS+SHST KASSKPTLLSS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06930.1 unknown protein1.0e-1040.94Show/hide
Query:  YYGGAAGAIPFRWESRPGTPK-----------HTFSETSIP---PLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKP--TLLSSIFPR-RTLSSFSASSSSSCSS--PSP
        YYGG++ A+PF+WES+PGTP+           ++ S+ + P   PLTPPPSY+ +S  ST   S K   TL SS+  + R++ S  ASSSSS SS  PS 
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Query:  FVRPKFFKRRRRHSLDSHSLPLEYNDN
         +R      RRR         L+Y  N
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AT2G40475.1 unknown protein2.0e-1942.35Show/hide
Query:  EDNRFLSRVVSKDPNSAANSSFRVYYGGAAGAIPFRWESRPGTPKHT-FSET-SIPPLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKPTLLSSIFPRRTLS--------
        + N  +S  +    +S  NSS R+YY G A ++PF WE+RPGTPKH  FSE+  +PPLTPPPSYYSSSS S  K S   T+  + F +  LS        
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Query:  SFSASSSSSCSSPSPFVRPKFFKRRRRHSLDSHSLPLEYNDNDNDGEEAVGSSNSPTSTLGYGGCSGRGSFLGGCYQLVSVKNALLTIVGHGSTTR
        S+S++SSSS SS S    P   + R R     +S    Y   D D EE V  S+SPTSTL Y    G  S +G      S+K AL +++ HGS+ +
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AT3G56260.2 unknown protein8.2e-1340.46Show/hide
Query:  YYGGAAGAIPFRWESRPGTPK-HTFSETSIP-PLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKPTLLSSIF---------------PRRTLS---SFSASSSSSCSSPS
        YYGGA  +IPF WESRPGTPK H  S++S+P PLTPPPSYYSS   ST +  SK     S F                ++T S   S+S++SSSS  S S
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Query:  PFVRPKFFKRRRRHSLDSHSLPLEYNDNDNDGEEAVGSSNSPTSTLGYGGCSGRGSFLGGCYQLVSVKNALLT
        P   P   K+R  H   S  L   Y +++          +SPTSTL    C   G  LG    + SV  AL +
Subjt:  PFVRPKFFKRRRRHSLDSHSLPLEYNDNDNDGEEAVGSSNSPTSTLGYGGCSGRGSFLGGCYQLVSVKNALLT

AT5G01790.1 unknown protein9.1e-1240.77Show/hide
Query:  PNYDQISQKSLKIKHEDNRFLSRVVSKDPN-----SAANSSFRV-YYGGAAGAIPFRWESRPGTPKHTFSE-TSIPPLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKPT
        PN       SL +K +D    S  +          SAA  SFR+ YY GAAGA+PF WES PGTPKH  SE  ++PPLTPPPS++S S     + S K T
Subjt:  PNYDQISQKSLKIKHEDNRFLSRVVSKDPN-----SAANSSFRV-YYGGAAGAIPFRWESRPGTPKHTFSE-TSIPPLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKPT

Query:  -LLSSIFPRRT--LSSFSASSSSSCSSPSP
          + ++ P R   LS      +   S+ SP
Subjt:  -LLSSIFPRRT--LSSFSASSSSSCSSPSP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAAACTCCAAACTACGACCAAATCTCTCAAAAATCACTCAAAATCAAGCATGAAGATAATAGATTCTTGTCGAGGGTTGTGTCAAAAGACCCTAATTCCGCCGCTAA
CTCCTCTTTTAGAGTGTATTACGGCGGCGCTGCCGGTGCAATTCCGTTCAGATGGGAGTCCCGTCCCGGCACTCCAAAGCATACTTTCTCAGAAACTTCCATCCCTCCTC
TTACGCCGCCGCCGTCTTATTATTCTTCCTCTTCACATTCTACCTTCAAGGCCTCTTCCAAACCAACCCTTTTGAGCTCTATTTTCCCCCGGCGAACTTTGTCGTCCTTC
TCCGCCTCTTCCTCATCCTCCTGTTCCTCACCGTCGCCGTTCGTTAGACCGAAATTCTTTAAGCGTCGTCGTCGTCACTCGTTGGATTCTCATAGCTTGCCGTTGGAGTA
TAACGACAACGACAACGACGGGGAGGAGGCGGTGGGGAGCTCCAATTCTCCGACGTCGACATTGGGGTATGGTGGTTGTTCGGGTAGGGGATCATTTTTGGGAGGTTGCT
ACCAGTTAGTGAGCGTGAAGAATGCTTTGTTGACCATTGTTGGGCATGGATCTACAACACGAGGTACTGTTAATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCAAACTCCAAACTACGACCAAATCTCTCAAAAATCACTCAAAATCAAGCATGAAGATAATAGATTCTTGTCGAGGGTTGTGTCAAAAGACCCTAATTCCGCCGCTAA
CTCCTCTTTTAGAGTGTATTACGGCGGCGCTGCCGGTGCAATTCCGTTCAGATGGGAGTCCCGTCCCGGCACTCCAAAGCATACTTTCTCAGAAACTTCCATCCCTCCTC
TTACGCCGCCGCCGTCTTATTATTCTTCCTCTTCACATTCTACCTTCAAGGCCTCTTCCAAACCAACCCTTTTGAGCTCTATTTTCCCCCGGCGAACTTTGTCGTCCTTC
TCCGCCTCTTCCTCATCCTCCTGTTCCTCACCGTCGCCGTTCGTTAGACCGAAATTCTTTAAGCGTCGTCGTCGTCACTCGTTGGATTCTCATAGCTTGCCGTTGGAGTA
TAACGACAACGACAACGACGGGGAGGAGGCGGTGGGGAGCTCCAATTCTCCGACGTCGACATTGGGGTATGGTGGTTGTTCGGGTAGGGGATCATTTTTGGGAGGTTGCT
ACCAGTTAGTGAGCGTGAAGAATGCTTTGTTGACCATTGTTGGGCATGGATCTACAACACGAGGTACTGTTAATTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MQTPNYDQISQKSLKIKHEDNRFLSRVVSKDPNSAANSSFRVYYGGAAGAIPFRWESRPGTPKHTFSETSIPPLTPPPSYYSSSSHSTFKASSKPTLLSSIFPRRTLSSF
SASSSSSCSSPSPFVRPKFFKRRRRHSLDSHSLPLEYNDNDNDGEEAVGSSNSPTSTLGYGGCSGRGSFLGGCYQLVSVKNALLTIVGHGSTTRGTVN