; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg07042 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg07042
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptiontranscription initiation factor TFIID subunit 15b-like
Genome locationCarg_Chr01:3740672..3744504
RNA-Seq ExpressionCarg07042
SyntenyCarg07042
Gene Ontology termsGO:0006413 - translational initiation (biological process)
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InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001876 - Zinc finger, RanBP2-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036443 - Zinc finger, RanBP2-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6607338.1 Transcription initiation factor TFIID subunit 15b, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.2e-222100Show/hide
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XP_022948284.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like [Cucurbita moschata]5.0e-23699.17Show/hide
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XP_022997960.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b [Cucurbita maxima]4.4e-23297.92Show/hide
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XP_023523000.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.2e-23498.76Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LYC4 Uncharacterized protein1.2e-20389.27Show/hide
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A0A1S3C4S9 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X11.5e-20189.11Show/hide
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A0A6J1G9F8 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like2.4e-23699.17Show/hide
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A0A6J1HM15 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like4.3e-20185.49Show/hide
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        WPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDP AAHSAGGFYNNYDLRG++I+VAMAEKSAPRA PTYNHGGGGRGGY  GGGGDRRRDSYRDG SGPDRHQHGGN
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        RSR
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A0A6J1KBD1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b2.1e-23297.92Show/hide
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        MSGMYDQGGDAAPSSYGAPGGGGGGYGGGGY   GGGYGGKGGDGGYGGGGRGGG GGGGGRGYGGRGGGGGYGGRGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGG
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        GRGGSGRDGDWVCPNPGCANVNFARRVECNKCGTPSPGGASDRSGGGGGGGYNRGGADGGYGGNRNGRGGSYHGGRSGNHDGGRYEGGNRGGNSYGGHQG
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        GEDSGYSQVPPSSAPPSGGVGGSYPPS+ GGSA+YGTDAVPPPASYSG+TYPPTYGGPTGGYG DGIGDGRSATGRGGPSAGYDGAYNAGGKGGGYNAGG
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        RGGGSYNAGGGRGGGYGSTPAAEPAQVKQCDESCDDSCDNSRIYVSNLPTDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACV
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q94KD0 Transcription initiation factor TFIID subunit 15b3.7e-9658.9Show/hide
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              GG GRDGDW CPNP C NVNFARRVECNKCG  +P G S  +   GGGGY+RGG D   GG   GRGG    GRS  ++  RY+GG+R G SYG
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             E+  Y Q  PP++A PS    GSYPP        YG +AVPPP SYSG   PP+YGGP GGYGSD    G    GRGG S GYDG          
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G58470.1 TBP-associated factor 15B2.6e-9758.9Show/hide
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        M+GMY+Q G          GGG     YGG GY GGGGGYG  GGD GY      GG G  GG  YGGRGG GG GGRG  GGGGGGYQGGDRGGRG   
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              GG GRDGDW CPNP C NVNFARRVECNKCG  +P G S  +   GGGGY+RGG D   GG   GRGG    GRS  ++  RY+GG+R G SYG
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Query:  YNAGGRGGGSYNAGGGRGGGYGSTPAAEPAQVKQCDESCDDSCDNSRIYVSNLPTDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNK
         +A  R   SY               A   +VKQCD  CDD+CDN+RIY+SNLP DVT DEL++LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN K
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AT5G58470.2 TBP-associated factor 15B2.6e-9758.9Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATATGGTGGAAAGGGCGGCGATGGTGGATATGGCGGCGGAGGCCGAGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGTGGTGGTAGAGGATATGGAGGACGAGGTGGTGGCGGAGGCTACG
GTGGGCGAGGAGGCGGTGGTGGTGGTGGCTATCAAGGAGGAGATCGTGGAGGGCGAGGTGGTGGACGTGGTGGGGGAGGTGGTCGTGGTGGAAGCGGGAGAGATGGCGAT
TGGGTCTGCCCTAATCCTGGCTGTGCAAATGTGAACTTTGCTAGAAGAGTGGAGTGTAACAAGTGTGGTACACCATCACCTGGTGGTGCCAGTGACCGAAGTGGTGGTGG
TGGTGGTGGAGGATATAATAGAGGTGGAGCTGATGGGGGTTATGGTGGTAATCGTAATGGCAGAGGCGGTAGTTACCATGGTGGTAGAAGTGGAAATCATGATGGTGGTC
GCTATGAAGGAGGGAACAGAGGTGGTAATTCTTATGGTGGTCACCAGGGAGGAGAGGATAGCGGGTACAGTCAGGTTCCTCCATCATCAGCCCCCCCATCTGGTGGTGTT
GGTGGCTCTTATCCACCATCTTATCGTGGTGGAAGTGCAGATTATGGTACGGATGCAGTTCCTCCGCCTGCAAGCTACAGTGGAACTACCTACCCTCCAACTTATGGTGG
TCCCACTGGTGGCTATGGAAGTGATGGTATAGGTGATGGACGGAGTGCGACTGGTCGTGGTGGGCCGTCAGCTGGATATGATGGTGCTTACAATGCAGGTGGTAAAGGTG
GTGGTTACAATGCTGGTGGTAGAGGAGGTGGAAGCTATAATGCTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGTTATGGAAGTACACCAGCAGCAGAGCCAGCACAGGTGAAACAGTGC
GACGAATCTTGTGATGATTCTTGTGATAACTCAAGAATCTATGTTTCGAATCTGCCAACAGATGTGACCATTGATGAATTGAGAGAACTATTTGGTGGCATTGGCCAAAT
TGGAAGAATCAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGATCAGTGGCCTTGGAACATAAAAATATATACAGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCATGTGTATCATATGAAG
ATCCCTCAGCGGCACATTCTGCTGGCGGTTTCTATAACAATTATGATTTGAGAGGTCATAGCATCAATGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACCGAGGGCGCCTACATAC
AACCATGGTGGTGGTGGCAGAGGTGGATATGGAGGTGGTGGTGGTGGTGATAGACGTAGAGATAGCTATAGGGACGGAGGCTCAGGACCTGATAGACATCAGCATGGTGG
AAATAGATCTCGTGAGTGCTTCTCTTTCCATAACCATGCTTACAATTTCACCGGTGCTGATGTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAATCCTCCATCTTCCTCTCTTACGTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCAACTTAGCCCTAAAAGAAAAATCTAATGTCTGGTATGTACGATCAAGGAGGAGACGCTG
CTCCTTCGTCTTACGGAGCCCCTGGAGGCGGTGGAGGAGGATACGGCGGCGGAGGGTATGGAGGCGGTGGTGGCGGATATGGTGGAAAGGGCGGCGATGGTGGATATGGC
GGCGGAGGCCGAGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGTGGTGGTAGAGGATATGGAGGACGAGGTGGTGGCGGAGGCTACGGTGGGCGAGGAGGCGGTGGTGGTGGTGGCTATCA
AGGAGGAGATCGTGGAGGGCGAGGTGGTGGACGTGGTGGGGGAGGTGGTCGTGGTGGAAGCGGGAGAGATGGCGATTGGGTCTGCCCTAATCCTGGCTGTGCAAATGTGA
ACTTTGCTAGAAGAGTGGAGTGTAACAAGTGTGGTACACCATCACCTGGTGGTGCCAGTGACCGAAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGATATAATAGAGGTGGAGCTGAT
GGGGGTTATGGTGGTAATCGTAATGGCAGAGGCGGTAGTTACCATGGTGGTAGAAGTGGAAATCATGATGGTGGTCGCTATGAAGGAGGGAACAGAGGTGGTAATTCTTA
TGGTGGTCACCAGGGAGGAGAGGATAGCGGGTACAGTCAGGTTCCTCCATCATCAGCCCCCCCATCTGGTGGTGTTGGTGGCTCTTATCCACCATCTTATCGTGGTGGAA
GTGCAGATTATGGTACGGATGCAGTTCCTCCGCCTGCAAGCTACAGTGGAACTACCTACCCTCCAACTTATGGTGGTCCCACTGGTGGCTATGGAAGTGATGGTATAGGT
GATGGACGGAGTGCGACTGGTCGTGGTGGGCCGTCAGCTGGATATGATGGTGCTTACAATGCAGGTGGTAAAGGTGGTGGTTACAATGCTGGTGGTAGAGGAGGTGGAAG
CTATAATGCTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGTTATGGAAGTACACCAGCAGCAGAGCCAGCACAGGTGAAACAGTGCGACGAATCTTGTGATGATTCTTGTGATAACTCAA
GAATCTATGTTTCGAATCTGCCAACAGATGTGACCATTGATGAATTGAGAGAACTATTTGGTGGCATTGGCCAAATTGGAAGAATCAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGAT
CAGTGGCCTTGGAACATAAAAATATATACAGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCATGTGTATCATATGAAGATCCCTCAGCGGCACATTCTGCTGGCGGTTTCTA
TAACAATTATGATTTGAGAGGTCATAGCATCAATGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACCGAGGGCGCCTACATACAACCATGGTGGTGGTGGCAGAGGTGGATATGGAG
GTGGTGGTGGTGGTGATAGACGTAGAGATAGCTATAGGGACGGAGGCTCAGGACCTGATAGACATCAGCATGGTGGAAATAGATCTCGTGAGTGCTTCTCTTTCCATAAC
CATGCTTACAATTTCACCGGTGCTGATGTATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSGMYDQGGDAAPSSYGAPGGGGGGYGGGGYGGGGGGYGGKGGDGGYGGGGRGGGSGGGGGRGYGGRGGGGGYGGRGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGD
WVCPNPGCANVNFARRVECNKCGTPSPGGASDRSGGGGGGGYNRGGADGGYGGNRNGRGGSYHGGRSGNHDGGRYEGGNRGGNSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPPSGGV
GGSYPPSYRGGSADYGTDAVPPPASYSGTTYPPTYGGPTGGYGSDGIGDGRSATGRGGPSAGYDGAYNAGGKGGGYNAGGRGGGSYNAGGGRGGGYGSTPAAEPAQVKQC
DESCDDSCDNSRIYVSNLPTDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNYDLRGHSINVAMAEKSAPRAPTY
NHGGGGRGGYGGGGGGDRRRDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRECFSFHNHAYNFTGADV