; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg07347 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg07347
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionnucleolin 1-like
Genome locationCarg_Chr01:1242506..1243149
RNA-Seq ExpressionCarg07347
SyntenyCarg07347
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6606905.1 Nucleolin 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.0e-73100Show/hide
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KAG7036608.1 Nucleolin 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.0e-73100Show/hide
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XP_022948794.1 nucleolin 1-like [Cucurbita moschata]9.7e-7299.38Show/hide
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XP_022998396.1 nucleolin 1-like [Cucurbita maxima]4.5e-6996.91Show/hide
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XP_023525133.1 nucleolin 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.8e-6896.36Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1F939 nucleolin 1-like isoform X22.4e-5585.8Show/hide
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A0A6J1GB01 nucleolin 1-like4.7e-7299.38Show/hide
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A0A6J1J386 nucleolin 1-like isoform X32.4e-5585.8Show/hide
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A0A6J1J5B3 nucleolin 1-like isoform X12.4e-5585.8Show/hide
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A0A6J1KA45 nucleolin 1-like2.2e-6996.91Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P49310 Glycine-rich RNA-binding protein GRP1A1.5e-0645.07Show/hide
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        AL+  FS  G+V    I  D ETG  +G  ++ FKD  S   A+E +NG +L G  +TV+EA+ RG              R GGG   GG  GG  GGGR
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         GG SGG  G   RGGGG   G GGR  GG+ GG GG GG G
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Q1PEP5 Nucleolin 21.0e-1044.59Show/hide
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        G G  S TI+VRGF  SLGEDEI+  L+ HFS CG+VTRV +P D ETG  +G AY+D   +  F++AL+L+GSE+ G  + V+E++PR DS +G  S R
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            G   G              D    GGRF  R   GR  DRG   GR    GRG
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Q6Z1C0 Nucleolin 12.1e-2964.52Show/hide
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        SFQK     G S +IFV+GFD SL E +IR +L+ HF+ CG++TRVS+P D ETG  KG+AY+DFKD  SF+KALEL+GS+L G  L VDEAKP+GDSRD
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        GGG  RGG SG R  GGRSG R GG SGG  G   GGR GGRGGR GG RGGRGG
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Q7XTT4 Nucleolin 25.1e-2355.35Show/hide
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        N+SF+K     G  +TIF++GFD SL   +IR++L++HF SCG++TRVSIPKDYETG  KGMAYMDF D+ S +KA ELNGS+L G  L VDEA+PR D+
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             +  GG+SGGR  +  GR G R G   G  GRG  GR  GRG   GDR G GGRG
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Q9FVQ1 Nucleolin 12.1e-2456.67Show/hide
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        + GG GG    IFV+GFD SL ED+I++ L++HFSSCG++  VS+P D +TGN KG+AY++F  S+   KALELNGS++ G  YL VDE +PRGDS  GG
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        G  RG    G  GG GR GGR   G  GG GR GG GRFG  GGRG DRG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G48920.1 nucleolin like 11.5e-2556.67Show/hide
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        + GG GG    IFV+GFD SL ED+I++ L++HFSSCG++  VS+P D +TGN KG+AY++F  S+   KALELNGS++ G  YL VDE +PRGDS  GG
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        G  RG    G  GG GR GGR   G  GG GR GG GRFG  GGRG DRG
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AT2G21660.1 cold, circadian rhythm, and rna binding 23.8e-0548.06Show/hide
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        AL+  F+  GDV    I  D ETG  +G  ++ FKD  +   A+E +NG +L G  +TV+EA+ RG    GGG  RGG  GG RSGGG  GG SGG  GG
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Query:  DGRGGGGRFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG
           GGGGR  G GG  G  GG   RGG G
Subjt:  DGRGGGGRFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG

AT2G21660.2 cold, circadian rhythm, and rna binding 29.9e-0646.04Show/hide
Query:  ALQDHFSSCGDVTRVSIPKDYETGNIKGMAYMDFKDSDSFNKALE-LNGSELSGEYLTVDEAKPRGDSRDGGGSARGGWSGGRSGGGRSGGRSGGWSGGD
        AL+  F+  GDV    I  D ETG  +G  ++ FKD  +   A+E +NG +L G  +TV+EA+ RG    GGG  RGG S G  GG R GG  GG+SGG 
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Query:  G----RGGGG-------RFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG
        G    RGGGG       R GG G  GG+ GG GG GG G
Subjt:  G----RGGGG-------RFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG

AT3G18610.1 nucleolin like 27.1e-1244.59Show/hide
Query:  GRGGPSHTIFVRGFDRSLGEDEIRSALQDHFSSCGDVTRVSIPKDYETGNIKGMAYMDFKDSDSFNKALELNGSELSGEYLTVDEAKPRGDSRDGGGSAR
        G G  S TI+VRGF  SLGEDEI+  L+ HFS CG+VTRV +P D ETG  +G AY+D   +  F++AL+L+GSE+ G  + V+E++PR DS +G  S R
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Query:  GGWSGGRSGGGRSGGRSGGWSGGDGRGGGGRFGGRG--GRGGDRG---GRGGRGGRG
            G   G              D    GGRF  R   GR  DRG   GR    GRG
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AT4G39260.1 cold, circadian rhythm, and RNA binding 19.9e-0648.44Show/hide
Query:  LQDHFSSCGDVTRVSIPKDYETGNIKGMAYMDFKDSDSFNKAL-ELNGSELSGEYLTVDEAKPRGDSRDGGGSARGGWSGG-RSGGGRSGGRSGGWSGGD
        LQ  FS  GDV    I  D E+G  +G  ++ FKD  +   A+ E+NG EL G  +TV+EA+ RG    GGG  RGG  GG RSGGG  GG SGG  GG 
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Query:  GRGGGGRFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG
          GGGG +  R G  G  GG GGRG  G
Subjt:  GRGGGGRFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GACAGAAACAACTCATTCCAGAAAGGAGGAGGAAGGGGTGGTCCAAGCCATACAATTTTTGTTCGTGGTTTTGATCGATCCCTAGGCGAGGACGAGATTAGAAGTGCCCT
ACAAGATCATTTTAGTAGTTGTGGAGACGTTACCAGGGTATCCATTCCAAAGGACTACGAGACTGGCAACATCAAAGGAATGGCTTACATGGACTTCAAAGATTCAGATA
GTTTCAACAAAGCCCTCGAACTCAATGGCAGCGAACTCAGCGGCGAGTACCTAACAGTGGACGAAGCCAAGCCTCGTGGTGACAGCCGTGATGGTGGTGGTAGTGCAAGA
GGAGGATGGAGTGGTGGAAGAAGTGGAGGAGGAAGAAGTGGTGGAAGGAGTGGAGGATGGAGTGGTGGTGATGGCAGAGGAGGAGGAGGACGATTCGGAGGCAGAGGAGG
ACGAGGCGGCGATCGCGGCGGGAGAGGCGGTAGAGGAGGACGAGGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GACAGAAACAACTCATTCCAGAAAGGAGGAGGAAGGGGTGGTCCAAGCCATACAATTTTTGTTCGTGGTTTTGATCGATCCCTAGGCGAGGACGAGATTAGAAGTGCCCT
ACAAGATCATTTTAGTAGTTGTGGAGACGTTACCAGGGTATCCATTCCAAAGGACTACGAGACTGGCAACATCAAAGGAATGGCTTACATGGACTTCAAAGATTCAGATA
GTTTCAACAAAGCCCTCGAACTCAATGGCAGCGAACTCAGCGGCGAGTACCTAACAGTGGACGAAGCCAAGCCTCGTGGTGACAGCCGTGATGGTGGTGGTAGTGCAAGA
GGAGGATGGAGTGGTGGAAGAAGTGGAGGAGGAAGAAGTGGTGGAAGGAGTGGAGGATGGAGTGGTGGTGATGGCAGAGGAGGAGGAGGACGATTCGGAGGCAGAGGAGG
ACGAGGCGGCGATCGCGGCGGGAGAGGCGGTAGAGGAGGACGAGGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GGWSGGRSGGGRSGGRSGGWSGGDGRGGGGRFGGRGGRGGDRGGRGGRGGRG