; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg07460 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg07460
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionHMG-Y-related protein A-like
Genome locationCarg_Chr01:1964615..1965963
RNA-Seq ExpressionCarg07460
SyntenyCarg07460
Gene Ontology termsGO:0006334 - nucleosome assembly (biological process)
GO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0016584 - nucleosome positioning (biological process)
GO:0030261 - chromosome condensation (biological process)
GO:0045910 - negative regulation of DNA recombination (biological process)
GO:0000786 - nucleosome (cellular component)
GO:0005730 - nucleolus (cellular component)
GO:0003690 - double-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
GO:0031492 - nucleosomal DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000116 - High mobility group protein HMGA
IPR005818 - Linker histone H1/H5, domain H15
IPR017956 - AT hook, DNA-binding motif
IPR031059 - High mobility group protein HMGA, plant
IPR036388 - Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
IPR036390 - Winged helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6607025.1 hypothetical protein SDJN03_00367, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.3e-7798.69Show/hide
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KAG7036720.1 hypothetical protein SDJN02_00340 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.9e-78100Show/hide
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XP_022948333.1 HMG-Y-related protein A-like [Cucurbita moschata]3.6e-7698.04Show/hide
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XP_022998677.1 HMG-Y-related protein A-like [Cucurbita maxima]1.7e-7395.42Show/hide
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XP_023525091.1 HMG-Y-related protein A-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]8.9e-7596.08Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LCH9 H15 domain-containing protein3.1e-5771.35Show/hide
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A0A1S3C432 HMG-Y-related protein A-like1.1e-5771.91Show/hide
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                      PK+    P   K V+MKVSSGTGKPRGRPRK PQS TT A P PSGRPRGRPPKVKA LTEVSV
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A0A5D3DJY3 HMG-Y-related protein A-like1.1e-5771.91Show/hide
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                      PK+    P   K V+MKVSSGTGKPRGRPRK PQS TT A P PSGRPRGRPPKVKA LTEVSV
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A0A6J1G922 HMG-Y-related protein A-like1.7e-7698.04Show/hide
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A0A6J1K8M5 HMG-Y-related protein A-like8.1e-7495.42Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q00423 HMG-Y-related protein A4.1e-3853.98Show/hide
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        MATEE      LPPYP+MI++ +EALN  NGSNKS ISKYIE+TY  LP   +++L  HLN MK SGEL F +NNYMK DP+A P+RGRGRPPKPK    
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                       +D     K+ K K + G+G+PRGRP+K+P+S    A     SGRPRGRPPKVK  LTEVSV
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Q10370 HMG-Y-related protein B (Fragment)2.0e-2952.26Show/hide
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        ALN  +GSNKS ISKYIE+TY  LP    ++L  HLN MK SGEL F +NNYMK DP+A P+RGRGRPPKPK                   +D     K+
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         K K +  TG+PRGRP+K+ +S    A+P P    +GRPRGRPPKVK  LTEVSV
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Q43386 HMG-Y-related protein A6.7e-3348.55Show/hide
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        LPPYPQMI+ AIE+LN  NG NK+TI+K+IEST + LP  H +LL+ HLN MK +G+L+  KNNYMK DP A P+RGRGRPPK K   +S  AA AV   
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Query:  ------------------------KMKVSSGTGKPRGRPRKLPQSVT-TTALPPPSG------RPRGRPPKVK
                                + KV +G+G+PRGRP K P++ + T A P P+       R RGRPPKVK
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Q9FYS5 HMG-Y-related protein A2.9e-2851.66Show/hide
Query:  MATEE------LPPYPQMILRAIEALNSDNGSNKSTISKYIESTYENLPTGHSSLLTLHLNMMKASGELVFWKNNYMKRD-PSAAPRRGRGRPPKPKEHR
        MAT+E      +PPYP+MIL AIE L+  +GSNKS ISKYIE  Y +LP  H+SLLT HL  MK SGELVF KNNY +   P A P+RGRGRPPK ++  
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Query:  DSPIAAKAVKMKVSSGTGKPRGRPRKLPQSVTTTALPPPSG--RPRGRPPK
             A A   K  S TG+ RGRP K    +        +G  +PRGRPPK
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G14900.1 high mobility group A4.8e-3448.55Show/hide
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        LPPYPQMI+ AIE+LN  NG NK+TI+K+IEST + LP  H +LL+ HLN MK +G+L+  KNNYMK DP A P+RGRGRPPK K   +S  AA AV   
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Query:  ------------------------KMKVSSGTGKPRGRPRKLPQSVT-TTALPPPSG------RPRGRPPKVK
                                + KV +G+G+PRGRP K P++ + T A P P+       R RGRPPKVK
Subjt:  ------------------------KMKVSSGTGKPRGRPRKLPQSVT-TTALPPPSG------RPRGRPPKVK

AT1G48620.1 high mobility group A51.0e-1236.96Show/hide
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        PPY  MI  AI ALN  +GS+K  IS+YIE  Y  +PT H +LLT HL  +K SG LV  K +Y          +    PP P     +P + +  +   
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Query:  SSGTGKPRGRPRKLPQSVTTTALPPPSGRPRGRPPKVK
             +P      LP  V  ++ P    R RGRPPK K
Subjt:  SSGTGKPRGRPRKLPQSVTTTALPPPSGRPRGRPPKVK

AT3G18035.1 winged-helix DNA-binding transcription factor family protein3.3e-1132.82Show/hide
Query:  PPYPQMILRAIEALNSDNGSNKSTISKYIESTYENLPTGHSSLLTLHLNMMKASGELVFWKNNY---------------------------------MKR
        PPY +MI  AI ALN  +GS+K  IS+YIE  Y  L + H++LLT HL  +K SG L   K +Y                                    
Subjt:  PPYPQMILRAIEALNSDNGSNKSTISKYIESTYENLPTGHSSLLTLHLNMMKASGELVFWKNNY---------------------------------MKR

Query:  DPSAAP------RRGRGRPPKPK-EHRDSPIAAKAVKMKVSSGTGKPRGR------PRKLPQSVTTTALPPPSGRPR--GRPPKVKALLTEVSVL
        DP A+       +RGRGRPPKPK E +  P+       +V +  G+P         P  +P  VT +A   P GRPR  G      A + + SV+
Subjt:  DPSAAP------RRGRGRPPKPK-EHRDSPIAAKAVKMKVSSGTGKPRGR------PRKLPQSVTTTALPPPSGRPR--GRPPKVKALLTEVSVL

AT5G08780.1 winged-helix DNA-binding transcription factor family protein1.1e-0638.81Show/hide
Query:  TEELPPYPQMILRAIEALNSDNGSNKSTISKYIESTYENLPTGHSSLLTLHLNMMKASGELVFWKNN
        T + P Y  MI  AI  LN + G+++  IS++I+S Y+NLP  H++LL+ HL  +    E++   NN
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGACTGAAGAGCTTCCTCCTTACCCTCAGATGATATTAAGGGCTATTGAAGCATTGAACAGTGACAATGGCTCAAACAAGTCCACGATATCAAAGTACATTGAATC
GACATATGAGAACTTACCAACTGGGCACTCATCTTTGCTCACGCTCCATTTGAACATGATGAAGGCCAGCGGAGAGCTTGTGTTCTGGAAGAACAACTACATGAAGAGGG
ATCCCTCGGCTGCTCCCCGGCGGGGGCGTGGCAGGCCTCCCAAGCCAAAGGAGCATAGGGACTCCCCCATTGCAGCAAAGGCAGTGAAGATGAAGGTATCATCTGGGACA
GGGAAGCCAAGAGGACGACCGAGGAAGTTGCCTCAGTCAGTGACCACAACAGCTCTGCCACCACCGAGCGGGAGGCCCAGAGGTCGACCGCCTAAGGTGAAGGCTCTGTT
GACTGAAGTTAGCGTTCTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AATTTGGTTCCTCTCTCTATCTCTACCAGCTGCTTTCTGTAGGCTTCAGGGAAATAAAAGCTTTGTTTTTCAATTTCAATGGCGACTGAAGAGCTTCCTCCTTACCCTCA
GATGATATTAAGGGCTATTGAAGCATTGAACAGTGACAATGGCTCAAACAAGTCCACGATATCAAAGTACATTGAATCGACATATGAGAACTTACCAACTGGGCACTCAT
CTTTGCTCACGCTCCATTTGAACATGATGAAGGCCAGCGGAGAGCTTGTGTTCTGGAAGAACAACTACATGAAGAGGGATCCCTCGGCTGCTCCCCGGCGGGGGCGTGGC
AGGCCTCCCAAGCCAAAGGAGCATAGGGACTCCCCCATTGCAGCAAAGGCAGTGAAGATGAAGGTATCATCTGGGACAGGGAAGCCAAGAGGACGACCGAGGAAGTTGCC
TCAGTCAGTGACCACAACAGCTCTGCCACCACCGAGCGGGAGGCCCAGAGGTCGACCGCCTAAGGTGAAGGCTCTGTTGACTGAAGTTAGCGTTCTATAATAGATAGGTT
GTTGCAGTGTGCAGTGCAGTGTTAATTGGTAGTGCCATGACTCGCTCTCTCTGTTGCTGTGTGAGCTGTTAGAGTTGTAATTGTTGTAAAATGCGGTGGTGTGGTTTGTG
AGGGCTCACGTTCAAACACGACACATCCACCGATAGATATTGTCTGTTTTAGCTTGATATGTATAGCCGTCTCATGGTTTTAAAATCGCGTATGATAGGGAGAGATTTCA
GTACTATTACAAGGAATGCTTCGTACCCCTTTCTAACTCATTTGAGATCTCATAATCCACCTTCTTGGAGGACTAGAGTCCCTGTTGACACATTGTTCAGTGCTTGACTC
TAACACCATTTGTAACCGTCCAAACTTGTCATTAGCGGATATTGTTTGCTTTAGCTTGTTACGTATTACCATAGTCTTGCGATTTTAAAATGCATTTATTATGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MATEELPPYPQMILRAIEALNSDNGSNKSTISKYIESTYENLPTGHSSLLTLHLNMMKASGELVFWKNNYMKRDPSAAPRRGRGRPPKPKEHRDSPIAAKAVKMKVSSGT
GKPRGRPRKLPQSVTTTALPPPSGRPRGRPPKVKALLTEVSVL