; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg07616 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg07616
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionprotein TAPETUM DETERMINANT 1-like
Genome locationCarg_Chr13:8145649..8147993
RNA-Seq ExpressionCarg07616
SyntenyCarg07616
Gene Ontology termsGO:0001709 - cell fate determination (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR040361 - Tapetum determinant 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7019756.1 Protein TAPETUM DETERMINANT 1 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]6.7e-124100Show/hide
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XP_022923940.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like [Cucurbita moschata]4.5e-96100Show/hide
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XP_023000941.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like [Cucurbita maxima]1.5e-9195.4Show/hide
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XP_023520053.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.5e-9194.83Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3B0P8 protein TAPETUM DETERMINANT 12.0e-8186.36Show/hide
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A0A6J1C7I8 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like isoform X25.1e-8589.33Show/hide
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A0A6J1C840 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like isoform X14.1e-8789.89Show/hide
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A0A6J1EDD3 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like2.2e-96100Show/hide
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A0A6J1KH78 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like7.3e-9295.4Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A8MS78 Uncharacterized protein At1g058356.5e-0538.89Show/hide
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        + VEV+N C   C I  +  KC  F  + L++P   + L     +C+VNDG PL    TLSF Y+NT+ + L
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Q1G3T1 TPD1 protein homolog 13.8e-3746.93Show/hide
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        R+  I+    ++FF+   +L  L +    + F  S+    + L       +N    A  RKLLL+ +  I + T   G+ C+K DIV+ QG T PLP+G+
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        P+YTVE+ N+CV+ C+I  IH  CGWFSS  L+NPRVF+RL YDDCLVNDG+PL  G +LSFQYAN++ YPLSV+SV C
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Q2QR54 TPD1 protein homolog 1A3.8e-2956.44Show/hide
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        DI I QG   PLP+G+P YTV+V+N C  G      C I GIH +CGWFSS  L++PRVF+RL +DDCL+NDG+PL+ G T+SF+Y N++PY LSVS   
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Query:  C
        C
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Q6TLJ2 Protein TAPETUM DETERMINANT 12.8e-4062.7Show/hide
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        HRK+LL    T +     EP RI GEKC  +DIV+NQ  T P+P GIP Y VE+ N C++GC I  IH  CGWFSSA LINPRVFKR+HYDDCLVN+GKP
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        L +G TLSF YANT+PY LSV+ V C
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Q8S6P9 TPD1 protein homolog 1B5.3e-2342.45Show/hide
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        R+  + C++ ++V+ Q     LP+GIPTY+VE++N C T C +Y +H  CG F+SA L++P  F+R+ ++DCLV  G  L     +SFQY+N++ YPL+V
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        ++V C+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G05835.1 PHD finger protein4.6e-0638.89Show/hide
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        + VEV+N C   C I  +  KC  F  + L++P   + L     +C+VNDG PL    TLSF Y+NT+ + L
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AT1G32583.1 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown2.7e-3846.93Show/hide
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        R+  I+    ++FF+   +L  L +    + F  S+    + L       +N    A  RKLLL+ +  I + T   G+ C+K DIV+ QG T PLP+G+
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        P+YTVE+ N+CV+ C+I  IH  CGWFSS  L+NPRVF+RL YDDCLVNDG+PL  G +LSFQYAN++ YPLSV+SV C
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AT4G24972.1 tapetum determinant 12.0e-4162.7Show/hide
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        HRK+LL    T +     EP RI GEKC  +DIV+NQ  T P+P GIP Y VE+ N C++GC I  IH  CGWFSSA LINPRVFKR+HYDDCLVN+GKP
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        L +G TLSF YANT+PY LSV+ V C
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGTACACTTTTCTGAGGATGGTGGTGTTTTGTTATTTGCAGAATTGTACCGGCGGTTCCTCTTTTTCTCCTACGCCTTCTGAATTTCACCTCCTGCTTGTCGCATC
ATTAAAATCGCCTACGCCTATACCTGTGAGGCGAGTATCGGTGATTTTCGCTTCGGTTTTCTTCATCTTCTTTTTGGTATCTGCCATTCTTACAGATCTGGATATTTTTC
ATTCCTTTATGGACTCGAGTCCACCTAGTTTTCTTCGGCTGGGTTTGAACAGCACAATAGGTGCCCCTCATCGCAAGCTTCTCCTGACTAGAGAAGCAACAATTGAGGAA
CCAACCAGAATTTGGGGTGAAAAGTGCACAAAATCAGACATAGTGATTAACCAAGGCCCCACAGCTCCACTTCCAACTGGTATCCCCACCTACACTGTTGAAGTGGTGAA
CGCTTGTGTCACTGGTTGTGATATCTATGGAATTCACTTCAAATGCGGCTGGTTCAGCTCAGCACACCTCATCAATCCCAGAGTCTTCAAGCGCCTTCATTACGATGACT
GCCTCGTGAATGATGGCAAGCCTCTTGTCTACGGCGGTACACTCTCTTTTCAGTATGCAAACACTTACCCTTACCCGCTTTCAGTCTCCTCAGTTGTCTGCAAACTGAAA
TGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATACGAAACGAAGCGATGATGTACACTTTTCTGAGGATGGTGGTGTTTTGTTATTTGCAGAATTGTACCGGCGGTTCCTCTTTTTCTCCTACGCCTTCTGAATTTCACCT
CCTGCTTGTCGCATCATTAAAATCGCCTACGCCTATACCTGTGAGGCGAGTATCGGTGATTTTCGCTTCGGTTTTCTTCATCTTCTTTTTGGTATCTGCCATTCTTACAG
ATCTGGATATTTTTCATTCCTTTATGGACTCGAGTCCACCTAGTTTTCTTCGGCTGGGTTTGAACAGCACAATAGGTGCCCCTCATCGCAAGCTTCTCCTGACTAGAGAA
GCAACAATTGAGGAACCAACCAGAATTTGGGGTGAAAAGTGCACAAAATCAGACATAGTGATTAACCAAGGCCCCACAGCTCCACTTCCAACTGGTATCCCCACCTACAC
TGTTGAAGTGGTGAACGCTTGTGTCACTGGTTGTGATATCTATGGAATTCACTTCAAATGCGGCTGGTTCAGCTCAGCACACCTCATCAATCCCAGAGTCTTCAAGCGCC
TTCATTACGATGACTGCCTCGTGAATGATGGCAAGCCTCTTGTCTACGGCGGTACACTCTCTTTTCAGTATGCAAACACTTACCCTTACCCGCTTTCAGTCTCCTCAGTT
GTCTGCAAACTGAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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PTRIWGEKCTKSDIVINQGPTAPLPTGIPTYTVEVVNACVTGCDIYGIHFKCGWFSSAHLINPRVFKRLHYDDCLVNDGKPLVYGGTLSFQYANTYPYPLSVSSVVCKLK