CuGenDBv2

Gene ID	Carg08185
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	Serine/arginine-rich splicing factor SC35-like
Genome location	Carg_Chr05:2542575..2546673
RNA-Seq Expression	Carg08185
Synteny	Carg08185
Gene Ontology terms	GO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0016607 - nuclear speck (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6598682.1 Serine/arginine-rich splicing factor SC35, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7029626.1 Serine/arginine-rich splicing factor SC35, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

1.9e-87

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XP_022961979.1 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X2 [Cucurbita moschata]

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XP_022997246.1 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X1 [Cucurbita maxima]

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A0A5A7VC44 Serine/arginine-rich splicing factor SC35-like

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A0A6J1HDE4 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X1

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A0A6J1HFJ8 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X2

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A0A6J1K4H2 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X2

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A0A6J1K6Z8 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X1

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SwissProt top hits

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P30352 Serine/arginine-rich splicing factor 2

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Q9FMG4 Serine/arginine-rich splicing factor SC35

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Arabidopsis top hits

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AT5G64200.1 ortholog of human splicing factor SC35

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AT5G64200.2 ortholog of human splicing factor SC35

1.7e-22

52.04

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

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mRNA sequence

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GCAGTAGAAGCCGTGAGAGACATGATCGTGATAGACCCCACAGAAGTGAGAGAGAACGCTATCGTAGCAGGAGTCGTAGTGCTAGTCCTGATCGTATTAAAGATCGTCGG
CGGGGAAGAGATGATGTTGAACGGCGTAGTGCTAGCCACTCTGATAGAAGCATGTCGCCTGCCCGACATTCCCCTGATACTCGGAGAAGCATATCTCCACGTAGGACGCC
ACCATCTAGGGGTAGAAGCGATGACGAACATTCACCAAGGCGAGACAATGGCTCACCGGATGACAAACCAGTTGATTCTCGAAGTCCATCTCCTGCTAAATCCGATGCCG
ATGTCTAATTTCTGCCACTCGAGTAAAAATGAGTTAGCTCGAGAAGCTTGGTGACCATCGAAGCTTTTTAGTATAGTGCGGTCATTAGTTGGTTGTCCATTGATCTCACC
TAGTGTTGGACGACTTGACTCTCGTATAGGTCGGATGTTTTCGGGAATAGTTTAGAGCTTGTTAGCAATCAATTCACCGTGAATTCACCATGATTGAATGTGACAAAAGT
GCATCTATTTGAATTATATTACATATGATGTCATTTCTAATGTGCGGTCTATAATTCCAATTGCAATTTAGA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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Carg08185 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome