; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg08435 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg08435
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionProtein YIP
Genome locationCarg_Chr02:5719960..5726618
RNA-Seq ExpressionCarg08435
SyntenyCarg08435
Gene Ontology termsGO:0005802 - trans-Golgi network (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR006977 - Yip1 domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6605701.1 Protein YIPF6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.3e-14599.64Show/hide
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XP_023533751.1 protein YIPF6 homolog [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-14498.92Show/hide
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XP_038876122.1 protein YIPF6 homolog [Benincasa hispida]7.9e-13894.6Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KL60 Protein YIP8.5e-13894.6Show/hide
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A0A1S3CT87 Protein YIP5.0e-13894.24Show/hide
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A0A5D3BPX9 Protein YIP5.0e-13894.24Show/hide
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A0A6J1H188 Protein YIP3.8e-146100Show/hide
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A0A6J1K2R2 Protein YIP7.2e-14598.92Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O64614 Protein YIP4a2.6e-12083.33Show/hide
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Q28CH8 Protein YIPF62.4e-2840.11Show/hide
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Q4QQU5 Protein YIPF68.5e-2642.16Show/hide
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        FFQSL +LGYC+ PL+I  LIC L         N ++++ VV V  AWS  A+  F++    P RKALA+YPVFL Y  V ++I+
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Q54RZ2 Protein YIPF6 homolog1.1e-2841.81Show/hide
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        PNTL EPV  T+ RDL  I   L  V+ P   R +    LRDWDLWGP    + + + LS SA  +K+  F + F ++  GA I+T+N  LL G+I FFQ
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        S+ +LGYC+FPL I  +I  +  N  ++VK+ +V     WSS+A+Y F+ ++V   R+ LA+YPV L Y+ + +L++
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Q93VH1 Protein YIP4b2.2e-12283.93Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G18840.1 Integral membrane Yip1 family protein1.9e-12183.33Show/hide
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AT4G30260.1 Integral membrane Yip1 family protein1.5e-12383.93Show/hide
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        MSH+DTIPL+QSSQSDIDEIEN++N S Q+   TVLPARPPSP R SIPVSSSPF+QSNLPPLPP S+S     +  PAPPPLP++ N        +GFG
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Query:  FQSLSLLGYCLFPLDIGALICMLKDNVVVKIVVVCVTLAWSSWAAYPFMSAAVNPRRKALALYPVFLMYVSVGFLIIAID
        FQSLSLLGYCLFPLD+GA+ICMLKDNV++K+VVV VTLAWSSWAAYPFMSAAVNPRRKALALYPVFLMYVSVGFLIIAI+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTGTCTTCCCTGCTCCGCCGCCGCTGCCTGCCTCCAGTAATGCCCGGTCTGATACATCGCCGACTGGATTCGGATCGGGGCCCAACACACTGACGGAGCCGGTATGGGAT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GCATGTTGAAGGACAATGTAGTAGTGAAGATAGTTGTAGTGTGTGTGACCTTGGCATGGAGTTCATGGGCTGCATATCCTTTCATGAGTGCAGCAGTAAACCCAAGAAGA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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