; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg08993 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg08993
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionHistone H2A
Genome locationCarg_Chr02:9820841..9822602
RNA-Seq ExpressionCarg08993
SyntenyCarg08993
Gene Ontology termsGO:0031507 - heterochromatin assembly (biological process)
GO:0000786 - nucleosome (cellular component)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046982 - protein heterodimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002119 - Histone H2A
IPR007125 - Histone H2A/H2B/H3
IPR009072 - Histone-fold
IPR032454 - Histone H2A, C-terminal domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAB1208904.1 Histone H2A variant 1 [Morella rubra]8.0e-4491.35Show/hide
Query:  KNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        +N  ++  +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  KNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Query:  ASKD
         SKD
Subjt:  ASKD

KAG7036343.1 Histone H2A variant 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.4e-56100Show/hide
Query:  MLYHFAGEKVGLKNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        MLYHFAGEKVGLKNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  MLYHFAGEKVGLKNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Query:  VIPHIHKSLINKASKD
        VIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  VIPHIHKSLINKASKD

XP_022145883.1 histone H2A variant 1 [Momordica charantia]1.4e-4398.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_022963902.1 histone H2A variant 1-like [Cucurbita moschata]1.4e-4398.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

XP_023511677.1 histone H2A variant 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-4398.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BLU8 Histone H2A6.6e-4498.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A5A7UND9 Histone H2A6.6e-4488.29Show/hide
Query:  KVGLKNS---ELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHI
        + G++NS    L+  + RIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHI
Subjt:  KVGLKNS---ELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHI

Query:  HKSLINKASKD
        HKSLINKASKD
Subjt:  HKSLINKASKD

A0A6A1V7V9 Histone H2A3.9e-4491.35Show/hide
Query:  KNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        +N  ++  +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  KNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Query:  ASKD
         SKD
Subjt:  ASKD

A0A6J1CX53 Histone H2A6.6e-4498.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

A0A6J1K687 Histone H2A6.6e-4498.96Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O23628 Histone H2A variant 15.4e-4391.67Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q84MP7 Probable histone H2A variant 31.6e-4280.53Show/hide
Query:  GEKVGLKNSE---LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIP
        G+K  +  S    L+  +GRIHR LK R  ANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIP
Subjt:  GEKVGLKNSE---LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIP

Query:  HIHKSLINKASKD
        HIHKSLINK+SK+
Subjt:  HIHKSLINKASKD

Q8H7Y8 Probable histone H2A variant 12.7e-4288Show/hide
Query:  LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        L+  +GRIHR LK+R SA+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK SK+
Subjt:  LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q8S857 Probable histone H2A variant 22.1e-4290.62Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LK R+SANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Q9SII0 Probable histone H2A variant 21.2e-4290.62Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G52740.1 histone H2A protein 92.1e-4285Show/hide
Query:  LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        L+  +GR+HR LKTR +A+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRI+PRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK++K+
Subjt:  LKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.1 histone H2A 88.6e-4490.62Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.2 histone H2A 88.6e-4490.62Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT2G38810.3 histone H2A 88.6e-4490.62Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK +KD
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD

AT3G54560.1 histone H2A 113.8e-4491.67Show/hide
Query:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD
        +GRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK +K+
Subjt:  MGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKASKD


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTCTACCATTTTGCAGGTGAGAAAGTTGGGCTGAAAAATTCTGAATTAAAATGCTCTATGGGACGAATTCACAGGCATCTTAAAACAAGAATATCTGCAAATGGGCG
AGTTGGTGCGACTGCTGCAGTGTACCTAGCATCAATTCTGGAGTATCTGACCGCGGAAGTGCTGGAGTTGGCTGGAAATGCGAGCAAGGATCTGAAAGTGAAGAGGATCA
CTCCAAGACACCTTCAGCTGGCCATTAGAGGAGACGAAGAGCTTGATACCCTGATCAAAGGAACCATTGCTGGAGGTGGTGTGATTCCTCATATTCACAAGTCCCTCATT
AACAAAGCCTCCAAGGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCTCTACCATTTTGCAGGTGAGAAAGTTGGGCTGAAAAATTCTGAATTAAAATGCTCTATGGGACGAATTCACAGGCATCTTAAAACAAGAATATCTGCAAATGGGCG
AGTTGGTGCGACTGCTGCAGTGTACCTAGCATCAATTCTGGAGTATCTGACCGCGGAAGTGCTGGAGTTGGCTGGAAATGCGAGCAAGGATCTGAAAGTGAAGAGGATCA
CTCCAAGACACCTTCAGCTGGCCATTAGAGGAGACGAAGAGCTTGATACCCTGATCAAAGGAACCATTGCTGGAGGTGGTGTGATTCCTCATATTCACAAGTCCCTCATT
AACAAAGCCTCCAAGGATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLYHFAGEKVGLKNSELKCSMGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLI
NKASKD