; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg11098 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg11098
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionMADS-box transcription factor 6
Genome locationCarg_Chr08:5519380..5521643
RNA-Seq ExpressionCarg11098
SyntenyCarg11098
Gene Ontology termsGO:0009908 - flower development (biological process)
GO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR002487 - Transcription factor, K-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ABE03878.1 AGAMOUS LIKE6-like protein [Momordica charantia]2.2e-10488.7Show/hide
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KAG7026038.1 MADS-box transcription factor 6 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.6e-126100Show/hide
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XP_022146242.1 agamous-like MADS-box protein AGL6 [Momordica charantia]9.8e-10589.13Show/hide
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XP_022964202.1 MADS-box transcription factor 6 [Cucurbita moschata]6.5e-12599.16Show/hide
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XP_038877325.1 agamous-like MADS-box protein MADS3 isoform X1 [Benincasa hispida]5.4e-10386.96Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KCU5 Uncharacterized protein3.5e-10083.84Show/hide
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        P QP  I+ QH+P+LQIGYQNYFSEEGPS
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A0A6J1CZ22 agamous-like MADS-box protein AGL64.7e-10589.13Show/hide
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A0A6J1HH75 MADS-box transcription factor 63.2e-12599.16Show/hide
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A0A6J1KE81 MADS-box transcription factor 63.2e-12599.16Show/hide
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Q1KTF3 AGAMOUS LIKE6-like protein1.1e-10488.7Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P29386 Agamous-like MADS-box protein AGL63.5e-7363.48Show/hide
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        ESL RT+R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLEAAL   RQRKTQ+M E+MEDLR+KERQLGD+N++LK+K ETEG   K  Q  W++S+++     + + F
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        P+ PS P+ ++   EP LQIG+Q ++  +G
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Q38837 Agamous-like MADS-box protein AGL131.8e-5655.84Show/hide
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        SL RTHR+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+M EQME+LRRKER+LGD+N   KLKLETE  + K  Q    +    A     F L  
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        +  + I +      LQIG+Q ++ + EG SV
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Q6EU39 MADS-box transcription factor 64.9e-7569.78Show/hide
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        E+L RT RHLLGEDLGPLSVKELQ LEKQLE AL+QARQRKTQ+M EQ+E+LRRKERQLG++NR+LK KLE EG   N +A+Q    +  +  E+G  + 
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          P  P +     EP LQIGY + F
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Q7XUN2 MADS-box transcription factor 171.9e-6663.64Show/hide
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        K E L R+ RH+LGEDLGPLS+KELQ LEKQLE +L+QARQRKTQ+M EQ++DLRRKERQLG+LN++LK KLE E  +     AIQ  W    +    G 
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Query:  TFPLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFSEE
             P  P  I+   EP LQIGY  +   E
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Q8LLR1 Agamous-like MADS-box protein MADS34.7e-9479.48Show/hide
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        SL RT RHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLE ALAQARQRKTQMM EQMEDLRRKERQLGDLN++LKLKLE EGQ+LKAIQ  W+ S++ A + ++FP++P
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Query:  SQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFSEEGPSV
        SQ + ++ + EPILQIGY +Y   EGPSV
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24260.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein2.3e-5152.23Show/hide
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        MGRGRVELK IENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFS+RGKLYEF  S+   +TLERYQ+C + +P+ N   RE+     E+S     
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Query:  -KLKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSS
         KLK +Y++L RT R+LLGEDLGPLS KEL++LE+QL+++L Q R  +TQ M +Q+ DL+ KER L + N+ L+L+L    Q       N + +  +   
Subjt:  -KLKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSS

Query:  SSSAAEHGNTFPLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFS--EEGPSVH
             +H   F     QP     + EPILQIGYQ        GPSV+
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AT1G24260.2 K-box region and MADS-box transcription factor family protein1.7e-5152.63Show/hide
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Subjt:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEF-GSAGTTKTLERYQRCCF-SPQDNYSERESQNWFVEIS-----

Query:  -KLKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSS
         KLK +Y++L RT R+LLGEDLGPLS KEL++LE+QL+++L Q R  +TQ M +Q+ DL+ KER L + N+ L+L+L    Q       N + +  +   
Subjt:  -KLKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSS

Query:  SSSAAEHGNTFPLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFS--EEGPSVH
             +H   F     QP     + EPILQIGYQ        GPSV+
Subjt:  SSSAAEHGNTFPLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFS--EEGPSVH

AT2G45650.1 AGAMOUS-like 62.5e-7463.48Show/hide
Query:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQRCC-FSPQDNYSERESQNWFVEISKLKAKY
        MGRGRVE+K IENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGS G   T+ERY RC   S  +N  E  +Q+W  E++KLK+KY
Subjt:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQRCC-FSPQDNYSERESQNWFVEISKLKAKY

Query:  ESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAA---EHGNTF
        ESL RT+R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLEAAL   RQRKTQ+M E+MEDLR+KERQLGD+N++LK+K ETEG   K  Q  W++S+++     + + F
Subjt:  ESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAA---EHGNTF

Query:  PLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFSEEG
        P+ PS P+ ++   EP LQIG+Q ++  +G
Subjt:  PLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQNYFSEEG

AT3G61120.1 AGAMOUS-like 131.2e-5755.84Show/hide
Query:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQRCCFSPQDNYSERESQNWFVEISKLKAKYE
        MGRG+VE+K IENKI RQVTFSKR++GLLKKAYELSVLCDAEV+LIIFS+ GKLYEF + G  +T+ERY RC  +  DN +  ++Q    E++KLK KYE
Subjt:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQRCCFSPQDNYSERESQNWFVEISKLKAKYE

Query:  SLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAAEHGNTFPLYP
        SL RTHR+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+M EQME+LRRKER+LGD+N   KLKLETE  + K  Q    +    A     F L  
Subjt:  SLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAAEHGNTFPLYP

Query:  SQPSTI-EYQHEPILQIGYQNYFSE-EGPSV
        +  + I +      LQIG+Q ++ + EG SV
Subjt:  SQPSTI-EYQHEPILQIGYQNYFSE-EGPSV

AT5G15800.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein3.3e-5051.75Show/hide
Query:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEF-GSAGTTKTLERYQRCCFS--PQDNYSERESQNWFVEISKLKA
        MGRGRVELK IENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFS+RGKLYEF  S+   KTL+RYQ+C +     +N   +E +N + E  KLK 
Subjt:  MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEF-GSAGTTKTLERYQRCCFS--PQDNYSERESQNWFVEISKLKA

Query:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAAEHGNTFP
        +YE+L R  R+LLGEDLGPL+ KEL+ LE+QL+ +L Q R  KTQ M +Q+ DL+ KE+ L + NR L +KL+    ++  ++S         E G    
Subjt:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAAEHGNTFP

Query:  LYPSQPSTIEYQHEPI-----LQIGYQN
         Y    +  +  ++P+     LQ+GY N
Subjt:  LYPSQPSTIEYQHEPI-----LQIGYQN


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGGAGAGGAAGAGTTGAACTGAAGCTAATAGAGAACAAAATCAACCGCCAAGTCACTTTCTCGAAGCGCCGTAATGGTCTCCTCAAAAAAGCTTATGAACTCTCTGT
TCTTTGCGATGCTGAGGTCGCTCTCATCATCTTCTCCAGCCGAGGCAAGCTCTATGAATTCGGCAGCGCTGGTACGACCAAGACACTGGAGCGATACCAACGTTGTTGCT
TCTCTCCCCAAGACAATTACAGCGAACGAGAATCCCAGAACTGGTTCGTGGAAATCTCGAAACTGAAAGCTAAATATGAATCGCTATGTCGCACTCATAGGCACTTGCTT
GGGGAAGATCTTGGACCATTGAGTGTTAAGGAGCTCCAAAATCTTGAAAAGCAACTTGAAGCAGCTCTTGCTCAAGCTAGACAAAGGAAGACTCAGATGATGACGGAACA
GATGGAAGATCTACGAAGAAAGGAACGACAACTCGGGGATCTGAATCGAGAGCTGAAACTCAAGCTCGAGACAGAGGGACAAAATCTTAAAGCCATCCAAAGTTTTTGGA
GCTCAAGTTCATCAGCTGCTGAACATGGCAACACCTTCCCCTTGTATCCTTCACAACCTAGCACCATTGAGTATCAACACGAACCTATCTTACAAATCGGGTACCAAAAT
TATTTCTCAGAAGAGGGGCCATCTGTTCATATGGGTTATTTGAATTCCACTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTCCTATTTGCTACCCTACATTCTCTCTCTATCTGAAACCCCAAAGAGGAGAGTAGAGAGAGAAAGGCATTAGGTTAGGGAAATTAAAAAGGAAAAGAGGAATAAACAAA
GCAGTGGTGAGGTTTCCATTTTATTGTTAAGGAAGATTTTGTTGTTGTTCTTGTTGTTCTTCATCCTCCCACTTCCCCAAGCTCCATAAACAGCCGCCAAAAATGGGGAG
AGGAAGAGTTGAACTGAAGCTAATAGAGAACAAAATCAACCGCCAAGTCACTTTCTCGAAGCGCCGTAATGGTCTCCTCAAAAAAGCTTATGAACTCTCTGTTCTTTGCG
ATGCTGAGGTCGCTCTCATCATCTTCTCCAGCCGAGGCAAGCTCTATGAATTCGGCAGCGCTGGTACGACCAAGACACTGGAGCGATACCAACGTTGTTGCTTCTCTCCC
CAAGACAATTACAGCGAACGAGAATCCCAGAACTGGTTCGTGGAAATCTCGAAACTGAAAGCTAAATATGAATCGCTATGTCGCACTCATAGGCACTTGCTTGGGGAAGA
TCTTGGACCATTGAGTGTTAAGGAGCTCCAAAATCTTGAAAAGCAACTTGAAGCAGCTCTTGCTCAAGCTAGACAAAGGAAGACTCAGATGATGACGGAACAGATGGAAG
ATCTACGAAGAAAGGAACGACAACTCGGGGATCTGAATCGAGAGCTGAAACTCAAGCTCGAGACAGAGGGACAAAATCTTAAAGCCATCCAAAGTTTTTGGAGCTCAAGT
TCATCAGCTGCTGAACATGGCAACACCTTCCCCTTGTATCCTTCACAACCTAGCACCATTGAGTATCAACACGAACCTATCTTACAAATCGGGTACCAAAATTATTTCTC
AGAAGAGGGGCCATCTGTTCATATGGGTTATTTGAATTCCACTTAAAAAGAAAAAAAAAAGACATAGAACTTTAACTTCTTGTTTATCTTTGAATGAATGTTTGGACTAA
ATATATTATTGTCTATATTTGCTTTATTTGAAAATATGTGGTGTTTGTAATGTGGTTTAATTACGTTTTTACCCCTACCCATTTTATGTCATTTGGTTTATGTAATCCCT
TAAATTCATGAAATTATTATTATTATTTCTAATAACGTGTGGCGTATTATTAATATGAAAGATCATTAATGTTATTAATGTCAGTTTGCACTGCTTGTTTGTTATTATG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGRGRVELKLIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQRCCFSPQDNYSERESQNWFVEISKLKAKYESLCRTHRHLL
GEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQMMTEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSSAAEHGNTFPLYPSQPSTIEYQHEPILQIGYQN
YFSEEGPSVHMGYLNST