; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg14458 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg14458
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationCarg_Chr18:8483236..8487109
RNA-Seq ExpressionCarg14458
SyntenyCarg14458
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.6e-97100Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]4.4e-9296.28Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]9.0e-9396.3Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]4.4e-9296.32Show/hide
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XP_022945688.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X1 [Cucurbita moschata]9.9e-9297.35Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.3e-9396.3Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X12.2e-9296.28Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X14.8e-9297.35Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like3.8e-8994.74Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like3.1e-9195.79Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.2e-5769.19Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.5e-6269.15Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A3.6e-5264.58Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.3e-5162.83Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.1e-5667.01Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 214.6e-6369.15Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 214.6e-6369.15Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 215.6e-6167.66Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.5e-5869.19Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.5e-5869.19Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTTCAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTGTGGGTTGCTAGAAGGCC
TCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAGGCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCCAAAG
GCGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCT
CGAGAGTGTCGTTCCCGTGGGGGCTCACGAGGCATTGGAGGTGGCTTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGCCGCAGGAGTCCAAGTTATGAAAGATATGGTCGCAGGAG
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CTTATGCTAACGGAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTCTGCAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTTCCTACATTTTCACCGGCTGATCTGTTCGTAATCTACGACGATCCGGGGAGAATTTTT
TTTTTACTAGTTAGGCTTTAGCTTTGCGATCAACATGAACACAACCCTAATTCTTCTCCATTTCTTCAACGATTATTGTAACCCTTAATTAGCGCTTCGATTTTGTTTTT
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GGTGTTCTTAGGAGTGTGTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAGGCATTGGATGGGAAAAA
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